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Estratégias para predição genômica em populações multirraciais de zebuínos aplicando o método do passo único genômico BLUP

Processo: 20/14275-5
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2022
Vigência (Término): 31 de julho de 2024
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Fernando Sebastián Baldi Rey
Beneficiário:Marisol Londoño Gil
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):22/15168-3 - Predições indiretas com base na avaliação genômica de populações cebuinas multirraciais usando o método de etapa única GBLUP com metafundadores, BE.EP.DR
Assunto(s):Bovinos de corte   Seleção genômica   Genômica
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Bovinos de corte | habilidade de predição | metafundadores | relações genômicas | selecao genomica | valor genômico | Genómica

Resumo

Objetiva-se avaliar diferentes estratégias para a avaliação de uma metapopulação composta por várias raças como Nelore, Brahman e Guzerá utilizando o método do passo único genômico BLUP para características de crescimento como peso à desmama (P210) e peso ajustados aos 15 meses de idade (P450). Como objetivos específicos têm-se: a) Avaliar diferentes estratégias para a obtenção matriz G, implementada no método ssGBLUP, em bovinos da raça Nelore, Guzerá e Brahman, considerando 1) G1: abordagem tradicional (default) do ssGBLUP; 2) G2: a matriz G será centrada nas frequências alélicas específicas de cada raça; 3) G3: A matriz G será centrada e escalada para as frequências alélicas específicas de cada raça; b) Investigar o efeito do uso de diferente número de metafundadores sobre as predições genômicas para P210 e P450 nas raças Nelore, Guzerá e Brahman, por meio da acurácia e viés dos GEBVs; c) Será verificado o impacto do uso de metafundadores e matrizes genômicas ponderadas sobre as predições genômicas, viés e habilidade de predição nos animais jovens genotipados para P210 e P450. Serão utilizadas informações fenotípicas e genotípicas do programa de melhoramento das raças Nelore (programa Nelore Brasil), Guzerá (programa Guzerá Brasil), Brahman (programa Brahman Brasil) da Associação de Criadores e Pesquisadores (ANCP), Ribeirão Preto, SP. Para as três raças serão utilizadas informações fenotípicas de peso ajustado aos 210 e 450 dias de idade, de fazendas localizadas nas regiões Sudeste, Centro-Oeste e Norte do Brasil. Para as características estudadas há um banco de dados disponível na raça Nelore, com aproximadamente 900.000 e 600.000 observações fenotípicas para P210 (190±32 kg) e P450 (285±58 kg), respectivamente, distribuídos em 294 propriedades. Para a raça Brahman, existe um banco de dados com aproximadamente 150.000 e 130.000 observações fenotípicas para P210 (183±32 kg) e P450 (273±56 kg), respectivamente, distribuídos em 35 propriedades. Para a raça Guzerá, existe um banco de dados com aproximadamente 60.000 e 50.000 observações fenotípicas para P210 (188±36 kg) e P450 (288±65 kg), respectivamente, distribuídos em 25 propriedades. Existe um banco de dados de genótipos de aproximadamente 100 mil animais da raça Nelore que foram genotipados utilizando o painel de baixa densidade SNP Chip ZL5 da Zoetis, que possui aproximadamente 30 mil marcadores do tipo SNP. Para a raça Brahman existe um banco de dados com cerca de 760 animais genotipados, 120 com o painel SNP Chip ZL5, 600 touros com mais de 20 progênies distribuídas em mais de 2 rebanhos para as características com o painel Illumina GeneSeek® Genomic Profiler (GGP) Indicus 50K da empresa Neogen. Para a raça Guzerá existe um banco de dados com cerca de 200 animais genotipados com o painel Illumina GGP com aproximadamente 30.000 SNPs, 120 animais genotipados no painel GGP Indicus 35K da empresa Neogen e 600 touros mais importantes da raça com mais de 20 progênies distribuídas em mais de 2 rebanhos para as características com o panel GGP Indicus 50K da empresa Neogen. Os resultados do presente projeto permitirão: Avaliar o impacto da implementação da avaliação genômica multirracial de raças zebuínas de corte utilizando diferentes abordagens; Formar e consolidar uma equipe de trabalho no âmbito nacional e internacional, constituído por diferentes especialistas de reconhecida trajetória que deverá formar uma plataforma sólida para a concretização de futuros projetos de pesquisa; Implementar metodologias estatísticas para a utilização de dados genômicos no melhoramento animal visando a avaliação multirracial em raças zebuínas; Serão produzidos em torno de 2 a 3 trabalhos científicos a serem publicados em periódicos de alto impacto na área.

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