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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil

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Autor(es):
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Candido, Darlan S. [1, 2] ; Claro, Ingra M. [2, 3] ; de Jesus, Jaqueline G. [2, 3] ; Souza, William M. [4] ; Moreira, Filipe R. R. [5] ; Dellicour, Simon [6, 7] ; Mellan, Thomas A. [8] ; du Plessis, Louis [1] ; Pereira, Rafael H. M. [9] ; Sales, Flavia C. S. [2, 3] ; Manuli, Erika R. [2, 3] ; Theze, Julien [10] ; Almeida, Luiz [11] ; Menezes, Mariane T. [5] ; Voloch, Carolina M. [5] ; Fumagalli, Marcilio J. [4] ; Coletti, Thais M. [2, 3] ; Silva, Camila A. M. [2, 3] ; Ramundo, Mariana S. [2, 3] ; Amorim, Mariene R. [12] ; Hoeltgebaum, Henrique H. [13] ; Mishra, Swapnil [8] ; Gill, Mandev S. [7] ; Carvalho, Luiz M. [14] ; Buss, Lewis F. [2] ; Prete Jr, Carlos A. ; Ashworth, Jordan [15] ; Nakaya, I, Helder ; Peixoto, Pedro S. [16] ; Brady, Oliver J. [17, 18] ; Nicholls, Samuel M. [19] ; Tanuri, Amilcar [5] ; Rossi, Atila D. [5] ; Braga, V, Carlos K. ; Gerber, Alexandra L. [11] ; Guimaraes, Ana Paula de C. [11] ; Gaburo Jr, Nelson ; Alencar, Cecila Salete [20] ; Ferreira, Alessandro C. S. [21] ; Lima, Cristiano X. [22, 23] ; Levi, Jose Eduardo [24] ; Granato, Celso [25] ; Ferreira, Giulia M. [26] ; Francisco Jr, Ronaldo S. ; Granja, Fabiana [12, 27] ; Garcia, Marcia T. [28] ; Moretti, Maria Luiza [28] ; Perroud Jr, Mauricio W. ; Castineiras, Terezinha M. P. P. [29] ; Lazari, Carolina S. [30] ; Hill, Sarah C. [1, 31] ; de Souza Santos, Andreza Aruska [32] ; Simeoni, Camila L. [12] ; Forato, Julia [12] ; Sposito, Andrei C. [33] ; Schreiber, Angelica Z. [34] ; Santos, Magnun N. N. [34] ; de Sa, Camila Zolini [35] ; Souza, Renan P. [35] ; Resende-Moreira, Luciana C. [36] ; Teixeira, Mauro M. [37] ; Hubner, Josy [38] ; Leme, Patricia A. F. [39] ; Moreira, Rennan G. [40] ; Nogueira, Mauricio L. [41] ; Ferguson, Neil M. [8] ; Costa, Silvia F. [2, 3] ; Proenca-Modena, Jose Luiz [12] ; Vasconcelos, Ana Tereza R. [42] ; Bhatt, Samir [8] ; Lemey, Philippe [7] ; Wu, Chieh-Hsi [43] ; Rambaut, Andrew [44] ; Loman, Nick J. [19] ; Aguiar, Renato S. [35] ; Pybus, Oliver G. [1] ; Sabino, Ester C. [3] ; Faria, Nuno Rodrigues [2, 8] ; Discovery, Brazil-UK Ctr Arbovirus
Número total de Autores: 79
Afiliação do(s) autor(es):
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[1] Univ Oxford, Dept Zool, Oxford - England
[2] Univ Sao Paulo, Fac Med, Inst Med Trop, Sao Paulo - Brazil
[3] Univ Sao Paulo, Fac Med, Dept Molestias Infecciosas & Parasitaries, Sao Paulo - Brazil
[4] Fac Med Ribeirao Preto, Ctr Pesquisa Virol, Ribeirao Preto - Brazil
[5] Univ Fed Rio de Janeiro, Dept Genet, Inst Biol, Rio De Janeiro - Brazil
[6] Univ Libre Bruxelles, Spatial Epidemiol Lab, Brussels - Belgium
[7] Katholieke Univ Leuven, Dept Microbiol Immunol & Transplantat, Rega Inst, Leuven - Belgium
[8] Imperial Coll London, MRC Ctr Global Infect Dis Anal, J IDEA, London - England
