Genes colocalizados: estudo de mútua regulação de biogênese entre genes codificadores e não codificadores

Resumo

O controle da expressão gênica vem se mostrando um processo extremamente complexo e interligado a diversos elementos celulares e moleculares em cis e em trans. Atualmente seu entendimento é impulsionado pelo desenvolvimento científico e metodológico, sobretudo com a recente revolução dos métodos de sequenciamento de DNA/RNA e pelas análises mais precisas e poderosas de bioinformática. Genes colocalizados em relação a posição genômica podem apresentar relações regulatórias de biogênese, de função, de expressão e de conservação. A combinação de tais características é complexa e deve ser analisada de maneira integrada e ampla, o que torna a abordagem computacional essencial neste tipo de estudo. Em mamíferos, tal relação é enriquecida tratando-se de genes codificadores e RNAs não codificantes. As classes mais significativas e numerosas em termos de colocalização de genes não codificadores/codificadores são os miRNAs (~60%) e os snoRNAs (~90%). Porém, muito pouco foi estudado a respeito dos lncRNAs (RNAs não codificadores maiores de 200 nucleotídeos) intragênicos, apesar de estudos recentes indicarem que eles apresentam um papel funcional muito importante e que alguns exemplares estão colocalizados com outros genes (em humanos). Nesse projeto, pretendemos analisar os RNA não codificadores longos (lncRNAs) colocalizados (sobretudo em íntrons) de genes codificadores. De maneira mais detalhada, pretendemos: i) caracterizar sistematicamente esses lncRNAs intragênicos; ii) estudar algumas de suas características evolutivas; iii) estudar a expressão e possível coexpressão desse lncRNAs e seus genes hospedeiros; iv) e explorar a ocorrência de splicing alternativo em regiões gênicas contendo esses lncRNAs. As análises de expressão e splicing alternativo serão feitas também em um contexto de diversos tecidos humanos saudáveis versus tecidos tumorais. De maneira geral, no final desse projeto esperamos dar uma contribuição significativa para entendermos mais profundamente diversas características dessa classe tão importante de RNAs não codificadores. (AU)