Identificação e comparação de RNAs circulares em dados de transcritoma de arqueias

Resumo

RNAs circulares (circRNAs) são moléculas de RNA com extremidades 5' e 3' covalentemente ligadas descobertas em vírus/viroides e depois em eucariotos. Antes considerados como subprodutos de splicing, hoje sabe-se que os circRNAs podem ter diversas funções, desde reguladores da expressão gênica a moldes para tradução. Experimentos de sequenciamento de nova geração têm sido utilizados na identificação de RNAs circulares (Circ-seq) em diversos organismos, porém, sabe-se pouco sobre essas moléculas em procariotos. As arqueias, por apresentarem tanto características de bactérias quanto de eucariotos, podem ajudar a entender como os circRNAs se estabeleceram evolutivamente. Halobacterium salinarum NRC-1, em particular, é uma arqueia halófila modelo na Biologia Sistêmica para a qual dados inéditos de Circ-Seq foram gerados e cuja análise por Bioinformática minuciosa está pendente. Neste projeto, temos como objetivos (1) identificar e caracterizar os circRNAs de H. salinarum além de (2) investigar a história evolutiva e conservação dos circRNAs utilizando transcritômica comparativa, reanalisando dados publicados de outras arqueias. Para isso, iremos: desenvolver uma pipeline computacional de identificação de circRNAs, verificar níveis de expressão de circRNAs em diferentes condições; validar experimentalmente moléculas potencialmente relevantes para a biologia desta halófila; estudar interação entre os circRNAs e possíveis alvos; e investigar a história evolutiva dos circRNAs entre as arqueias, comparando-os entre diferentes espécies. Espera-se ajudar a elucidar o porquê de existir nenhum e/ou poucos circRNAs em bactérias, mas eles existirem em abundância e relevância em eucariotos. (AU)