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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

miRTil: An Extensive Repository for Nile Tilapia microRNA Next Generation Sequencing Data

Texto completo
Autor(es):
Bovolenta, Luiz Augusto [1] ; Pinhal, Danillo [2] ; Acencio, Marcio Luis [3] ; de Oliveira, Arthur Casulli [2] ; Moxon, Simon [4] ; Martins, Cesar [5] ; Lemke, Ney [1]
Número total de Autores: 7
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Sao Paulo State Univ UNESP, Inst Biosci Botucatu, Dept Biophys & Pharmacol, BR-18618689 Botucatu, SP - Brazil
[2] Sao Paulo State Univ UNESP, Inst Biosci Botucatu, Dept Chem & Biol Sci, BR-18618689 Botucatu, SP - Brazil
[3] Univ Luxembourg, Luxembourg Ctr Syst Biomed, Campus Belval, 7 Ave Hauts Fourneaux, L-4362 Esch Sur Alzette - Luxembourg
[4] Univ East Anglia UEA, Sch Biol Sci, Norwich Res Pk, Norwich NR4 7TJ, Norfolk - England
[5] Sao Paulo State Univ UNESP, Inst Biosci Botucatu, Dept Struct & Funct Biol, BR-18618689 Botucatu, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 5
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: CELLS; v. 9, n. 8 AUG 2020.
Citações Web of Science: 0
Resumo

Nile tilapia is the third most cultivated fish worldwide and a novel model species for evolutionary studies. Aiming to improve productivity and contribute to the selection of traits of economic impact, biotechnological approaches have been intensively applied to species enhancement. In this sense, recent studies have focused on the multiple roles played by microRNAs (miRNAs) in the post-transcriptional regulation of protein-coding genes involved in the emergence of phenotypes with relevance for aquaculture. However, there is still a growing demand for a reference resource dedicated to integrating Nile Tilapia miRNA information, obtained from both experimental and in silico approaches, and facilitating the analysis and interpretation of RNA sequencing data. Here, we present an open repository dedicated to Nile Tilapia miRNAs: the ``miRTil database{''}. The database stores data on 734 mature miRNAs identified in 11 distinct tissues and five key developmental stages. The database provides detailed information about miRNA structure, genomic context, predicted targets, expression profiles, and relative 5p/3p arm usage. Additionally, miRTil also includes a comprehensive pre-computed miRNA-target interaction network containing 4936 targets and 19,580 interactions. (AU)

Processo FAPESP: 10/20684-3 - Utilização de aprendizado de máquina em redes biológicas para previsão e determinação de regras para emergência de fenótipos de interesse
Beneficiário:Marcio Luis Acencio
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 12/13450-1 - Análise exploratória em larga escala de miRNAs expressos em tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática.
Beneficiário:Luiz Augusto Bovolenta
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 12/15589-7 - Investigação da composição, funcionalidade e dinâmica evolutiva de microRNAs no genoma de peixes utilizando RNA-Seq e genética reversa
Beneficiário:Danillo Pinhal
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 14/08420-1 - Análise de miRNAs altamente expressos no coração da Tilápia do Nilo utilizando bioinformática
Beneficiário:Arthur Casulli de Oliveira
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Iniciação Científica
Processo FAPESP: 15/19176-7 - Investigando variações e funções de pequenos RNAs não-codificantes em Oreochromis niloticus
Beneficiário:Luiz Augusto Bovolenta
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Processo FAPESP: 11/06465-0 - Identificação e caracterização de microRNAs no genoma da tilápia do Nilo Oreochromis niloticus
Beneficiário:César Martins
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 13/03644-6 - Análise do transcriptoma de microRNAs no tecido cardíaco da Tilápia do Nilo utilizando RNA-seq e genômica comparativa
Beneficiário:Arthur Casulli de Oliveira
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica