Metagenômica ruminal de bovinos Nelore submetidos a sistemas de pastejo intensificados durante diferentes estações

Resumo

Esse projeto faz parte do Projeto Temático (2017/20084-5) da Chamada de Pesquisa - Programa FAPESP de Pesquisa em Mudanças Climáticas Globais (PFPMCG) - "Mudanças Climáticas: Adaptação e Mitigação, que envolve quatro importantes projetos realizados em São Carlos (Embrapa), Nova Odessa (IZ-Instituto de Zootecnia) e Pirassununga (USP). O presente projeto de pesquisa (2019/19396-8), "Metabolismo e metagenômica do rúmen de bovinos de corte sob sistema de pastejo intensificado durante diferentes safras", que está sendo conduzido em Pirassununga - SP, propõe a realização das análises metagenômica no Departamento de Bacteriologia da Universidade de Wisconsin. Sabe-se que a pecuária de corte tem influência sobre as emissões de gases de efeito estufa a atmosfera, em especial a do gás metano, principalmente quando se trata de sistemas de produção que detém de pouca ou nenhuma tecnificação e intensificação. Neste projeto, propõe-se investigar a microbiota de bovinos de corte Nelore em sistemas de pastejo intensificado em diferentes estações. Para tanto, foram coletadas amostras de material sólido e líquido ruminal em ensaios de dois anos consecutivos, de oito bovinos Nelore canulados, distribuídos em oito unidades experimentais, tendo assim quatro tratamentos, tais amostras já estão preservados e serão transportados e analisados no Departamento de Bacteriologia da Universidade de Wisconsin-Madison. Os tratamentos experimentais foram compostos pela combinação de dois diferentes sistemas de pastejo com suplementação de nitrato de amônio (NH4NO3) ou ureia, são eles: 1) Sistema de pastejo rotacional com suplementação de ureia (RG+US); 2) Sistema de pastejo rotacionado com suplementação de NH4NO3 (RG+AS); 3) Sistema de pastejo diferido com suplementação de ureia (DG+US); 4) Sistema de pastejo diferido com suplementação de NH4NO3 (DG+AS). Prevê-se a realização de extração de DNA, construção e sequenciamento de biblioteca, perfil taxonômico, estrutura da comunidade e diversidade de cada amostra. Uma abordagem metagenômica pode ser útil para atingir a comunidade microbiana (por meio de sequenciamento de amplicons) e nos fornecer uma visão profunda do efeito isolado e combinado de nitrato, pastagem e estações (seca, meio-seca, chuvosa e meio-chuvosa) no metabolismo ruminal de bovinos da raça Nelore. Os dados das leituras de sequências de cada amostra serão analisados usando o software Mothur v.1.35.0 para entender melhor o efeito do tratamento na riqueza e diversidade da comunidade.