Análise de um sistema de restrição-modificação da bactéria Xylella fastidiosa
Processo: | 98/14455-8 |
Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Mestrado |
Vigência (Início): | 01 de abril de 1999 |
Vigência (Término): | 31 de agosto de 2000 |
Área do conhecimento: | Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular |
Pesquisador responsável: | Ronaldo Bento Quaggio |
Beneficiário: | Cássia Docena |
Instituição Sede: | Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil |
Assunto(s): | Xylella fastidiosa Genomas Análise de sequência de DNA |
Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Genoma | Sequenciamento De Dna | Xylella Fastidiosa |
Resumo Agente da clorose variegada dos citros (CVC) ou amarelinho, Xylella fastidiosa, uma bactéria gram-negativa, tem grande importância na economia agrícola do Estado de São Paulo com grande parte da agricultura centrada na produção de sucos e derivados cítricos. Com o objetivo de treinar laboratórios do Estado de São Paulo em técnicas modernas de biologia molecular e biotecnologia, o projeto genoma criado pela FAPESP habilitou estes laboratórios a seqüenciar o genoma completo da bactéria Xylella fastidiosa em larga escala, contribuindo internacionalmente para a elucidação de sua completa informação genética. A estratégia para o seqüenciamento do genoma da bactéria foi definida pela FAPESP através de um Comitê Coordenador de DNA, responsável pela distribuição aos laboratórios do material a ser seqüenciado. Trinta e cinco laboratórios, na capital e interior do estado, foram escolhidos para o desenvolvimento do projeto, sendo dois desses laboratórios considerados centrais e coordenadores do seqüenciamento. Dentre estes laboratórios, situa-se o Laboratório Central QR ao qual refere-se este relatório. O período de seqüenciamento descrito é referente aos meses de abril de 1998 a janeiro de 2000. Neste período participamos na elaboração de uma série de métodos para a otimização do seqüenciamento de DNA em larga escala. Estes métodos incluíram a preparação de amostras de DNAs para seqüenciamento automático, preparação de bibliotecas a partir decosmídeos e uma série de pequenas otimizações de procedimentos já estabelecidos. O objetivo seguinte a esta etapa, o qual é propósito do projeto de dissertação de mestrado, foi à realização da anotação de genes das seqüências de alguns cosmídeos comparando-os às de outros organismos e classificando-os em categorias de acordo com sua estrutura e função biológica, utilizando como ferramenta, bancos de dados disponíveis na Interne. Este relatório descreve as metodologias empregadas pelo Laboratório Central QR (coordenado pelo Prof. Dr. Fernando de Castro Reinach, Prof. Dr. Ronaldo Bento Quaggio e Profa. Dra. Ana Cláudia Rasera da Silva), os resultados obtidos e as técnicas de avaliação destes resultados de acordo com as normas estabelecidas pelo Comitê Coordenador de DNA e pelo Centro de Computação da Unicamp. (AU) | |
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