Investigação genômica de Staphylococcus coagulase negativa isolados de vacas com mastite

Resumo

A mastite provoca perdas econômicas devido à redução da produção de leite, descarte de leite, abate prematuro, custos veterinários e uso de antibióticos. O gênero Staphylococcus é dividido em dois grupos: coagulase positiva e coagulase negativa e ambos são considerados agentes etiológicos causadores de mastite bovina. Atualmente, além do Staphylococcus aureus, os estafilococos coagulase-negativa (CoNS) têm especial atenção como causadores de mastite, mas não são tão estudados como S. aureus. Os objetivos deste estudo são obter uma árvore filogenética de cepas de CoNS isoladas de mastites e identificar fatores de virulência e genes de resistência de CoNS com base no sequenciamento genômico completo. Uma coleção de isolados de CoNS de vacas leiteiras com mastite clínicas isoladas no Department of population medicine and diagnostic sciences na Cornell University será utilizada. O DNA das cepas será extraído e serão preparadas bibliotecas que serão sequenciadas em paired-end, aplicando a plataforma NextSeq da Illumina, com um comprimento de reads de 2 × 151 pb. A clonalidade e o parentesco dos isolados serão investigados utilizando-se análise de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) e ferramentas de software adequadas, como CSI Phylogeny. Os isolados também serão investigados para todos os genes de resistência e virulência em contigs pareados usando ResFinder v2.1 e Virulence Finder v1.5, respectivamente.