Perfil das alterações genômicas encontradas nos diferentes estágios de desenvolvimento do carcinoma ex-adenoma pleomórfico: uma análise abrangente por sequenciamento completo do exoma e hibridização genômica comparativa baseada em array = Genomic profile of different stages of carcinoma ex pleomorphic adenoma development: a comprehensive analysis using whole exome sequencing and array-based comparative genomic hybridization

O adenoma pleomórfico (AP) é propenso a alterações genéticas que levam à sua contraparte maligna, o carcinoma ex-adenoma pleomórfico (CXAP), um tumor raro e agressivo com comportamento e prognóstico distintos. Utilizando o sequenciamento completo do exoma (WES), examinamos o DNA de 7 pacientes com AP, 13 com CXAP e 5 com AP residual. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) foram identificadas em todas as amostras, filtradas com uma frequência alélica de doença na população (AF) ?0,2, e esses resultados foram validados por imunofluorescência. Identificamos 823 genes com mutações não sinônimas, sendo 30,5% exclusivos para AP, 28,7% para AP residual e 18,3% para CXAP. Notavelmente, 12,6% desses genes apresentavam mutações persistentes do AP para o CXAP, enquanto 7,9% exibiam mutações ao longo da sequência adenoma-carcinoma. Os alvos-chave incluíram genes relacionados à matriz extracelular (MEC) (especialmente TNXB), genes supressores de tumor conhecidos (PCDH9, LRMP, KDM5A, RB1, TP53), e oncogenes cruciais (USP4, MUC4, BRAF, GNAS) em importantes vias do câncer, incluindo a mutação pontual do gene MYB nos três grupos analisados. A análise de imunofluorescência revelou expressão de c-Myb em todos os grupos, com redução ao longo da sequência adenoma-carcinoma, refletindo o impacto de alterações no número de cópias (CNAs) na perda deste gene ao longo da sequência adenoma-carcinoma. Esses achados foram corroborados pela análise de 27 casos de CXAP e 14 amostras de AP residual pareadas, utilizando hibridização genômica comparativa baseada em array (aCGH). Além disso, nossos resultados do aCGH, evidenciaram a persistência do ganho cromossômico de PLAG1 tanto no AP residual quanto no CXAP. Amplificações de HMGA2 e RPSAP52 foram prevalentes, enquanto a amplificação de GRB7 pode representar um passo inicial na transformação maligna de AP para CXAP. Os genes amplificados em áreas transformadas do tumor foram enriquecidos para processos biológicos relacionados à sinalização imunológica (como genes da família INF-?). Em relação ao shift metabólico adquirido na transformação maligna do AP, observamos que FASN e GLUT-1 apresentam alterações nos tumores malignos, conforme evidenciado por diferentes metodologias. Além disso, no desenvolvimento do CXAP, a célula mioepitelial parece desempenhar um papel de destaque em vários processos e interações, apesar de ter um papel ambíguo na literatura. Nossos achados do WES apontam mutações em diferentes genes e vias que podem estar relacionados a célula mioepitelial, especialmente utilizando-se da MEC como palco de fundo para alterações no microambiente tumoral. Por fim, é crucial notar que as alterações genéticas encontradas em CXAP já estavam presentes na área benigna residual adjacente à área de transformação. Em resumo, este estudo lança luz sobre a intrincada coreografia de mutações pontuais e cromossômicas que ocorrem simultaneamente em oncogenes e genes supressores de tumor para orquestrar a transformação do AP em CXAP, com a célula mioepitelial sendo um possível alvo de mutações neste processo. Nossos resultados enfatizam também a presença precoce de alterações genéticas cruciais na área benigna residual, que, embora apresente características morfológicas de um AP convencional, exibe uma assinatura molecular pré-maligna (AU)