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Retrocópias intragênicas e seus host gene, uma inter-relação de expressão a ser desvendada em tumores

Processo: 20/08992-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de setembro de 2020
Vigência (Término): 31 de julho de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Pedro Alexandre Favoretto Galante
Beneficiário:David Berl
Instituição-sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:18/15579-8 - Retroelementos: uma força motriz criando novidades genéticas no genoma humano e de camundongos, AP.JP2
Assunto(s):Genética médica   Neoplasias   Expressão gênica   Banco de dados   Transcriptoma   Inter-relação   Retroelementos   Modelagem computacional

Resumo

Apesar de quase três décadas de estudos em larga escala do transcriptoma humano ainda estamos distantes de desvendarmos e entendermos todas as suas complexidades em condições normais, sobretudo em patologias tais como o câncer. Neste projeto iremos estudar a expressão de um grupo específico de elementos, as retrocópias ou pseudogenes processados co localizadas com genes codificadores, tendo em foco sua atuação em tumores malignos. As retrocópias são duplicações de genes codificadores de proteínas que podem se inserir tanto em regiões exônicas quanto intrônicas de outros genes. Das ~8.000 retrocópias do genoma humano, ~2.500 estão co-localizada em regiões (intrônicas ou exônicas) de gene codificadores. (genes host). De maneira específica, neste projeto iremos analisar o nível de expressão e a co-expressão das retrocópias intragênicas e seus genes host em aproximadamente 10 mil amostras de cânceres. Também avaliaremos as implicações de sua inserção na alteração da expressão gênica e formação de transcritos quiméricos. Para isso, iremos desenvolver e utilizar metodologias computacionais, buscando casos em que a transcrição desregulada da retrocópia inserida, possivelmente relacionada com o contexto tumoral, afeta a taxa de transcrição, de splicing e poliadenilação dos genes host. No final, esperamos contribuir para um melhor entendimento do nível de expressão e do papel das retrocópias intragênicas no processo de regulação da expressão gênica em tumores.

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