Vírus de dsRNA de protozoários do gênero Eimeria: caracterização da estrutura genômica e origens evolutivas

Resumo

Vírus com genomas lineares de dsRNA de diferentes famílias foram reportados em fungos e protozoários. No caso da família Totiviridae, os vírus possuem um capsídeo icosaédrico e um genoma de 5,0 a 6,5 kb com duas ORFs codificando uma proteína de capsídeo e uma RNA polimerase RNA dirigida (RDRP). Esses vírus foram encontrados em diferentes protozoários como Giardia, Leishmania, Trichomonas, Babesia e Eimeria, assim como em fungos como Saccharomyces cerevisiae e Helminthosporium victoriae e, mais recentemente, em artrópodes e moluscos. Vírus da família Amalgaviridae foram majoritariamente descritos em plantas, mas também em fungos e contêm um genoma de dsRNA de cerca de 3.5 kb com duas ORFs com sobreposição. Nunca houve a evidenciação de partículas virais e acredita-se que a ORF2 codifica uma RDRP e a ORF1 uma proteína que pode se um fator de complexo de replicação. No gênero Eimeria, foram descritos vírus de dsRNA em E. acervulina, E. brunetti, E. maxima, E. necatrix e E. tenella, espécies que infectam a galinha doméstica em E. nieschulzi de rato e em E. stiedae de coelho. O nosso grupo detectou e sequenciou um total de cinco genomas virais de 5,5-6,0 kb (Grupo 1) de três espécies de Eimeria de galinha e uma de coelho. Sequenciamos ainda três genomas provenientes de bandas de 4,0-4,5 kb (Grupo 2), derivadas de três espécies de Eimeria de galinha. Buscas de similaridade e análises filogenéticas mostraram que os vírus do Grupo 1 pertencem à família Totiviridae, enquanto os do Grupo 2 apresentam uma pequena similaridade com vírus da família Amalgaviridae. No presente projeto pretendemos dar continuidade a esse estudo e realizar análises da estrutura genômica desses vírus e buscas de estruturas de pseudonó e ribosomal slippery site, associadas ao mecanismo de ribosomal frameshifting. Pretendemos ainda realizar análises filogenéticas desses vírus com sequências publicamente disponíveis para elucidar as origens evolutivas dos dois grupos de vírus. Finalmente, pretendemos realizar predições de estrutura 3D da proteína da ORF1 de vírus do Grupo 2 para tentar elucidar a sua possível função.