| Texto completo | |
| Autor(es): |
Montoni, Fabio
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De Sousa, Ronaldo N.
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De Lima Junior, Marcelo B.
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Campos, Cristiano G. S.
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Wang, Willian
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Constantino, Vivian M.
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Sanctos, Cassia S.
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Armelin, Hugo A.
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Reis, Marcelo S.
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IEEE
Número total de Autores: 10
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| Tipo de documento: | Artigo Científico |
| Fonte: | 2022 IEEE 18TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON E-SCIENCE (ESCIENCE 2022); v. N/A, p. 2-pg., 2022-01-01. |
| Resumo | |
Kinetics of biochemical reactions are widely spread in scientific papers and repositories such as Sabio-RK. This information is extremely important for the study of cell signaling pathways; however, to the best of our knowledge, there is no method available to integrate pathways reactions topology data with kinetic data. Therefore, we propose here an integration of kinetic data stored in Sabio-RK to the Reactome graph database. That integration, called Anguix, can be deployed using a Python program and also can be easily accessed using Neo4J. We believe the Anguix graph database might contribute to the modeling of cell signaling pathways, by combining the completeness of Reactome with kinetic and quantitative data stored in Sabio-RK. (AU) | |
| Processo FAPESP: | 20/08555-5 - Projeto de um banco de dados de reações bioquímicas para seleção de modelos de vias de sinalização celular |
| Beneficiário: | Fabio Montoni |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico |
| Processo FAPESP: | 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular |
| Beneficiário: | Hugo Aguirre Armelin |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs |
| Processo FAPESP: | 21/04355-4 - Implementações eficientes de métodos Bayesianos para seleção de modelos de vias de sinalização celular |
| Beneficiário: | Willian Wang |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Iniciação Científica |
| Processo FAPESP: | 20/10329-3 - Seleção Bayesiana de modelos de vias de sinalização celular e projeto de classificadores de proliferação celular |
| Beneficiário: | Cássia Sampaio Sanctos |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico |
| Processo FAPESP: | 19/24580-2 - Seleção bayesiana de modelos dinâmicos de vias não isoladas de sinalização celular |
| Beneficiário: | Ronaldo Nogueira de Sousa |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado Direto |
| Processo FAPESP: | 19/21619-5 - Buscando as zonas de Goldilocks de vias de sinalização celular em terapia de câncer |
| Beneficiário: | Marcelo da Silva Reis |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Regular |