Caracterização morfológica, bioquímica, molecular e fenotípica de isolados de BARTONELLA spp. de Roedores e marsupiais no pantanal brasileiro, com descrição de BARTONELLA MARCHADOAE sp. nov e BARTONELLA HARRUSI sp. nov.

O gênero Bartonella compreende alphaproteobactérias Gram-negativas intracelulares facultativas e fastidiosas capazes de infectar uma grande variedade de mamíferos e transmitidas por artrópodes vetores. Embora roedores representem importantes reservatórios de Bartonella ao redor do mundo, poucos são os estudos acerca da caracterização genômica de espécies de Bartonella comumente encontradas neste táxon. Por outro lado, Bartonella spp. foi detectada em marsupiais e/ou ectoparasitas associados somente na Austrália e Estados Unidos. O presente estudo teve como objetivo caracterizar molecular, morfológica, bioquímica e fenotipicamente espécies de Bartonella isoladas de amostras de sangue de roedores e marsupiais de vida livre amostrados no Pantanal brasileiro, a maior área úmida da América do Sul. Para tanto, foram capturados 61 animais (59 roedores e 2 marsupiais) em dezembro de 2018 e 76 (70 roedores e 6 marsupiais) em fevereiro de 2019, totalizando 137 pequenos mamíferos amostrados, dos quais 129 (94,4 %) roedores e oito (5,6%) marsupiais. Dentre os 129 roedores amostrados, 79 (61,2%) animais pertenciam à espécie Thrichomys fosteri, quatro (3,1%) à espécie Clyomys laticeps, e 46 (35,7%) à espécie Oecomys mamorae. Dentre os oito marsupiais capturados, 5 (62,5%) pertenciam à espécie Thylamys macrurus e 3 (37,5%) à espécie Monodelphis domestica. Todas as amostras biológicas foram submetidas à qPCR para Bartonella spp. baseada no gene nuoG, cultura líquida de pré-enriquecimento e cultura sólida em ágar chocolate. Bartonella spp. foi detectada em 24% dos roedores amostrados e em quatro dos oito marsupiais amostrados. Uma cepa isolada de amostra de sangue de T. fosteri e uma cepa isolada de amostra de sangue de T. macrurus que se mostraram intimamente relacionadas ao complexo Bartonella vinsonii por meio de análises filogenéticas (Máxima Verossimilhança) e de distância (SplitsTree) baseadas em diversos marcadores moleculares, foram selecionadas para sequenciamento do genoma completo, utilizando para tal abordagem híbrida em plataformas de sequenciamento Illumina NovaSeq e Nanopore. As cepas isoladas de T. fosteri (strain 56A) e T. macrurus (117A) exibiram um genoma circular de 2,7 Mbp e 2,35 Mbp, com um conteúdo C + G médio de 39% e 38,8%, e codificação de 2.239 e 2.013 genes, respectivamente. Além disso, exibiram uma identidade nucleotídica média (ANI) de 85% com espécies de Bartonella do grupo vinsonii e de 91% entre si. Análise filogenômica baseada em 291 genes codificantes para proteínas e compartilhados entre genomas de 53 espécies de Bartonella, posicionou ambas as cepas em um clado intimamente relacionado a Bartonella vinsonii subsp. vinsonii, B. vinsonii subsp. berkhoffii e B. vinsonii subsp. arupensis, com alto valor de suporte de clado, apoiando a separação destas cepas em duas espécies diferentes, agora formalmente denominadas Bartonella machadoae nov. sp. (isolada de T. fosteri) e Bartonella harrusi nov. sp. (isolada de T. macrurus). Bartonella machadoae sp. nov. e Bartonella harrusi sp. nov. foram caracterizadas como pequenos bastonetes capnofílicos, microaerofílicos e aeróbios com ausência de pili e flagelos. Em conclusão, descrevemos as características bioquímicas, morfológicas, fenotípicas e genômicas de Bartonella machadoae, uma nova espécie isolada de amostras de sangue de roedor da espécie T. fosteri, e de Bartonella harrusi, uma nova espécie isolada de amostras de sangue de marsupiais da espécie T. macrurus, no Pantanal brasileiro. (AU)