Análise integrada (genômica, transcriptômica e metiloma) de câncer de reto para identificar preditores de resposta ao tratamento neoadjuvante

Resumo

Pacientes com carcinoma de reto estágio II-III (CaRe) são submetidos a quimioradioterapia neoadjuvante (nCRT) seguido por cirurgia. Aqueles que atingem a resposta patológica completa (pCR) têm melhor prognóstico e poderiam ser poupados de um procedimento altamente mórbido se a pCR fosse identificada com precisão precocemente. No entanto, os estudos moleculares atuais têm mostrado resultados inconclusivos. Nosso estudo tem como objetivo avaliar o perfil de metilação genômica de biópsias de pacientes com CaRe que foram submetidos nCRT e integrar esses dados com resultados do número de cópias genômicas e do perfil de expressão gênica dos mesmos pacientes (dados já obtidos). O perfil de metilação será obtido utilizando-se a plataforma da Illumina (450K), que indica o estado de metilação de 96% das ilhas de CpG já descritas. Este projeto será realizado sob a supervisão da Dra. Rogatto, cujo laboratório conta com uma excelente infraestrutura, bem equipado para realizar experimentos e análises de metilação. A integração de dados de omics será desenvolvido em colaboração com o Dr. Jan Baumbach, que tem uma extensa experiência em pesquisa de biomedicina computacional de sistemas. O projeto sugerido se encaixa perfeitamente com a experiência do Dr. Baumbach na análise combinada de vários tipos de dados omics em conjunto com redes bioquímicas. Ele irá revelar-se particularmente útil para desvendar novos biomarcadores que permitam a estratificação de terapia, ajudando a reconhecer os pacientes nCRT-sensíveis e reduzir a taxa de morbidade pós-operatória. Uma análise abrangente de alterações genéticas e epigenéticas de tumores do reto de pacientes submetidos nCRT e sua correlação com resposta ao tratamento tem o potencial para identificar drivers moleculares úteis para a prática clínica. (AU)