Sou graduado em Ciências Biológicas - Bacharelado pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1991), mestre em Química (Química Analítica) pela Universidade de São Paulo (1994) e doutorado em Físico-Química pela Universidade de São Paulo (1998), ambos no campus de São Carlos,SP. Durante a pós-graduação iniciei a minha formação em Biologia Estrutural, desenvolvendo projetos no estudo de lectinas vegetais de interesse farmacológico, nos âmbitos experimental (cristalografia de raiso-X) como computacional, aplicando técnicas de modelagem molecular e dinâmica molecular. Durante minha pós-graduação despertei um grande interesse pela área de computação científica tanto na área de programação como em administração de sistemas. Em 1998, iniciava-se no Brasil a iniciativa pioneira do projeto Genoma Humano, liderada pelo Instituto Ludwig de Pesquisas sobre o Câncer e pela Fapesp. Tive a felicidade de ser recrutado para a divisão de Bioinformática do projeto, onde fui introduzido para as áreas de Genômica e transcriptômica, participando ativamente da análise de dados de ESTs e anotação dos transcritos obtidos de bibliotecas tumorais por diverso grupos de pesquisa do Estado de São Paulo. Em 2002, fui convidado para fundar um grupo de pesquisa em Bioinformática no Laboratório de Genética e Cardiologia Molecular no Instituto do Coração, HCFMUSP. Essa nova desafiante empreitada no INCOR, me propiciou o aprendizado de técnicas de análise de expressão gênica (como microarray e SAGE) bem como a introdução a universo de genética molecular, o que propiciou uma visão mais ampla em biologia, ou seja, o entendimento do genoma humano no nível da população. Essa nova frente de pesquisa permitiu também que eu pudesse voltar ao universo da Biologia estrutural, utilizando modelagem e dinâmica molecular para avaliar o efeito de mutaçoes em um dado gene nas proteínas codificadas. Em 2010, fui convidado pra um novo desafio, desta vez para iniciar um grupo de Bioinformática e Biologia Computacional no Laboratório Nacional de Biociências, do Centro Nacional de Pesquisas em Energia e Materiais (LNBio/CNPEM), que me trouxe novamente para área de Biologia Estrutural. Depois de 12 anos de desafios no LNBio, desenvolvemos as seguintes linhas: 1) Modelagem de interações macromoleculares, principalmente interações proteína-proteínas; 2)Modelagem de interações de pequenos ligantes e proteínas; 3)Triagem virtual de bibilotecas de compostos em larga escala; 4)Caracterização funcional de alvos terapêuticos potenciais por modelagem molecular de proteínas e mecânica molecular; 5) Desenvolvimento de algoritmos em Biologia Computacional, onde se destacam o nosso metodo de detecção e caracterização de cavidades macromoleculares (KVFinder); 6) Desenvolvimento de métodos de deep learning aplicados à problemas biológicos. Neste último caso temos desenvolvido métodos para estudar a dinâmica de formação de estrututas secundárias durante o processo de enovelamento de proteínas. Também, estamos trabalhando na criação de redes neurais aplicadas ao diagnóstico e prognóstico precoce de diabetes tipo 2 usando variantes nucleotídicas pontuais (SNV). (Fonte: Currículo Lattes)
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| Em pessoas insensíveis à dor, a sugestão para um novo analgésico |
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A prospecção e caracterização de sítios de ligação são tarefas essenciais na análise estrutural de proteínas, permitindo uma melhor compreensão das complexas interações macromoleculares. Características topológicas e físico-químicas apresentadas na interface de contato ditam as funções das proteínas. O avanço da proteômica na última década tem trazido à tona um repositório praticamente i…
As proteínas cinase possuem um papel importante na sinalização celular coordenando vários processos celulares, incluindo: metabolismo, crescimento, divisão, diferenciação, mobilidade, transporte através de membranas, contração, e apoptose. Alterações nas proteínas-cinase acarretam um grande número de doenças como inflamações, doenças auto-imune, cânceres e patologias cardíacas. As proteín…
Na primeira parte, foi descrito o desenvolvimento de uma metodologia para análise em larga escala de splicing alternativo no transcriptoma humano. Neste trabalho, é mostrado um meio de se descrever formas de splicing alternativo de transcritos de um dado gene utilizando uma matriz de dígitos binários e utilizamos os dados obtidos para calcular estatísticas do processo de splicing alternat…
A interação entre fatores de transcrição e seus sítios de ligação é a base de todo o processo de expressão gênica. Esta interação é seletiva, possibilitando um controle efetivo da expressão gênica, que é um passo crucial em múltiplos processos celulares, desde o correto desenvolvimento e diferenciação dos tecidos durante a embriogênese, até o controle de condições patológicas. Desta manei…
A identificação e caracterização de cavidades em proteínas são deverasimportantes, haja vista que são capazes de prover informações que otimizam oprocesso de desenho de drogas e de caracterização funcional de sítios deligação. Propomos neste projeto o desenvolvimento de um software paramapeamento de cavidades cuja gama de qualidades se faz ausente nos softwaresatuais, tais como eficiência…
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