Phage Orthologous Clusters: Um banco de dados de informações de fagos

Resumo

Estudos com fagos têm experienciado um crescente aumento de interesse pela comunidade científica devido a evidências recentes que demonstram sua importância em ecologia microbiana, ciclos do carbono e outros nutrientes e potenciais aplicações como agentes anti-microbianos nos campos da medicina, agricultura e processamento de alimentos. Fagos também são teorizados como reservatórios de diversidade genética na natureza, sendo responsáveis pela incorporação de novos genes e produtos protéicos em organismos procarióticos e eucarióticos. O processo de degradação de biomassa pela compostagem tem sido estudado pelo nosso grupo através de técnicas de metagenômica e meta-transcriptômica e milhões de sequências foram geradas. Estes dados estão sendo analisados por pipelines e metodologias customizadas, sendo que a anotação enfrenta uma grande necessidade por referências de sequências virais e informações de ortologia. O grupo do Professor Upton é responsável pelo Viral Bioinformatics Resource Center, uma plataforma de referência para virologistas de todo o mundo. Seu grupo também é responsável pelo banco de dados Virus Orthologous Clusters (VOCs), com informações sistematizadas sobre genomas e ortologia de vírus com grandes genomas de DNA. Desse modo, o principal objetivo desta proposta é criar um banco de dados de grupos ortólogos e informação genômica de fagos tendo VOCs como modelo. O banco de dados será estruturado com: (1) Genomas completos de fagos e (2) anotações, ORFs, frequências de nucleotídeo e aminoácidos, uso de códons, pontuações de BLASTP e atribuição de grupos ortólogos para cada gene. O novo banco de dados PhOCs foi pensado para ser referência em informação genômica e grupos ortólogos de fagos. Implementação inclui o desenvolvimento de aplicações JAVA web start e interface GUI simples para utilização pelos usuários. Este trabalho ajudará na caracterização dos contigs montados a partir dos reads de sequenciamento da compostagem e de outras amostras ambientais estudadas através de metagenômica, sendo disponibilizado publicamente para a comunidade científica.