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Análise multiômica do reguloma e transcriptoma em resolução de uma célula-única na epilepsia do lobo temporal mesial com esclerose hipocampal

Processo: 20/16213-7
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2021
Vigência (Término): 30 de novembro de 2022
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina
Pesquisador responsável:Iscia Teresinha Lopes Cendes
Beneficiário:Danielle do Carmo Ferreira Bruno
Supervisor no Exterior: Lasse Sinkkonen
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Médicas (FCM). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Local de pesquisa: Université du Luxembourg, Belval, Luxemburgo  
Vinculado à bolsa:17/26167-0 - Detecção de DNA circulante metilado como biomarcador não invasivo para identificação de pacientes com epilepsia do lobo temporal mesial e acidente vascular cerebral isquêmico, BP.PD
Assunto(s):Transcriptoma   Genética médica

Resumo

Pacientes com epilepsia do lobo temporal mesial associada à esclerose hipocampal (MTLE+HS) são freqüentemente resistentes ao tratamento com drogas anticonvulsivantes (ASD). A cirurgia de epilepsia pode ser um tratamento eficaz para esses pacientes. No entanto, nem todos os pacientes respondem bem à cirurgia. Atualmente, não há biomarcadores para prever a resposta às drogas ou o prognóstico após a cirurgia de epilepsia. Nossa hipótese é que a regulação epigenômica da expressão gênica pode desempenhar um papel na resposta às ASD e no resultado cirúrgico em pacientes com MTLE+HS. Portanto, propomos investigar os elementos reguladores genômicos e os padrões de expressão gênica usando ATAC-seq + RNA-seq de núcleo único multi-ômicos em tecido cerebral ressecado por cirurgia de epilepsia. Para isso, avaliaremos as regiões abertas da cromatina e o transcriptoma do tecido hipocampal de pacientes com epilepsia refratária à ASD e correlacionaremos com os achados clínicos e de imagem no pré e pós-operatório. Nós dividiremos os pacientes em dois grupos de até 8 pacientes: grupo 1, pacientes sem crises por pelo menos e2 anos após a cirurgia e grupo 2 pacientes com crises no mesmo período. Esperamos que nossos resultados identifiquem fatores regulatórios genômicos no nível de uma célula-única, que, combinados com informações clínicas, identificarão assinaturas específicas de células e elementos epigenéticos associados ao prognóstico cirúrgico e à biologia de MTLE+HS resistente a ASD. Além disso, esses achados serão combinados com aqueles obtidos em estudos anteriores de nosso grupo de pesquisa sobre o perfil de metiloma tecidual e biomarcadores circulantes em MTLE+HS. Até onde sabemos, este será o primeiro estudo utilizando ATAC-seq e RNA-seq de célula-única em MTLE + HS, e esperamos que nossos resultados possam contribuir significativamente para um melhor entendimento da heterogeneidade celular e regulação epigenômica em MTLE+HS como relaciona-se a diferentes modalidades de tratamento. Além disso, contribuiremos com os esforços internacionais em andamento para mapear a heterogeneidade celular em estátuas normais e de doenças, como o Human Cell Atlas (https://www.humancellatlas.org/). (AU)

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