Bolsa 24/00963-8 - Biodiversidade, Biologia computacional - BV FAPESP
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Desenvolvimento de análises em bioinformática na ecotoxicologia marinha: transcriptoma do anfípodo Tiburonella viscana.

Processo: 24/00963-8
Modalidade de apoio:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
Data de Início da vigência: 01 de maio de 2024
Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2024
Área de conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Oceanografia - Oceanografia Biológica
Pesquisador responsável:Lucas Buruaem Moreira
Beneficiário:Olívio de Araujo Netto
Supervisor: Tomaso Patarnello
Instituição Sede: Instituto do Mar (IMar). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus Baixada Santista. Santos , SP, Brasil
Instituição Anfitriã: Università Degli Studi Di Padova, Campus Agrípolis - Legnaro, Itália  
Vinculado à bolsa:22/14868-1 - Estudo do transcriptoma do anfípodo escavador Tiburonella viscana exposto a sedimentos contaminados., BP.MS
Assunto(s):Biodiversidade   Biologia computacional   Ciências ômicas   Crustacea   Poluição do mar   Ecotoxicologia
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:biodiversidade marinha | bioinformática | ciências ômicas | Crustacea | poluição marinha | Toxicidade de sedimentos | Ecotoxicologia

Resumo

A poluição marinha é uma das principais ameaças à biodiversidade e os testes de toxicidade são importantes ferramentas para descrever e identificar os riscos ecológicos resultantes da contaminação. A consolidação das tecnologias ômicas através do sequenciamento de nova geração (NGS) como a transcriptômica permite a decodificação de mecanismos moleculares de toxicidade e biomarcadores específicos, fundamentais para a descrição de eventos iniciadores das vias de efeitos adversos, tornando-se essencial para o monitoramento, controle e remediação da poluição. Para isso, é fundamental a formação de recursos humanos para a consolidação das técnicas de bioinformática na ecotoxicologia marinha. Sendo assim, o presente projeto tem como objetivo a realização de um treinamento para o desenvolvimento de análises em bioinformática dos transcriptomas do anfípodo escavador T. viscana, um dos principais modelos utilizados no Brasil. Testes de toxicidade foram realizados em laboratório, e o RNA dos organismos foram extraídos e sequenciados na plataforma Illumina NextSeq, gerando 34 transcriptomas (arquivos formatos FASTQ). A partir dos dados gerados, serão realizadas durante o treinamento as seguintes etapas de análise: qualidade dos fragmentos (FASTQC e trimagem), eliminação dos RNAs ribossomais, montagem de novo de transcriptomas (Trinity, RNASpades e BUSCO) e categorização dos genes expressos (Kallisto e PCA), análise funcional dos transcritos (clusterProfiler) e produção de gráficos dos genes diferencialmente expressos (RLE). Ao final do treinamento, os conhecimentos adquiridos serão transferidos através de uma disciplina no âmbito da pós-graduação da Instituição sede.

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