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Avaliação genômica, transcriptômica e fenotípica de aspectos da virulência de linhagens de Salmonella Infantis isoladas de fontes diversas no Brasil

Processo: 21/07365-0
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2023
Situação:Interrompido
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Juliana Pfrimer Falcão
Beneficiário:Felipe Pinheiro Vilela
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):23/11427-7 - Análise transcriptômica de Salmonella infantis do Brasil sob condições de sobrevivência relacionadas a saúde humana e segurança alimentar, BE.EP.DR
Assunto(s):Invasão celular   Transcriptoma   Virulência
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:invasão celular | Salmonella Infantis | Sequenciamento do genoma completo | Transcriptoma | Virulência | Epidemiologia Molecular de Enterobactérias

Resumo

A salmonelose causada por sorovariedades não-tifóides está entre as infecções bacterianas causadas por alimentos contaminados mais comuns no mundo. Salmonella enterica subespécie enterica sorovariedade Infantis (S. Infantis) é uma sorovariedade não-tifoide, ubiquitária, capaz de infectar uma ampla gama de hospedeiros animais além de humanos, e está entre as sorovariedades mais isoladas mundialmente. Entretanto, apesar da sua grande importância clínica e o impacto de sua presença em alimentos e no ambiente, há uma escassez de estudos que caracterizaram um número expressivo de linhagens desta sorovariedade isoladas de fontes diversas no Brasil. Os objetivos deste projeto serão avaliar aspectos relacionados à virulência de linhagens de S. Infantis isoladas de diversas fontes no Brasil através de análises genômicas, transcriptômicas e fenotípicas. Para isso, 80 linhagens de S. Infantis isoladas de alimentos (n=27), ambiente (n=24), humanos (n=19), animais (n=7) e ração animal (n=3) entre 2013 e 2018 em nove estados do país serão pesquisadas quanto a presença de genes de virulência, ilhas de patogenicidade, plasmídeos, sequências de profagos e genes de resistência utilizando dados obtidos pelo sequenciamento do genoma completo (WGS). Serão realizadas as análises filogenéticas de whole genome Multilocus Sequence Typing (wgMLST), core genome MLST (cgMLST), average nucleotide identity (ANI), pan-genoma e Gegenees para 30 linhagens a serem selecionadas também pelos dados do WGS. Estas 30 linhagens de S. Infantis a serem selecionadas serão ainda avaliadas fenotipicamente quanto a sua motilidade, formação de biofilmes, sobrevivência em condições de temperaturas diversas, salinidade, estresses ácido e oxidativo, invasão em células epiteliais intestinais humanas Caco-2, sobrevivência em macrófagos humanos U937 e sobrevivência in vivo no modelo Galleria mellonella. Finalmente, três linhagens de S. Infantis serão selecionadas para a análise do transcriptoma em uma das condições de estresse que serão avaliadas. Os resultados a serem obtidos irão ajudar a elucidar possíveis aspectos relacionados à virulência de linhagens de S. Infantis isoladas no Brasil e fornecerão dados que permitirão um melhor entendimento da infecção e doença causadas por essa sorovariedade de grande importância clínica e veterinária no mundo.

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