[9] V, Inst Appl Econ Res, Brasilia, DF - Brazil
[10] Univ Clermont Auvergne, VetAgro Sup, INRAE, UMR EPIA, St Genes Champanelle - France
[11] Lab Bioinformat, Lab Natl Comp Cient, Petropolis - Brazil
[12] Univ Estadual Campinas, Dept Genet Evolucao Microbiol & Imunol, Inst Biol, Campinas - Brazil
[13] Imperial Coll London, Dept Math, London - England
[14] Fundacao Getalio Vargas, Escola Matemat Aplicada EMAp, Rio De Janeiro - Brazil
[15] Univ Edinburgh, Usher Inst, Edinburgh, Midlothian - Scotland
[16] Univ Sao Paulo, Inst Matemat & Estat, Dept Matemat Aplicada, Sao Paulo - Brazil
[17] London Sch Hyg & Trop Med, Dept Infect Dis Epidemiol, Fac Epidemiol & Populat Hlth, London - England
[18] London Sch Hyg & Trop Med, Ctr Math Modelling Infect Dis, London - England
[19] Univ Birmingham, Inst Microbiol & Infect, Birmingham, W Midlands - England
[20] Univ Sao Paulo, LIM Lab Med Lab 03, Hosp Clin, Fac Med, Sao Paulo - Brazil
[21] Inst Hermes Pardini, Belo Horizonte, MG - Brazil
[22] Univ Fed Minas Gerais, Fac Med, Dept Cirurgia, Belo Horizonte, MG - Brazil
[23] Simile Inst Imunol Aplicada Ltda, Belo Horizonte, MG - Brazil
[24] Lab DASA, Sao Paulo - Brazil
[25] Lab Fleury, Sao Paulo - Brazil
[26] Univ Fed Uberlandia, Inst Glandes Biomed, Lab Virol, Uberlandia, MG - Brazil
[27] Univ Fed Roraima, Ctr Estudos Biodiversidade, Boa Vista, Parana - Brazil
[28] Univ Estadual Campinas, Fac Ciencias Med, Div Doences Infecciacas, Campinas, SP - Brazil
[29] Univ Fed Rio de Janeiro, Fac Med, Dept Doencas Infeccioses & Parasitarias, Rio De Janeiro - Brazil
[30] Univ Sao Paulo, Cent Hosp Clin, Fac Med, Div Lab, Sao Paulo - Brazil
[31] Royal Vet Coll, Dept Pathobiol & Populat Sci, Hatfield, Herts - England
[32] Univ Oxford, Latin Amer Ctr, Oxford Sch Global & Area Studies, Oxford - England
[33] Univ Estadual Campinas, Fac Ciencias Med, Dept Clin Med, Campinas, SP - Brazil
[34] Univ Estadual Campinas, Dept Patol, Fac Ciencias Med, Campinas, SP - Brazil
[35] Univ Fed Minas Gerais, Dept Genet Ecol & Evolucao, Inst Ciencias Biol, Belo Horizonte, MG - Brazil
[36] Univ Fed Minas Gerais, Inst Ciencias Biol, Dept Bot, Belo Horizonte, MG - Brazil
[37] Univ Fed Minas Gerais, Dept Bioquim & Imunol, Belo Horizonte, MG - Brazil
[38] Univ Fed Minas Gerais, Inst Ciencias Biol, Dept Biol Celular, Belo Horizonte, MG - Brazil
[39] Univ Estadual Campinas, Ctr Saude Comunidade, Campinas, SP - Brazil
[40] Univ Fed Minas Gerais, Ctr Labs Multiusuarios, Inst Ciencias Biol, Belo Horizonte, MG - Brazil
[41] Fac Med Sao Jose do Rio Preto, Lab Pesquisas Virol, Sao Jose Do Rio Preto, SP - Brazil
[42] Francisco Jr, Jr., Ronaldo S., Lab Bioinformat, Lab Natl Comp Cient, Petropolis - Brazil
[43] Univ Southampton, Math Sci, Southampton, Hants - England
[44] Univ Edinburgh, Inst Evolutionary Biol, Edinburgh, Midlothian - Scotland
Número total de Afiliações: 44
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Science; v. 369, n. 6508, SI, p. 1255+, SEP 4 2020.
