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Problemas de ordenação por rearranjos de genomas

Processo: 19/27331-3
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de fevereiro de 2020
Vigência (Término): 22 de janeiro de 2023
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
Pesquisador responsável:Zanoni Dias
Beneficiário:André Rodrigues Oliveira
Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/11937-9 - Investigação de problemas difíceis do ponto de vista algorítmico e estrutural, AP.TEM
Assunto(s):Biologia computacional   Rearranjo gênico   Algoritmos de aproximação   Heurística
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Algoritmos | Biologia Computacional | Permutações | Rearranjo de Genomas | Biologia Computacional

Resumo

Rearranjos de genomas são mutações globais, que afetam grandes porções dos genomas, diferentemente das mutações pontuais, que afetam nucleotídeos. O número de mutações ocorridas entre genomas pode ser utilizado como um indicador da distância evolutiva entre eles. Pelo princípio da parcimônia, assumimos que a distância de evolução entre dois indivíduos é dada pela sequência mínima de rearranjos necessários para transformar um genoma em outro. Em geral, problemas que envolvem rearranjos de genomas são computacionalmente difíceis de serem resolvidos. Este projeto de pós-doutorado propõe avançar com os estudos de problemas NP-completos relacionados à área de rearranjo de genomas, focando em aplicações teóricas como algoritmos de aproximação e heurísticas. (AU)

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Publicações científicas (22)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
BRITO, KLAIRTON LIMA; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI; SETUBAL, JC; SILVA, WM. Sorting by Reversals and Transpositions with Proportion Restriction. ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, BSB 2020, v. 12558, p. 12-pg., . (19/27331-3, 13/08293-7, 17/12646-3, 15/11937-9)
ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; BRITO, KLAIRTON LIMA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. Reversal and Indel Distance With Intergenic Region Information. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 20, n. 3, p. 13-pg., . (13/08293-7, 19/27331-3, 15/11937-9, 17/12646-3)
BRITO, KLAIRTON L.; OLIVEIRA, ANDRE R.; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO O.; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. An improved approximation algorithm for the reversal and transposition distance considering gene order and intergenic sizes. Algorithms for Molecular Biology, v. 16, n. 1, . (19/27331-3, 15/11937-9, 17/12646-3, 13/08293-7)
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ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. Labeled Cycle Graph for Transposition and Indel Distance. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, . (17/12646-3, 13/08293-7, 15/11937-9, 19/27331-3)
SIQUEIRA, GABRIEL; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; DIAS, ZANONI; STADLER, PF; WALTER, MEMT; HERNANDEZ-ROSALES, M; BRIGIDO, MM. Heuristics for Cycle Packing of Adjacency Graphs for Genomes with Repeated Genes. ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, BSB 2021, v. 13063, p. 13-pg., . (19/27331-3, 17/12646-3, 15/11937-9, 13/08293-7)
BRITO, KLAIRTON LIMA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. Rearrangement distance with reversals, indels, and moves in intergenic regions on signed and unsigned permutations. JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. N/A, p. 30-pg., . (13/08293-7, 19/27331-3, 15/11937-9)
SIQUEIRA, GABRIEL; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DIAS, ZANONI. Approximation algorithm for rearrangement distances considering repeated genes and intergenic regions. Algorithms for Molecular Biology, v. 16, n. 1, . (17/12646-3, 15/11937-9, 13/08293-7, 19/27331-3)
ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. Genome Rearrangement Distance with Reversals, Transpositions, and Indels. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 28, n. 3, p. 235-247, . (17/16246-0, 19/27331-3, 15/11937-9, 17/12646-3)
BRITO, KLAIRTON LIMA; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. Reversals and transpositions distance with proportion restriction. JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 19, n. 4, . (19/27331-3, 17/12646-3, 17/16246-0, 13/08293-7, 15/11937-9)
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ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; BRITO, KLAIRTON LIMA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI; SCHERER, NM; DEMELO-MINARDI, RC. A 1.375-Approximation Algorithm for Sorting by Transpositions with Faster Running Time. ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, BSB 2022, v. 13523, p. 11-pg., . (19/27331-3, 15/11937-9, 13/08293-7)
ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; JEAN, GERALDINE; FERTIN, GUILLAUME; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI; BANSAL, MS; CAI, Z; MANGUL, S. Transposition Distance Considering Intergenic Regions for Unbalanced Genomes. BIOINFORMATICS RESEARCH AND APPLICATIONS, ISBRA 2022, v. 13760, p. 14-pg., . (19/27331-3, 15/11937-9, 13/08293-7)
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BRITO, KLAIRTON LIMA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI; JIN, L; DURAND, D. A New Approach for the Reversal Distance with Indels and Moves in Intergenic Regions. COMPARATIVE GENOMICS (RECOMB-CG 2022), v. 13234, p. 16-pg., . (19/27331-3, 13/08293-7, 15/11937-9)
OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; JEAN, GERALDINE; FERTIN, GUILLAUME; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. Approximation algorithms for sorting by k-cuts on signed permutations. JOURNAL OF COMBINATORIAL OPTIMIZATION, v. 45, n. 1, p. 30-pg., . (19/27331-3, 13/08293-7, 15/11937-9)
OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; JEAN, GERALDINE; FERTIN, GUILLAUME; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI; JIN, L; DURAND, D. Sorting by k-Cuts on Signed Permutations. COMPARATIVE GENOMICS (RECOMB-CG 2022), v. 13234, p. 16-pg., . (19/27331-3, 15/11937-9, 13/08293-7)
PINHEIRO, PEDRO OLIMPIO; ALEXANDRINO, ALEXSANDRO OLIVEIRA; OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; DE SOUZA, CID CARVALHO; DIAS, ZANONI; SETUBAL, JC; SILVA, WM. Heuristics for Breakpoint Graph Decomposition with Applications in Genome Rearrangement Problems. ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, BSB 2020, v. 12558, p. 12-pg., . (19/25410-3, 13/08293-7, 19/27331-3, 17/12646-3, 15/11937-9)
OLIVEIRA, ANDRE RODRIGUES; JEAN, GERALDINE; FERTIN, GUILLAUME; BRITO, KLAIRTON LIMA; DIAS, ULISSES; DIAS, ZANONI. orting Permutations by Intergenic Operation. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 18, n. 6, p. 2080-2093, . (19/27331-3, 13/08293-7, 17/12646-3, 15/11937-9)

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