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Integração de métodos genômicos para seleção de genótipos de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistentes à bactéria Aeromonas hydrophila

Processo: 16/18294-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2016
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
Pesquisador responsável:Diogo Teruo Hashimoto
Beneficiário:Vito Antonio Mastrochirico Filho
Instituição-sede: Centro de Aquicultura (CAUNESP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):17/26900-9 - Caracterização genética de famílias de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistentes a bactéria Aeromonas hydrophila por RNA-seq e RAD-seq, BE.EP.DR
Assunto(s):Análise de sequência de RNA   Peixes   Transcriptoma   Resistência à doença   QTLs

Resumo

O melhoramento genético aplicado à aquicultura é uma área de pesquisa estratégica para o país, tendo em vista a indisponibilidade de peixes nativos melhorados. O presente estudo tem como objetivo fornecer subsídios para a seleção de genótipos de pacu Piaractus mesopotamicus resistentes á bactéria Aeromonas hydrophila. Os objetivos específicos são: 1) avaliação de parâmetros de genética quantitativa das famílias de pacu sujeitas ao desafio bacteriano de A. hydrophila; 2) caracterização de genes do sistema imune, por meio de sequenciamento RNA-seq, de indivíduos de pacu resistentes e susceptíveis ao desafio com A. hydrophila; 3) caracterização de QTLs (Quantitative Trait Locus) relacionados com resistência à A. hydrophila, por meio de sequenciamento/genotipagem de SNPs (ddRAD-seq, double-digest restriction site associated DNA sequencing). Para isto, pretende-se avaliar a herdabilidade de resistência a bactéria em um programa de melhoramento com cerca de 45 famílias de pacu sujeitas ao desafio com A. hydrophila, por meio da quantificação do tempo de morte e taxa de sobrevivência. Para o experimento de RNA-seq, após a inoculação de A. hydrophila, serão feitas as análises nos seguintes tempos: T1 (início da morte dos animais), peixes que apresentarem sinais de infecção, considerados como susceptíveis; T2 (após o plateau de mortalidade), exemplares considerados resistentes ao desafio; e em ambos T1 e T2, indivíduos dos tratamentos controles inoculados apenas com solução salina. Análises de bioinformática serão feitas a partir da montagem de novo do transcriptoma de pacu, comparando T1 x Controle, T2 x Controle e T1 x T2. Em seguida, será realizado o sequenciamento/genotipagem, por meio de ddRAD-deq (enzimas de restrição SphI e MluCI), para análise molecular de 10 famílias de pacu desafiadas com A. hydrophila, o que permitirá caracterizar QTLs e fornecer subsídios para seleção assistida por marcadores. O potencial impacto deste estudo é viabilizar tecnologias para produção de peixes diferenciados pela indústria da aquicultura.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; ARIEDE, RAQUEL B.; FREITAS, V, MILENA; LIRA, LIESCHEN V. G.; AGUDELO, JOHN F. G.; PILARSKI, FABIANA; REIS NETO, V, RAFAEL; YANEZ, JOSE M.; HASHIMOTO, DIOGO T.. Genetic parameters for resistance to Aeromonas hydrophila in the Neotropical fish pacu (Piaractus mesopotamicus). Aquaculture, v. 513, . (16/18294-9, 16/21011-9)
MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; BORGES, CAROLINA H. S.; FREITAS, MILENA V.; ARIEDE, RAQUEL B.; PILARSKI, FABIANA; UTSUNOMIA, RICARDO; CARVALHEIRO, ROBERTO; GUTIERREZ, ALEJANDRO P.; PENALOZA, CAROLINA; YANEZ, JOSE M.; et al. Development of a SNP linkage map and genome-wide association study for resistance to Aeromonas hydrophila in pacu (Piaractus mesopotamicus). BMC Genomics, v. 21, n. 1, . (18/08416-5, 16/21011-9, 17/26900-9, 16/18294-9)
MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; ARIEDE, RAQUEL B.; FREITAS, V, MILENA; BORGES, CAROLINA H. S.; LIRA, LIESCHEN V. G.; MENDES, NATALIA J.; AGUDELO, JOHN F. G.; CACERES, PABLO; BERROCAL, MILTHON H. M.; SUCERQUIA, GUSTAVO A. L.; et al. Development of a multi-species SNP array for serrasalmid fish Colossoma macropomum and Piaractus mesopotamicus. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, . (16/21011-9, 17/26900-9, 20/11049-4, 16/18294-9, 18/08416-5, 17/19717-3, 19/10662-7, 19/08972-8)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
FILHO, Vito Antonio Mastrochirico. Integração de métodos genômicos para seleção de genótipos de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistentes à bactéria Aeromonas hydrophila. 2020. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. Jaboticabal Jaboticabal.

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