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Reavaliação das espécies de mamíferos que se acredita estar localmente extintos no Centro de Endemismo Pernambuco (CEP), a partir de DNA de amostras mistas e metabarcoding

Processo: 19/26436-6
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de fevereiro de 2020
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética
Pesquisador responsável:Pedro Manoel Galetti Junior
Beneficiário:Carolina da Silva Carvalho
Instituição Sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:17/23548-2 - Avaliação, recuperação e conservação da fauna ameaçada de extinção do Centro de Endemismo Pernambuco (CEP), AP.BTA.TEM
Assunto(s):Ecologia molecular   Mamíferos   Biodiversidade   Zoologia (classificação)   Análise de sequência de DNA   Pernambuco
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Centro de Endemismo Pernambuco | iDNA | Mamíferos | Metabarcoding | Ecologia Molecular

Resumo

O Centro de Endemismo Pernambuco (CEP) é um dos cinco centro de endemismo da Mata Atlântica e atualmente constitui de remanescentes florestais com um alto grau de degradação. Como consequência, diversas espécies endêmicas dessa região então em risco iminente de extinção, e portanto, o CEP é um dos hotspots com maior urgência para a conservação. Estudar a composição de mamíferos é o primeiro passo para entender a biodiversidade e taxas de endemismo e extinções no CEP e, portanto delinear políticas de conservação efetivas, uma vez que esses animais ocupam uma grande variedade de nichos ecológicos, são responsáveis por diversas funções chave do ecossistema e contem espécies que são sensíveis ao disturbo antrópico. Embora a identificação taxonômica para mamíferos não seja um grande desafio, a sua baixa abundância e hábitos noturnos e elusivos fazem com que a sua detecção em campo seja difícil com ferramentas de amostragem tradicionais. Afortunadamente, o avanço de técnicas de sequenciamento de nova geração e ferramentas de metabarcoding tem ajudado a contornar a maioria dessas limitações, e tem se consolidado com uma ferramenta rápida e eficiente para monitorar a biodiversidade. eDNA e iDNA, são duas técnicas de metabarcoding baseadas na amostragem de DNA do ambiente e DNA derivado de invertebrado, respectivamente. Embora eDNA tem sido utilizado com sucesso no monitoramento de ecossistemas aquáticos (amostras de água), sua eficácia no monitoramento de vertebrados terrestre é ainda limitada. Por outro lado, mosquitos hematófago são particularmente adequados para estudos de monitoramento de vertebrados pois são fáceis de capturar e contém DNA de melhor qualidade quando comparado ao DNA obtido com amostras de solo. Dentro deste contexto, esse trabalho visará reavaliar a presença ou ausência de mamíferos considerados localmente extintos no Centro de Endemismo Pernambuco (CEP), utilizando amostras de DNA obtido do sangue de mosquitos hematófagos e análise de metabarcoding. Especificamente, esse trabalho tem por objetivo avaliar a ocorrência de espécies de mamíferos de pequeno, médio e grande porte na área; desenvolver um protocolo inédito no Brasil de análise metabarcoding para identificação da comunidade de vertebrados baseado em amostras mistas de DNA, provenientes do sangue de mosquitos hematófagos; contribuir com o levantamento de espécies de mamíferos que ocorrem no CEP; gerar uma base de dados de barcode genético das espécies de mamíferos que ocorrem no CEP. Os mosquitos hematófagos serão coletados em busca ativa com auxilio de puçás e gravid trap, que são armadilhas que atraem fêmeas de mosquitos que estão prestes a pôr ovos, uma vez que a oviposição requer a energia da ingestão de sangue. Todos os mosquitos hematófagos serão preservados em álcool 95%. Depois de triados, fêmeas com estomago cheio serão separadas e terão o abdômen retirado para extração do DNA. Para a análise de metabarcoding serão inicialmente utilizados primers 12S e 16S já utilizados em trabalhos anteriores para identificação de mamíferos. O sequenciamento em larga escala será realizado na plataforma Illumina. As sequencias obtidas serão comparadas com sequencias obtidas previamente pelo grupo de pesquisa e com sequencias disponíveis em distintos bancos de dados, e analisadas com programas modernos de bioinformática. Com dados obtidos nesse trabalho pretende-se contribuir com o manejo e conservação das espécies de mamíferos encontradas na área do CEP. Todos os resultados serão apresentados em congressos e submetidos para publicação em artigos científicos. (AU)

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Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CARVALHO, CAROLINA DA SILVA; MARTELLO, FELIPE; GALETTI, MAURO; PINTO, FERNANDO; FRANCISCO, MERCIVAL ROBERTO; SILVEIRA, LUIS FABIO; GALETTI JR, PEDRO MANOEL. nvironmental heterogeneity and sampling relevance areas in an Atlantic forest endemism regio. PERSPECTIVES IN ECOLOGY AND CONSERVATION, v. 19, n. 3, p. 311-318, . (19/26436-6)
CARVALHO, CAROLINA DA SILVA; LUCAS, MARILIA SOUZA; CORTES, MARINA CORREA. Rescuing intraspecific variation in human-impacted environments. JOURNAL OF APPLIED ECOLOGY, v. 58, n. 2, p. 350-359, . (19/26436-6, 16/22843-8, 14/01029-5)
SARANHOLI, BRUNO H.; RODRIGUEZ-CASTRO, KAREN G.; CARVALHO, CAROLINA S.; CHAHAD-EHLERS, SAMIRA; GESTICH, CARLA C.; ANDRADE, SONIA C. S.; FREITAS, PATRICIA D.; GALETTI, PEDRO M.. Comparing iDNA from mosquitoes and flies to survey mammals in a semi-controlled Neotropical area. MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, v. 23, n. 8, p. 10-pg., . (15/20139-9, 22/01741-3, 19/26436-6, 17/23548-2)
CARVALHO, CAROLINA DA SILVA; GARCIA, CRISTINA; LUCAS, MARILIA SOUZA; JORDANO, PEDRO; CORTES, MARINA CORREA. Extant fruit-eating birds promote genetically diverse seed rain, but disperse to fewer sites in defaunated tropical forests. JOURNAL OF ECOLOGY, v. 109, n. 2, p. 1055-1067, . (16/22843-8, 19/03005-0, 14/01029-5, 19/26436-6)
SARANHOLI, BRUNO H.; SANCHES, ALEXANDRA; MOREIRA-RAMIREZ, JOSE F.; CARVALHO, CAROLINA DA SILVA; GALETTI, MAURO; GALETTI JR, PEDRO M.. Long-term persistence of the large mammal lowland tapir is at risk in the largest Atlantic forest corridor. PERSPECTIVES IN ECOLOGY AND CONSERVATION, v. 20, n. 3, p. 9-pg., . (07/03392-6, 13/24453-4, 13/19377-7, 07/04073-1, 19/26436-6)
CARVALHO, CAROLINA S.; DE OLIVEIRA, MARINA ELISA; RODRIGUEZ-CASTRO, KAREN GISELLE; SARANHOLI, BRUNO H.; GALETTI JR, PEDRO M. JR. Efficiency of eDNA and iDNA in assessing vertebrate diversity and its abundance. MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, . (19/26436-6)

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