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Dinâmica molecular de hidrólise enzimática de celulose e simulações de QM/MM de reações químicas em sistemas biomoleculares

Processo: 16/04963-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de maio de 2016
Vigência (Término): 09 de agosto de 2018
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
Pesquisador responsável:Munir Salomao Skaf
Beneficiário:Gabriel Heerdt
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais, AP.CEPID
Assunto(s):Simulação de dinâmica molecular   Celulase   Hidrólise enzimática   Bioenergia   Teoria do funcional da densidade   Métodos ab initio

Resumo

O bolsista deverá aplicar técnicas modernas de simulações de DM para estudar proteínas de interesse para a conversão de biomassa celulósica em açúcares solúveis simples. O nosso interesse é o de explorar a ligação proteína-substrato em nível atomístico para compreender os mecanismos de hidrólise catalítica dos polissacarídeos. Para tal, propomos a aplicação de métodos DFT e QM/MM a polissacarídeos ancorados nos sítios ativos correspondentes das enzimas.Abordagens semelhantes poderão ser usadas para estudar reações de fosforilação e acetilação em outras proteínas, especialmente de receptores nucleares, que constituem uma importante classe de proteínas que o nosso grupo tem estudado durante quase uma década.Mapas de correlação generalizada em complexos de proteínas também são de interesse do nosso Centro de Cepid, em especial sobre NRs e outros reguladores do fator de transcrição. Recentemente, obtivemos resultados importantes relativos a mecanismos alostéricos em NRs usando correlações generalizadas e análise de conectividade para o complexo completo PPARg/RXR/DNA. Aqui propomos uma extensão natural e importante deste trabalho, investigando mapas de conectividade no complexo inovador CRISPR/Cas. (AU)

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Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE OLIVEIRA, JULIANA MANSO; ANGNES, RICARDO ALMIR; KHAN, ISMAT ULLAH; POLO, ELLEN CHRISTINE; HEERDT, GABRIEL; SERVILHA, BRUNO M.; MENEZES DA SILVA, VITOR H.; BRAGA, ATAUALPA A. C.; DUARTE CORREIA, CARLOS ROQUE. Enantioselective, Noncovalent, Substrate-Directable Heck-Matsuda and Oxidative Heck Arylations of Unactivated Five-Membered Carbocyclic Olefins. CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL, v. 24, n. 45, p. 11738-11747, . (15/01491-3, 16/04963-6, 13/00544-0, 13/07600-3, 13/25849-9, 17/18207-1, 14/25770-6)
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SOUSA, IRAN DA L.; HEERDT, GABRIEL; XIMENES, VALDECIR F.; DE SOUZA, AGUINALDO R.; MORGON, NELSON H.. TD-DFT Analysis of the Dissymmetry Factor in Camphor. Journal of the Brazilian Chemical Society, v. 31, n. 3, p. 613-618, . (14/50926-0, 16/20549-5, 15/22338-9, 16/04963-6, 19/12294-5)
DE SOUSA, IRAN DA LUZ; XIMENES, VALDECIR FARIAS; DE SOUZA, AGUINALDO ROBINSON; MORGON, NELSON HENRIQUE. Solvent-induced Stokes' shift in DCJTB: Experimental and theoretical results. Journal of Molecular Structure, v. 1192, p. 186-191, . (15/22338-9, 16/20549-5, 14/50926-0, 16/04963-6)
HEERDT, GABRIEL; TRANCA, IONUT; MARKVOORT, ALBERT J.; SZYJA, BARTLOMIEJ M.; MORGON, NELSON H.; HENSEN, EMIEL J. M.. Photoisomerization induced scission of rod-like micelles unravelled with multiscale modeling. Journal of Colloid and Interface Science, v. 510, p. 357-367, . (16/04963-6)

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