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Modelagem, análise e inferência de redes biológicas

Processo: 21/09070-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2021
Vigência (Término): 31 de outubro de 2022
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Metodologia e Técnicas da Computação
Pesquisador responsável:Ronaldo Fumio Hashimoto
Beneficiário:Shantanu Gupta
Instituição-sede: Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/22308-2 - Representações intermediárias em Ciência Computacional para descoberta de conhecimento, AP.TEM
Assunto(s):Biologia computacional

Resumo

O Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP), oferece uma posição de pós-doutorado para cientistas interessados em trabalhar em Biologia de Sistemas para modelar e analisar fenômenos biológicos. O projeto se concentra na modelagem, análise e inferência de redes biológicas para compreender como interações de seus componentes (topologia de rede ou sua arquitetura) dão origem à função ou comportamento desses sistemas (dinâmica da rede ou seu fenótipo). O pós-doutorado irá trabalhar especificamente na modelagem de redes biológicas como sistemas dinâmicos: topologia, estabilidade, robustez, inferência e simulação. Candidatos com conhecimento em Redes Complexas, Redes Booleanas e Cadeia de Markov são desejáveis. O pesquisador PD será responsável por propor e implementar modelos para representações intermediárias de redes e analisá-las para a descoberta de novos conhecimentos. A pesquisa levará em consideração várias fontes de dados, como genômica, transcriptômica, proteômica, metabolômica, incluindo também conhecimento encontrado na literatura (por exemplo, interações gênicas em artigos publicados) ou em bancos de dados online (por exemplo, KEGG, GO, STRING). É de particular interesse que métodos de aprendizado de máquina sejam incorporados a essa abordagem. É desejável que o candidato tenha conhecimento de programação. (AU)

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