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Identificação de sítios de início de transcrição e possíveis regiões promotoras em Trypanossoma cruzi

Processo: 22/15610-8
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de janeiro de 2024
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2026
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Bioquímica de Microorganismos
Pesquisador responsável:Julia Pinheiro Chagas da Cunha
Beneficiário:Letícia de Sousa Lopes
Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:18/15553-9 - Indo a fundo na regulação da cromatina de Trypanosoma cruzi: identificação de novas moléculas e questionando seu possível impacto no controle da transcrição, AP.JP2
Assunto(s):Genes de virulência   RNA polimerase II   Trypanosoma cruzi   Biologia molecular
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:ChIP-seq | Genes de virulência | regiões promotoras | Regulação de transcrição | RNA Polimerase II | Trypanossoma cruzi | Biologia Molecular

Resumo

Trypanossoma cruzi é o parasita causador da Doença de Chagas. Recentemente foi proposto que seu genoma é organizado em dois compartimentos: o compartimento central - composto por genes altamente conservados, e o compartimento disruptivo - composto por genes que evoluem rapidamente, como os genes de virulência trans-sialidase, mucinas e MASP. Nosso grupo mostrou enriquecimento da histona H2B variante (H2B.V), um marcador das regiões de início de transcrição (TSS), na transição entre esses compartimentos. Como um tripanossomatídeo, a transcrição de T. cruzi ocorre de forma policistrônica, ou seja, a RNA Polimerase II transcreve seus genes codificadores de proteínas em longos transcritos. Até os dias atuais não foram descritas regiões promotoras específicas presentes em T. cruzi, indicando que sua regulação gênica aconteceria principalmente por mecanismos pós-transcricionais. Todavia, estudos publicados recentemente identificaram a presença de sequencias promotoras especificas capazes de conduzir o início da transcrição pela RNA Pol II em T. brucei. Desta forma, neste projeto de doutorado nos propomos a determinar regiões de início de transcrição (TSSs) em T. cruzi, visando a identificação de possíveis sequencias promotoras próximas ao compartimento disruptivo e possivelmente associadas a expressão de genes de virulência. Duas metodologias em larga escala serão empregadas para mapear as TSSs. Primeiramente, utilizaremos a técnica de imunoprecipitação da cromatina seguido de sequenciamento em larga escala (ChIP-seq) para determinar locais enriquecidos com RNA Pol II, uma vez que o enriquecimento desta enzima se correlaciona com a pausa transcricional a jusante de regiões promotoras. Iremos comparar a localização das proteínas RNA Pol II e H2B.V, visando identificar melhor delimitar as TSSs em T. cruzi. Além disso, iremos mapear a distribuição de pequenos transcritos primários nascentes para corroborar com os ensaios anteriores. As TSSs identificadas serão avaliadas in silico para delimitar a menor sequência promotora possível para iniciar a transcrição em T. cruzi. Para a conclusão deste doutorado, iremos investigar funcionalmente as regiões encontradas em um ensaio in vivo utilizando o gene repórter luciferase com o intuito de identificar sequências mínimas de DNA capazes de conduzir a transcrição em T. cruzi. Acreditamos que este projeto de doutorado permitirá esclarecer melhor os mecanismos de transcrição em T. cruzi, determinando TSSs e suas possíveis sequencias promotoras.

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