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Uma caracterização essencial da expressão e regulação de RNAs longos não codificadores intragênicos

Processo: 19/26582-2
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de julho de 2020
Vigência (Término): 30 de junho de 2021
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Pedro Alexandre Favoretto Galante
Beneficiário:Felipe Rodolfo Camargo dos Santos
Supervisor no Exterior: Chung Chau Hon
Instituição-sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa: RIKEN, Japão  
Vinculado à bolsa:17/18246-7 - Genes colocalizados: estudo de mútua regulação de biogênese entre genes codificadores e não codificadores, BP.DD
Assunto(s):Biologia computacional   Análise de sequência de DNA   RNAs não codificadores   Genoma humano   Análise de célula única

Resumo

Na última década, os avanços na bioinformática e na tecnologia de sequenciamento profundo permitiram grandes análises descritivas de RNAs não codificadores longos (lncRNAs). No genoma humano, eles foram adicionados a aproximadamente 18.000 lncRNAs, e alguns deles estavam claramente associados a processos biológicos e desregulação da expressão gênica em doenças. Embora muitos lncRNAs sejam posicionalmente independentes dos genes de codificação de proteínas (isto é, lncRNA intergênico ou lincRNAs), uma fração significativa de lncRNAs é transcrita de dentro ou nas regiões genéricas dos genes de codificação de proteínas (ou seja, lncRNAs intragênicos). Embora a maioria dos estudos tenha focado nos lincRNAs, atribuídos à simplicidade da interpretação, pouco se sabe sobre os lncRNAs intragênicos. Mesmo questões importantes, como se os lncRNAs intragênicos são apenas ruído de sua própria transcrição de genes hospedeiros ou transcritos funcionais, não foram totalmente abordados. Aqui, propomos um estudo abrangente da expressão e regulação da expressão de lncRNAs localizados dentro ou proximal dos genes de codificação de proteínas, usando amplos conjuntos de dados (por exemplo, RNA-seq, sc-RNA-seq, CAGE-seq, ATAC-seq, Hi- C e outros dados de regulação e conservação da expressão). Utilizando esses conjuntos de dados em combinação com metodologias robustas de computação, nosso objetivo é definir adequadamente a existência e o potencial regulador de lncRNAs intragênicos no genoma humano e esclarecer a relação entre esses lncRNAs e seus genes hospedeiros. Essas abordagens dependem da análise do conjunto de dados original (da RIKEN), nunca usado para estudar os lncRNAs intragênicos e da experiência de nossos grupos na análise do lncRNA e dos intragênicos. No final, esperamos trazer informações novas e definitivas sobre o lncRNA intragênico, indicando claramente vários aspectos de sua funcionalidade. (AU)

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