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Engenharia e prospecção de novos elementos regulatórios em bactéria através de abordagens de biologia sintética

Processo: 16/05472-6
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2016
Vigência (Término): 31 de agosto de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Rafael Silva Rocha
Beneficiário:Cauã Antunes Westmann
Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:12/22921-8 - Abordagens de biologia sintética para decifrar os mecanismos de integração de sinais em promotores bacterianos complexos, AP.JP
Bolsa(s) vinculada(s):17/16783-5 - Integração de abordagens in silico e in vivo para estudo da evolução de sítios de ligação de fatores de transcrição em Escherichia coli, BE.EP.MS
Assunto(s):Biologia sintética   Regulação da expressão gênica   Redes reguladoras de genes
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Promoteres sintéticos | Redes reguatórias | Regulação gênica | Biologia Sintética

Resumo

A Biologia Sintética é uma área que, apesar da rápida expansão na última década, sofre de um grande gargalo informacional biológico que limita substancialmente sua consolidação. Deste modo, torna-se essencial a dissecção de novos modelos moleculares sob a ótica da inter-relação dos componentes e da lógica que emerge destas relações no sistema. Dentro deste contexto, o presente projeto propõe o estudo do sistema regulatório da expressão gênica, um mecanismo basal a qualquer ser vivo que modula sua resposta aos mais diversos estímulos. A abordagem consistirá na utilização do organismo modelo Escherichia coli sob o panorama fornecido pela Biologia Sintética. Serão construídas bibliotecas de promotores sintéticos formados pela combinação aleatória de sequências referentes a dois reguladores globais: FIS e IHF. O comportamento das bibliotecas será analisado por fluorescência em células únicas e em populações, permitindo um aprofundamento no que tange à arquitetura de promotores complexos e sua lógica intrínseca. Os resultados esperados possuem grande potencial na elucidação da integração de sinais em promotores complexos e na extrapolação da lógica do sistema para variadas aplicações biotecnológicas. (AU)

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Publicações científicas (12)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; WESTMANN, CAUA ANTUNES; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Unraveling the Complex Interplay of Fis and IHF Through Synthetic Promoter Engineering. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, . (18/04810-0, 12/22921-8, 16/05472-6, 16/19179-9, 17/50116-6)
NORA, LUISA CZAMANSKI; WESTMANN, CAUA ANTUNES; MARTINS-SANTANA, LEONARDO; ALVES, LUANA DE FATIMA; OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. The art of vector engineering: towards the construction of next-generation genetic tools. MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, v. 12, n. 1, p. 125-147, . (16/19179-9, 17/17924-1, 16/06323-4, 16/05472-6, 16/03763-3, 15/04309-1, 12/22921-8)
WESTMANN, CAUA A.; ALVES, LUANA DE FATIMA; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Mining Novel Constitutive Promoter Elements in Soil Metagenomic Libraries in Escherichia coli. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, . (16/06323-4, 15/04309-1, 16/05472-6)
ALVES, LUANA DE FATIMA; BORELLI, TIAGO CABRAL; WESTMANN, CAUA ANTUNES; SILVA-ROCHA, RAFAEL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Boundaries in metagenomic screenings using lacZ alpha-based vectors. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 43, n. 1, . (15/04309-1, 16/05472-6, 17/20818-9, 16/06323-4)
ALVES, LUANA DE FATIMA; WESTMANN, CAUA ANTUNES; LOVATE, GABRIEL LENCIONI; VIANA DE SIQUEIRA, GUILHERME MARCELINO; BORELLI, TIAGO CABRAL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Metagenomic Approaches for Understanding New Concepts in Microbial Science. INTERNATIONAL JOURNAL OF GENOMICS, v. 2018, p. 15-pg., . (17/20818-9, 16/05472-6, 16/06323-4, 15/04309-1)
LUANA DE FÁTIMA ALVES; TIAGO CABRAL BORELLI; CAUÃ ANTUNES WESTMANN; RAFAEL SILVA-ROCHA; MARÍA-EUGENIA GUAZZARONI. Boundaries in metagenomic screenings using lacZα-based vectors. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 43, n. 1, . (16/06323-4, 17/20818-9, 16/05472-6, 15/04309-1)
ALVES, LUANA DE FATIMA; WESTMANN, CAUA ANTUNES; LOVATE, GABRIEL LENCIONI; VIANA DE SIQUEIRA, GUILHERME MARCELINO; BORELLI, TIAGO CABRAL; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Metagenomic Approaches for Understanding New Concepts in Microbial Science. INTERNATIONAL JOURNAL OF GENOMICS, . (16/06323-4, 15/04309-1, 16/05472-6, 17/20818-9)
ALVES, LUANA DE FATIMA; MELEIRO, LUANA PARRAS; SILVA, ROBERTO N.; WESTMANN, CAUA ANTUNES; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA. Novel Ethanol- and 5-Hydroxymethyl Furfural-Stimulated beta-Glucosidase Retrieved From a Brazilian Secondary Atlantic Forest Soil Metagenome. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, . (16/05472-6, 15/04309-1, 16/06323-4, 16/17582-0)
NORA, LUISA CZAMANSKI; WESTMANN, CAUA ANTUNES; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SIDDAIAH, CHANDRANAYAKA; GUPTA, VIJAI KUMAR; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Recent advances in plasmid-based tools for establishing novel microbial chassis. BIOTECHNOLOGY ADVANCES, v. 37, n. 8, . (16/03763-3, 15/04309-1, 16/05472-6, 12/22921-8)
NORA, LUISA CZAMANSKI; WESTMANN, CAUA ANTUNES; MARTINS-SANTANA, LEONARDO; ALVES, LUANA DE FATIMA; OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. The art of vector engineering: towards the construction of next-generation genetic tools. MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, v. 12, n. 1, p. 23-pg., . (16/05472-6, 16/06323-4, 17/17924-1, 16/19179-9, 16/03763-3, 12/22921-8, 15/04309-1)
WESTMANN, CAUA ANTUNES; GUAZZARONI, MARA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Engineering Complexity in Bacterial Regulatory Circuits for Biotechnological Applications. MSYSTEMS, v. 3, n. 2, p. 4-pg., . (16/05472-6, 12/22921-8, 15/04309-1)
WESTMANN, CAUA ANTUNES; GUAZZARONI, MARA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Engineering Complexity in Bacterial Regulatory Circuits for Biotechnological Applications. MSYSTEMS, v. 3, n. 2, SI, . (15/04309-1, 16/05472-6, 12/22921-8)

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