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Análise in silício e transcricional de fatores de transcrição envolvidos no comprometimento fenotípico inicial de células mesenquimais do ligamento periodontal de humanos

Processo: 22/07707-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de novembro de 2022
Vigência (Término): 31 de outubro de 2023
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Odontologia - Periodontia
Pesquisador responsável:Denise Carleto Andia
Beneficiário:Bárbara Jardim Boaro
Instituição-sede: Vice-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação. Universidade Paulista (UNIP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Cultura de células   Células-tronco mesenquimais   Regulação da expressão gênica   Citometria de fluxo   Análise in silico
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Regulação gênica | transcricao | Cultura de células mesenquimais

Resumo

As células mesenquimais do ligamento periodontal de humanos (PDLCs) possuem potencial de diferenciação em algumas linhagens e são candidatas a terapias regenerativas. Nosso grupo de pesquisa caracterizou PDLCs com diferentes potenciais osteogênicos, ou seja, com alta (h-PDLCs) ou baixa (l-PDLCs) capacidade de formação de nódulos minerais in vitro. Recentemente, entre outras análises, essas PDLCs foram submetidas ao RNA-seq, seguido de análises de Bioinformática (FAPESP/University of Birmingham - 2017/07944-5), para acessar todos os transcritos do genoma. Interessantemente, as PDLCs com potenciais osteogênicos distintos, demonstram diferenças epigenéticas e transcricionais no nível basal, ou seja, sem nenhum estímulo a qualquer diferenciação celular. As análises iniciais apontam para as vias adipogênicas como sendo ativas nas l-PDLCs, e as vias osteogênicas ativas nas h-PDLCs. Estes resultados serviram como base para o desenvolvimento deste projeto de IC, que tem como objetivo, identificar fatores de transcrição (TFs) osteogênicos e adipogênicos que caracterizem o comprometimento fenotípico inicial de PDLCs, confirmando o perfil transcricional distinto e elucidando mecanismos envolvidos na heterogeneidade dos potenciais de diferenciação destas células. Após a obtenção das PDLCs (terceiros molares de pacientes entre 18 e 20 anos) foi realizada a caracterização celular para a definição dos potenciais osteogênicos distintos (indiferenciação - presença/ausência de marcadores CD105, CD166, CD34 e CD45, por citometria de fluxo; potencial osteogênico - Vermelho de Alizarina; adipogênico - Oil Red O), em projetos anteriores, com os resultados já publicados. As l-PDLCs e h-PDLCs foram coletadas após 10 dias em cultura (sem indução a qualquer diferenciação celular) e o RNA foi extraído. Na Parte 1 do projeto, será realizado o treinamento da aluna nas ferramentas e programas de Bioinformática, e em seguida a seleção de TFs alvos osteogênicos e adipogênicos que estejam diferencialmente expressos nos dados brutos do RNA-seq realizado em auxílio FAPESP anterior. Na Parte 2 do projeto, serão realizadas as análises transcricionais dos alvos selecionados nas análises in silico da Parte 1 do projeto, por PCR em tempo real, utilizando-se como genes referência os mais estáveis (GAPDH, B-ACTIN ou 16S). Os cálculos dos resultados serão realizados pelo método comparativo do CT.(AU)

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