Citações Web of Science: 124
Resumo

Brazil currently has one of the fastest-growing severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) epidemics in the world. Because of limited available data, assessments of the impact of nonpharmaceutical interventions (NPIs) on this virus spread remain challenging. Using a mobility-driven transmission model, we show that NPIs reduced the reproduction number from >3 to 1 to 1.6 in Sao Paulo and Rio de Janeiro. Sequencing of 427 new genomes and analysis of a geographically representative genomic dataset identified >100 international virus introductions in Brazil. We estimate that most (76%) of the Brazilian strains fell in three clades that were introduced from Europe between 22 February and 11 March 2020. During the early epidemic phase, we found that SARS-CoV-2 spread mostly locally and within state borders. After this period, despite sharp decreases in air travel, we estimated multiple exportations from large urban centers that coincided with a 25% increase in average traveled distances in national flights. This study sheds new light on the epidemic transmission and evolutionary trajectories of SARS-CoV-2 lineages in Brazil and provides evidence that current interventions remain insufficient to keep virus transmission under control in this country. (AU)

Processo FAPESP: 20/04558-0 - Caracterização de fatores de risco intrínsecos e o desenvolvimento de novas alternativas de diagnóstico e tratamento para COVID-19
Beneficiário:José Luiz Proença Módena
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 16/00194-8 - Patogênese e neurovirulência de vírus emergentes no Brasil
Beneficiário:José Luiz Proença Módena
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 19/21301-5 - Identificação de Flavivirus e Alphavirus em mosquitos (Diptera: Culicidae) coletados na cidade de São Paulo
Beneficiário:Camila Alves Maia da Silva
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Processo FAPESP: 18/14389-0 - Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (CADDE)
Beneficiário:Ester Cerdeira Sabino
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 18/14933-2 - Biologia integrativa aplicada à saúde humana
Beneficiário:Helder Takashi Imoto Nakaya
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
Processo FAPESP: 17/13981-0 - Caracterização, genômica e diagnóstico de vírus com importância em saúde pública no Brasil por sequenciamento de alto desempenho
Beneficiário:William Marciel de Souza
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 20/04836-0 - Estudo clínico e epidemiológico de SARS-CoV-2 em uma coorte prospectiva populacional e hospitalar em São José do Rio Preto, São Paulo, Brasil, durante pandemia de 2020
Beneficiário:Maurício Lacerda Nogueira
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 18/25468-9 - Análise da expressão dos retrovírus endógenos humanos em pacientes infectados pelo HTLV
Beneficiário:Flavia Cristina da Silva Sales
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 16/18445-7 - Métodos numéricos para a nova geração de modelos de previsão de tempo e clima
Beneficiário:Pedro da Silva Peixoto
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 18/09383-3 - Estudo sobre epitopos de Flavivirus com importância médica no Brasil e de seus anticorpos
Beneficiário:Marcilio Jorge Fumagalli
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 18/17176-8 - Em tempo real, rápida detecção e sequenciamento de arbovírus no Brasil: Zika, Dengue, Chikungunya e Febre Amarela
Beneficiário:Ingra Morales Claro
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 19/12000-1 - Modelagem da dispersão espaço-temporal de arbovírus emergentes usando fontes de dados heterogêneas no Estado de São Paulo
Beneficiário:Jaqueline Goes de Jesus
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 19/07544-2 - Coletas de campo de mosquito e identificação de código de barras COI usando a tecnologia MinION
Beneficiário:Thaís de Moura Coletti
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Processo FAPESP: 19/24251-9 - Abordagens multi-ômicas para o estudo da doença por Chikungunya
Beneficiário:William Marciel de Souza
Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado