Avaliação do escape imunológico do SARS-CoV-2 por meio da análise da resposta imune de pacientes internados com COVID-19 moderada ou grave durante a onde de infecções pela variante Ômicron

Resumo

O presente projeto será desenvolvido com conjunto com o Biobanco da Universidade Federal de São Paulo - UNIFESP e contará com 100 amostras de soro, plasma e concentrado leucocitário provenientes de pacientes que estiveram internados no Hospital Universitário São Paulo (HUHSP) com COVID-19 moderada ou grave durante a onda de infecção com a variante Ômicron de SARS-CoV-2 (e subvariantes) e estão disponíveis no Biobanco UNIFESP. Nessas amostras será analisada a resposta imune celular e humoral, além do perfil de citocinas no soro dos pacientes durante a infecção. Esses dados serão correlacionados com os perfis vacinais de cada um dos pacientes, comorbidades e status vacinal no momento da internação em decorrência da COVID-19. Com esses resultados, espera-se avaliar os níveis de proteção e possível escape imunológico das variantes e subvariantes de SARS-CoV-2 circulantes atualmente frente às vacinas de primeira geração utilizadas na imunização da população. Com isso, esperase encontrar elementos que permitam o aperfeiçoamento de futuros mecanismos terapêuticos e profiláticos, como o desenvolvimento de vacinas mais eficazes que evitem que o paciente venha a ser hospitalizado em decorrência da COVID-19. A técnica de PCR quantitativa em tempo real é considerada padrão ouro para o monitoramento da expressão gênica devido a sua alta sensibilidade e especificidade e rápida quantificação da expressão gênica. Para obtenção de dados confiáveis, os níveis de expressão dos genes de interesse devem ser normalizados com a utilização de dois ou mais genes de referência. Idealmente, os genes de referência devem apresentar expressão estável e variabilidade mínima entre amostras e sob diferentes condições experimentais. Portanto, previamente a um estudo de quantificação da expressão gênica, recomenda-se a realização de um experimento para determinação e validação dos genes de referência mais estáveis para cada amostra, população e doença estudada. Estudos recentes sugerem que a infecção por SARS-CoV-2 reprime não somente a resposta antiviral inata, como também altera a regulação epigenética da célula hospedeira e a expressão de genes de referência amplamente citados na literatura científica (Kee et al., 2022; Kumar et al., 2022). Além disso, é importante mencionar que SARS-CoV-2 manifesta um espectro de doenças que variam de assintomática a moderada e moderada a severa, cada uma com diferentes características clínicas, podendo invalidar os estudos de expressão gênica em amostras positivas para SARS-CoV-2. Objetivos do projeto: 1. Avaliar a resposta imune celular específica a peptídeos da proteína Spike (S) de SARS-CoV-2 em PBMCs provenientes de concentrado leucocitário de pacientes internados com COVID-19 moderada ou grave; 2. Avaliar o perfil de citocinas no plasma de pacientes internados com COVID-19 moderada ou grave; 3. Avaliar a capacidade de neutralização de pacientes internados com COVID-19 moderada ou grave frente às diferentes variantes do SARS-CoV-2. 4. Correlacionar os dados obtidos nas etapas acima com possíveis comorbidades e com o status vacinal dos pacientes no momento da internação em decorrência da COVID-19 afim de avaliar o escape imunológicos das variantes (subvariantes) de SARS-CoV-2 circulantes atualmente. 5. Avaliar a estabilidade de expressão dos principais genes de referência citados na literatura - ACTB, B2M, GAPDH, 18SRNAr e RPL13A e estabelecer quais deles são os mais estáveis a serem utilizados na normalização da expressão de genes alvos a partir de amostras positivas para SARSCoV- 2. (AU)