Análise da porção repetitiva dos genomas de Passifloraceae

Resumo

O gênero Passiflora compreende um grande grupo de plantas conhecidas popularmente como maracujás, muito apreciadas por suas flores exóticas e frutos comestíveis. As espécies (~500) são morfologicamente variáveis e adaptadas a distintos ecossistemas tropicais. Existem cerca de 150 espécies nativas do Brasil, das quais duas são cultivadas. Apesar de sua relevância, há poucos dados genômicos disponíveis. Nosso laboratório trabalha com genética em Passiflora há mais de duas décadas. Recentemente, geramos o primeiro genoma de um maracujá silvestre, P. organensis. Além disso, descrevemos os genomas dos cloroplastos de várias espécies de Passiflora, com representantes dos quatro subgêneros (Astrophea, Decaloba, Deidamioides e Passiflora) e duas espécies de Passifloraceae. Esses dados foram disponibilizados para a identificação e estudo da porção repetitiva de seus genomas nucleares, utilizando a ferramenta RepeatExplorer. Resultados preliminares mostram a identificação da porção repetitiva do genoma das 22 espécies. A porção repetitiva variou de 22,2 a 81,7%. As espécies do subgênero Decaloba tiveram a menor porção, e as espécies do subgênero Passiflora a maior. Os elementos LTR foram os mais frequentes, especificamente a linhagem Tekay, seguida de Angela e Athila. Curiosamente, a linhagem Angela não está presente em Decaloba. As espécies de Passiflora são altamente variáveis, com grande variação no tamanho do genoma. Neste estudo, investigaremos detalhadamente todos os tipos de classes de repetição em um número considerável de espécies e isso resultará em um recurso valioso para estudos genômicos do gênero e dará suporte a investigação da evolução do genoma de Passiflora. Especificamente, neste estágio pretendemos dar continuidade à análise das porções repetitivas dos genomas de Passifloraceae, verificar manualmente as classes de repetição identificadas, realizar uma análise comparativa entre e dentro de cada subgênero, caracterizar os clusters não classificados e as famílias de DNA satélite, e realizar uma inferência filogenética baseada nas abundâncias das repetições. Além disso, será uma grande oportunidade de aprendizado com a equipe que desenvolveu a ferramenta Repeat Explorer. Nossas descobertas serão um recurso valioso para estudos genômicos e evolutivos do gênero. (AU)