Mapeamento de variantes genômicos e epigenômicos do SARS-CoV-2 no Estado de São Paulo e alterações no transcriptoma do sangue associadas à vacina ChAdOx1 nCoV-19 em voluntários da UNIFESP

Resumo

Esta proposta é parte do projeto temático FAPESP (20/08943-5) em andamento. O bolsista de PD irá atuar diretamente nos subprojetos 3 e 5 descritos abaixo. O projeto temático consiste no desdobramento do projeto internacional com as 2.000 amostras de voluntários do teste Oxford-UNIFESP da vacina ChAdOx1 nCoV-19. O objetivo é estabelecer um repositório para toda a comunidade acadêmica do Estado de São Paulo e utilizar as amostras para análises complementares às "Medidas de resultados primários e secundários", conforme descrito em ClinicalTrials.gov (NIH, ID NCT04400838). O projeto geral é coordenado pelo Prof. Luiz Mario R. Janini, do Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia da Escola Paulista de Medicina/EPM/UNIFESP. Os subprojetos que integram o projeto temático são: (1) estabelecimento de um biorrepositório das amostras de voluntários antes e depois da vacinação; (2) avaliação da capacidade de neutralização de soros de indivíduos vacinados contra cepas SARS-CoV-2 circulantes específicas do Brasil e avaliação da imunidade cruzada; (3) caracterização de isolados brasileiros de SARS-CoV-2 para avaliar o potencial de escape da vacina; (4) análise dos perfis de citocinas em soros de voluntários, antes e após a vacinação, para avaliar a resposta inflamatória e efeitos associados; (5) análise dos transcriptomas sanguíneos de voluntários antes e após a vacinação e (6) análise o perfil de secretoma no sangue total dos voluntários, antes e após a vacinação, para avaliar o tipo de resposta imune predominante e possível "priming" por outro coronavírus. Os objetivos específicos deste projeto se enquadram nos subprojetos 3 e 5, para análise genética e epigenética do SARS-CoV-2 e dos epitranscriptomas dos voluntários imunizados com a vacina ChAdOx1 nCoV-19. Para estas análises utilizaremos o sequenciamento direto do RNA, tanto para os genomas virais quando para os transcriptomas dos voluntários da vacina. Nosso grupo é pioneiro no Brasil no sequenciamento direto do RNA (ribogenômica) para mapeamento de diferenças genéticas e epigenéticas do SARS-CoV-2. Já temos resultados publicados com as sequências de SARS-CoV-2 e já estamos em fase de análise do epitranscritoma das células infectadas. Nosso objetivo é testar a hipótese de que além da variação genética entre variantes do SARS-CoV-2 existem variações epigenéticas. Ainda, pretendemos mostrar a variação da expressão de genes humanos, antes e depois da vacinação, e suas possíveis alterações epigenéticas, tais como a metilação m6A. Estas informações podem contribuir para entender, com mais detalhes, os mecanismos de escape das vacinas e do desafio dos imunizados vacinais com diferentes variantes. A longo prazo, a ideia é utilizar a estrutura aqui montada para estabelecer o laboratório de ribogenômica da UNIFESP para o estudo, sem a utilização de cDNA, de vírus com genomas exclusivamente de RNA, tais como os causadores da Influenza, Zika, Dengue e Poliomielite e Sarampo. (AU)