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Análise da variação alélica em genes de importância econômica entre regiões hom(e)ólogas do genoma de cana-de-açúcar (Saccharum spp.)

Processo: 15/24346-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2016
Vigência (Término): 23 de novembro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Anete Pereira de Souza
Beneficiário:Carla Cristina da Silva
Instituição-sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Duplicação gênica   Polimorfismo de um único nucleotídeo

Resumo

A cultura da cana-de-açúcar possui grande importância econômica devido à produção de açúcar e etanol, sendo o Brasil o maior produtor mundial de cana. Os cultivares modernos de cana-de-açúcar são híbridos interespecíficos (Saccharum officinarum x S. spontaneum), sendo seu genoma poliploide e aneuploide, fato que dificulta a construção de mapas genéticos e identificação de QTLs (Quantitative Trait Loci). O conhecimento da variação na sequência de bases de diferentes alelos possibilita a obtenção de informações da variação inter e intra-genótipos de uma espécie. Uma técnica eficiente para se acessar a variação alélica entre locos hom(e)ólogos em uma espécie é através do sequenciamento de locos gênicos específicos e de interesse, identificados em clones BAC (Bacterial Artificial Chromosomes). Desta maneira, o presente projeto visa a descoberta e análise de polimorfismos alélicos existentes em regiões cromossômicas hom(e)ólogas de cana-de-açúcar e comparar a organização alélica entre estas regiões através da utilização de genes que codificam uma proteína DnaJ e uma Trealose-6-fosfato sintase/fosfatase. SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) encontrados serão utilizados para avaliar a expressão gênica de haplótipos específicos e poderão ser integrados a mapas genéticos em desenvolvimento. A análise destas regiões aliada a técnica de FISH (Fluorescent in Situ Hybridization) possibilitará a localização física dos genes estudados. No caso específico de cana-de-açúcar, a identificação da expressão alelo específica pode ajudar a explicar os mecanismos de expressão de cada dose de cada alelo. (AU)

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Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CONSON, ANDRE R. O.; TANIGUTI, CRISTIANE H.; AMADEU, RODRIGO R.; ANDREOTTI, ISABELA A. A.; DE SOUZA, LIVIA M.; DOS SANTOS, LUCIANO H. B.; ROSA, JOAO R. B. F.; MANTELLO, CAMILA C.; DA SILVA, CARLA C.; SCALOPPI JUNIOR, ERIVALDO JOSE; et al. High-Resolution Genetic Map and QTL Analysis of Growth-Related Traits of Hevea brasiliensis Cultivated Under Suboptimal Temperature and Humidity Conditions. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, . (14/11807-5, 11/50188-0, 12/50491-8, 09/52975-0, 07/50392-1, 15/24346-9, 17/07908-9, 12/05473-1, 14/18755-0)
DE OLIVEIRA, FERNANDA A.; VIGNA, BIANCA B. Z.; DA SILVA, CARLA C.; FAVERO, ALESSANDRA P.; DE MATTA, FREDERICO P.; AZEVEDO, ANA L. S.; DE SOUZA, ANETE P.. Coexpression and Transcriptome analyses identify active Apomixis-related genes in Paspalum notatum leaves. BMC Genomics, v. 21, n. 1, . (08/52197-4, 18/18527-9, 15/24346-9)
GONZAGA PIMENTA, RICARDO JOSE; AONO, ALEXANDRE HILD; VILLAVICENCIO BURBANO, ROBERTO CARLOS; COUTINHO, ALISSON ESDRAS; DA SILVA, CARLA CRISTINA; ANTONIO DOS ANJOS, IVAN; PERECIN, DILERMANDO; DE ANDRADE LANDELL, MARCOS GUIMARAES; GONCALVES, MARCOS CESAR; PINTO, LUCIANA ROSSINI; et al. Genome-wide approaches for the identification of markers and genes associated with sugarcane yellow leaf virus resistance. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, . (18/18588-8, 15/24346-9, 19/21682-9, 19/03232-6)
CRUZ, MARIANA VARGAS; MORI, GUSTAVO MARUYAMA; SIGNORI-MULLER, CAROLINE; DA SILVA, CARLA CRISTINA; OH, DONG-HA; DASSANAYAKE, MAHESHI; ZUCCHI, MARIA IMACULADA; OLIVEIRA, RAFAEL SILVA; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. Local adaptation of a dominant coastal tree to freshwater availability and solar radiation suggested by genomic and ecophysiological approaches. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, . (13/26793-7, 13/08086-1, 15/24346-9, 11/52072-0, 14/22821-9)
MANTELLO, CAMILA CAMPOS; BOATWRIGHT, LUCAS; DA SILVA, CARLA CRISTINA; SCALOPPI, ERIVALDO JOSE; GONCALVES, PAULO DE SOUZA; BARBAZUK, W. BRAD; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. Deep expression analysis reveals distinct cold-response strategies in rubber tree (Hevea brasiliensis). BMC Genomics, v. 20, . (07/50392-1, 14/18755-0, 15/24346-9, 12/50491-8)

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