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Mapeamento de regiões genômicas e identificação de genes candidatos associados à resposta do feijoeiro comum ao nematoide de galhas (Meloidogyne incognita)

Processo: 18/09069-7
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2018
Vigência (Término): 07 de setembro de 2020
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitossanidade
Pesquisador responsável:Maria Lúcia Carneiro Vieira
Beneficiário:Willian Giordani
Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Assunto(s):Análise de sequência de RNA   Phaseolus vulgaris   Nematologia   Estudo de associação genômica ampla   Resistência genética
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:genes de resistência | Gwas | mapeamento associativo | Phaseolus vulgaris | RNA-seq | Nematologia

Resumo

Os ataques por fitonematoides estão entre os principais problemas fitossanitários do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris), com destaque para os nematoides de galhas (Meloidogyne spp.), possivelmente as pragas agrícolas de maior distribuição geográfica, e particularmente à espécie M. incognita, tida como um dos patógenos de maior prejuízo econômico. As alternativas de controle envolvem práticas inviáveis a campo, enfatizando a necessidade do desenvolvimento de cultivares resistentes/tolerantes. Para o feijoeiro a obtenção dessas cultivares é especialmente difícil, já que apesar da disponibilidade de técnicas genético-moleculares, pouco foi realizado visando contribuir para o entendimento dos mecanismos envolvidos na resposta da cultura aos nematoides de galhas. Nesse contexto, o presente projeto tem como objetivo detectar, via mapeamento associativo, regiões genômicas associadas à resposta do feijoeiro a M. incognita, bem como identificar genes candidatos em bibliotecas de RNA-Seq (SANTINI, 2015) e via qRT-PCR. Para o mapeamento associativo, será utilizado um painel composto por 180 genótipos de uma core collection do BAG do IAC, previamente genotipados pela metodologia de GBS, que permitiu identificar 82.680 SNPs (DINIZ, 2016). Uma vez mapeadas as regiões genômicas associadas, serão utilizadas bibliotecas de RNA-Seq, obtidas aos quatro e 10 DAI (SANTINI et al., 2015), para verificar a expressão e selecionar genes candidatos. A expressão desses genes será confirmada, via qRT-PCR, em genótipos extremos do painel. Espera-se assim, apontar SNPs para a discriminação de genótipos relativamente à resposta a M. incognita, contribuindo para a seleção em programas de melhoramento, bem como identificar genes que possam ser validados em análises funcionais e eventualmente usados em ensaios de edição genômica.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
GIORDANI, WILLIAN; GAMA, HENRIQUE CASTRO; CHIORATO, ALISSON FERNANDO; RODRIGUES MARQUES, JOAO PAULO; HUO, HEQIANG; BENCHIMOL-REIS, LUCIANA LASRY; ARANHA CAMARGO, LUIS EDUARDO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; CARNEIRO VIEIRA, MARIA LUCIA. Genetic mapping reveals complex architecture and candidate genes involved in common bean response to Meloidogyne incognita infection. PLANT GENOME, . (20/02755-2, 18/09069-7)
GIORDANI, WILLIAN; GAMA, HENRIQUE CASTRO; CHIORATO, ALISSON FERNANDO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; CARNEIRO VIEIRA, MARIA LUCIA. Genome-wide association studies dissect the genetic architecture of seed shape and size in common bean. G3-GENES, GENOMES, GENETICS, v. 12, n. 4, p. 16-pg., . (18/09069-7, 20/02755-2, 14/06647-9)
CHAVARRIA-PEREZ, LOURDES MARIA; GIORDANI, WILLIAN; GRACAS DIAS, KAIO OLIMPIO; COSTA, ZIRLANE PORTUGAL; MASSENA RIBEIRO, CAROLINA ALBUQUERQUE; BENEDETTI, ANDERSON ROBERTO; CAUZ-SANTOS, LUIZ AUGUSTO; PEREIRA, GUILHERME SILVA; BACHEGA FEIJO ROSA, JOAO RICARDO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; et al. Improving yield and fruit quality traits in sweet passion fruit: Evidence for genotype by environment interaction and selection of promising genotypes. PLoS One, v. 15, n. 5, . (12/09100-5, 16/12977-7, 10/06702-9, 07/52607-5, 18/09069-7, 17/04216-9)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
GIORDANI, Willian. Dissecando a arquitetura genética de características quantitativas em feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.): resposta a infecção por nematoide de galhas e morfologia de sementes. 2021. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.

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