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Estado predito da modificação histônica H3K27me3 em músculo de bovinos Nelore como indicador da modulação de genes associados a características de quantidade mineral e qualidade de carne

Processo: 19/25639-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de janeiro de 2021
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2022
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:Luciana Correia de Almeida Regitano
Beneficiário:Juliana Afonso
Instituição-sede: Embrapa Pecuária Sudeste. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA). Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Brasil). São Carlos , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:19/04089-2 - O Hologenoma de Nelore: implicações na qualidade de carne e em eficiência alimentar, AP.ESCIENCE.TEM
Assunto(s):Biologia molecular   Gado Nelore   Novilhos   Qualidade da carne   Maciez da carne   Inativação gênica   Regulação da expressão gênica   Músculo esquelético   Músculos do dorso

Resumo

Diversos fatores afetam a qualidade da carne bovina, sendo a maciez, a quantidade de gordura intramuscular e o valor nutricional alguns dos atributos usados como critério de escolha pelos consumidores. Estudos prévios identificaram genes e regiões genômicas envolvidas com as características supramencionadas, mas os mecanismos de regulação gênica que afetam esses genes ainda não são totalmente conhecidos. Diante disso, nosso objetivo é predizer, in silico, genes que estejam discordantemente ativados, com base na ausência predita da modificação histônica H3K27me3, cuja presença acarreta silenciamento gênico. Essa análise será realizada entre amostras de músculo Longissimus thoracis de novilhos da raça Nelore contrastantes para características de quantidade mineral e qualidade de carne, a fim de relacionar os padrões observados aos fenótipos de interesse para o melhoramento. Para isso, um escore de tendência repressiva relacionado à ausência predita da H3K27me3, será calculado para cada um dos genes expressos, homólogos a genes humanos, em cada uma das amostras de 113 novilhos Nelore, utilizando um escore de discordância, método desenvolvido para genes humanos por um grupo de pesquisa australiano, colaborador de nosso projeto. Com base nesse escore, propomos uma nova metodologia na qual os genes de cada amostra serão ranqueados e os ranqueamentos entre grupos de amostras contrastantes para os fenótipos em estudo serão comparados a fim de se determinar quais genes estão mais discordantemente ativados entre eles. Análises com os algoritmos Partial Correlation with Information Theory (PCIT) e Regulatory Impact Factor (RIF) serão realizadas para a obtenção dos genes com valores de expressão correlacionados à maciez e gordura intramuscular e seus potenciais impactos regulatórios sobre essas características, complementando análises já realizadas para quantidade mineral. Análises funcionais serão realizadas em todas as listas de genes discordantemente ativados. Os resultados serão integrados aos dados já obtidos de fatores de transcrição expressos em nossas amostras, genes sendo afetados por cis e trans eQTLs e genes diferencialmente expressos ou com valores de expressão correlacionados aos fenótipos a fim de se conseguir um panorama mais amplo dos eventos reguladores que afetam cada gene. (AU)

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