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Genomas cloroplastidiais de passifloras: estrutura, inferências evolutivas e transferência de genes para o núcleo

Processo: 17/04216-9
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de junho de 2017
Vigência (Término): 30 de abril de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Maria Lúcia Carneiro Vieira
Beneficiário:Luiz Augusto Cauz dos Santos
Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):19/09210-4 - Genomas cloroplastidiais no gênero Passiflora: sequenciamento de cp-DNA, anotação e estudos comparativos, BE.EP.DD   18/06939-0 - Análise comparativa de genomas cloroplastidiais no gênero Passiflora: Isolamento e sequenciamento de cpDNA, BE.EP.DD
Assunto(s):Genômica   Biblioteca genômica   Passifloraceae   Técnicas de transferência de genes
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:biblioteca genômica | Filogenômica | Fruteira Tropical | Genoma organelar | Longas sequencias | Passiflora | Genômica

Resumo

A família Passifloraceae é composta por, aproximadamente, 700 espécies, sendo a maioria dos membros pertencente ao gênero Passiflora. No Brasil, o maracujá-amarelo (Passiflora edulis) tem importância econômica para a produção de suco industrializado e o consumo de fruta in natura. Nosso grupo de pesquisa tem trabalhado no sentido de gerar um corpo de conhecimentos sobre a genética das espécies comerciais de Passiflora, quais sejam P. edulis e P. alata e, mais recentemente, sobre a genômica e transcritômica de P. edulis. Para tanto, em colaboração com o INRA de Toulouse, França, foi construída uma biblioteca genômica inserida em BACs (Ped-B-Flav). Esta biblioteca contém 82.944 clones, provendo uma cobertura de 6 × ao genoma da espécie. Explorando as sequências desta biblioteca foi possível descrever o genoma cloroplastidial (cpDNA) de P. edulis, o primeiro genoma cloroplastidial completo sequenciado em Passifloraceae. Neste trabalho, pretende-se dar continuidade ao estudo da estrutura de genomas cloroplastidiais do gênero. Pretende-se sequenciar o cp DNA de oito espécies de passifloras, duas representantes de cada um dos subgêneros, quais sejam, Astrophea, Decaloba, Deidamioides e Passiflora e realizar um estudo comparativo e, a partir daí, se fazer possíveis inferências evolutivas. Em paralelo, com base no resultado do sequenciamento completo de ~100 BACs, via PacBio RS II, pretende-se analisar as sequências nucleares de P. edulis visando identificar genes nucleares codificadores de proteínas endereçadas ao cloroplasto. Nossos resultados certamente permitirão estreitar o conhecimento sobre a genômica de Passiflora e, também, disponibilizar, à comunidade científica novas informações e ferramentas para o desenvolvimento de novos estudos teóricos e aplicados sobre o gênero. (AU)

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Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CAUZ-SANTOS, LUIZ AUGUSTO; DA COSTA, ZIRLANE PORTUGAL; CALLOT, CAROLINE; CAUET, STEPHANE; ZUCCHI, MARIA IMACULADA; BERGES, HELENE; VAN DEN BERG, CASSIO; CARNEIRO VIEIRA, MARIA LUCIA. A Repertory of Rearrangements and the Loss of an Inverted Repeat Region in Passiflora Chloroplast Genomes. GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, v. 12, n. 10, p. 1841-1857, . (17/11815-6, 19/09210-4, 17/04216-9, 19/07838-6)
MUNHOZ, CARLA FREITAS; COSTA, ZIRLANE PORTUGAL; CAUZ-SANTOS, LUIZ AUGUSTO; EGOAVIL REATEGUI, ALINA CARMEN; RODDE, NATHALIE; CAUET, STEPHANE; DORNELAS, MARCELO CARNIER; LEROY, PHILIPPE; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO; BERGES, HELENE; et al. A gene-rich fraction analysis of the Passiflora edulis genome reveals highly conserved microsyntenic regions with two related Malpighiales species. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, . (17/04216-9, 14/25215-2, 13/11196-3)
CHAVARRIA-PEREZ, LOURDES MARIA; GIORDANI, WILLIAN; GRACAS DIAS, KAIO OLIMPIO; COSTA, ZIRLANE PORTUGAL; MASSENA RIBEIRO, CAROLINA ALBUQUERQUE; BENEDETTI, ANDERSON ROBERTO; CAUZ-SANTOS, LUIZ AUGUSTO; PEREIRA, GUILHERME SILVA; BACHEGA FEIJO ROSA, JOAO RICARDO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; et al. Improving yield and fruit quality traits in sweet passion fruit: Evidence for genotype by environment interaction and selection of promising genotypes. PLoS One, v. 15, n. 5, . (12/09100-5, 16/12977-7, 10/06702-9, 07/52607-5, 18/09069-7, 17/04216-9)
COSTA, ZIRLANE PORTUGAL; VARANI, ALESSANDRO MELLO; CAUZ-SANTOS, LUIZ AUGUSTO; SADER, MARIELA ANALIA; GIOPATTO, HELENA AUGUSTO; ZIRPOLI, BRUNA; CALLOT, CAROLINE; CAUET, STEPHANE; MARANDE, WILLIAN; SOUZA CARDOSO, JESSICA LUANA; et al. genome sequence resource for the genus Passiflora, the genome of the wild diploid species Passiflora organensi. PLANT GENOME, v. 14, n. 3, . (18/21469-0, 17/11815-6, 19/07838-6, 17/04216-9, 18/25242-0)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
SANTOS, Luiz Augusto Cauz dos. Evolução do genoma cloroplastidial em Passiflora. 2020. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.

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