Bolsa 14/16450-8 - Bacteriófagos, Compostagem - BV FAPESP
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Análise da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana durante o processo de compostagem

Processo: 14/16450-8
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Mestrado
Data de Início da vigência: 01 de março de 2015
Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2016
Área de conhecimento:Interdisciplinar
Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:João Carlos Setubal
Beneficiário:Deyvid Emanuel Amgarten
Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/50870-6 - Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico do Estado de São Paulo, AP.BTA.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):15/14334-3 - Phage Orthologous Clusters: Um banco de dados de informações de fagos, BE.EP.MS
Assunto(s):Bacteriófagos   Compostagem   Metagenômica   Parques estaduais   São Paulo
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Bacteriófagos | bioinformática | metagenômica | Metatranscritomica | Virus | Bioinformática

Resumo

Estudos metagenômicos têm caracterizado a estrutura e diversidade de comunidades microbianas em amostras ambientais. Os dados gerados trazem luz a organismos não-cultiváveis e têm ajudado a entender quem são os organismos participantes em processos complexos e inacessíveis até então. O projeto temático no qual esta proposta está inserida (processo 2011/50870-6) tem por objetivo caracterizar a diversidade de amostras ambientais de diferentes comunidades do Parque Zoológico do estado de SP, entre elas a comunidade associada ao processo de compostagem. Diversas análises foram realizadas no sentido de definir a diversidade de organismos celulares em dados metagenômicos da compostagem, porém a diversidade viral permanece intocada. Tendo em vista as perspectivas no campo da metagenômica viral, os resultados promissores produzidos por diferentes grupos e resultados preliminares gerados pela nossa equipe, este projeto tem por objetivo a caracterização da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana ao longo do processo de compostagem. Para tal, realizaremos um data mining exaustivo dos dados metagenômicos gerados. Além disso, iremos analisar fagos isolados da compostagem através do co-cultivo com Pseudomonas aeruginosa e outras espécies. Resultados preliminares do sequenciamento destes fagos indicam uma grande quantidade de sequências desconhecidas. Ambas as abordagens gerarão dados que serão anotados e armazenados em um banco de dados. Esperamos, assim, obter genomas parciais e/ou completos de novos fagos associados à comunidade termofílica do processo de compostagem. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AMGARTEN, DEYVID; BRAGA, LUCAS P. P.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C.. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, . (14/16450-8, 11/50870-6)
AMGARTEN, DEYVID; MARTINS, LAYLA FARAGE; LOMBARDI, KAREN CRISTINA; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; SILVA DE SOUZA, ANA PAULA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; UPTON, CHRIS; SETUBAL, JOAO CARLOS; et al. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC Genomics, v. 18, . (14/16450-8, 15/14334-3, 11/50870-6)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
AMGARTEN, Deyvid Emanuel. Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo. 2016. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.

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