Filodinâmica do citrus leprosis virus C nas Américas: origem, diversificação e dispersão do principal agente causal da leprose dos citros

Resumo

Citrus leprosis virus C (CiLV-C) é a espécie viral prevalente associada à leprose dos citros desde o México à Argentina. CiLV-C, o tipo membro do gênero Cilevirus, família Kitaviridae, possui genoma composto de duas moléculas de (+) ssRNA que codificam seis ORFs, duas no RNA1 (RdRp e p29); e quatro no RNA2 (p15, p61, MP e p24). Experimentalmente, CiLV-C infecta espécies de plantas pertencentes a 28 famílias, mas a gama de hospedeiros naturais é limitada apenas às plantas cítricas (principalmente laranjas doces), Commelina benghalensis e Swinglea glutinosa. CiLV-C é incapaz de se mover sistemicamente em qualquer de seus hospedeiros e é naturalmente transmitido por ácaros Brevipalpus sp. de maneira circulativa, no entanto, a replicação viral nos ácaros ainda não foi confirmada. Duas estirpes de CiLV-C foram descritas até o momento: CRD e SJP. Os membros do caldo SJP foram inicialmente identificados em 2015 e análises in silico indicaram que os vírus de ambos os clados estão envolvidos em processos putativos de recombinação natural. Resultados anteriores indicam baixa variabilidade genética (À = 0,07) na população de CiLV-C, desde do México à Argentina, incluindo isolados coletados entre 1932 e 2017. A coexistência de dois clados bem definidos com baixa variabilidade molecular nos levou a propor duas hipóteses: os vírus dos dois clados evoluíram (i) independentemente, fora do agroecossistema citrícola, ou (ii) juntamente com o patossistema CL não permissivo (infecção local, resposta semelhante à HR, transmissão vetorial), o que levou à fixação estocástica de haplótipos divergentes através de frequentes gargalos de garrafa. Para testar essas e outras hipóteses, o objetivo deste trabalho é fornecer evidências que suportem a suposta história evolutiva do CiLV-C nas Américas, inferindo o haplótipo mais ancestral possível, sua local de origem, dispersão e diversificação genética em uma escala espaço-temporal. Para tanto, será realizada a caracterização da sequência genômica do CiLV-C das Américas, no período de 1932-2019. Além disso, será realizado um estudo mais aprofundado da variabilidade genética das estirpes virais presentes no cinturão citrícola brasileiro a partir de 2016-2019. Com o conjunto de dados gerado e através de análises bioinformáticas com o virologista evolucionista que já foi bolsista do CNPq Ciência sem Fronteiras, do Biodesign Center for Fundamental and Applied Microbiomics (Biodesign Institute), Arizona State University, Tempe, EUA, pretende-se determinar a filodinâmica e filogeografia das epidemias de CiLV-C nas Américas. Os dados gerados poderão contribuir para estabelecer medidas de controle eficientes para a leprose dos citros.