Vias metabólicas e maciez da carne: de CNVs a expressão gênica em bovinos da raça Nelore

Resumo

O Brasil possui o maior rebanho bovino comercial do mundo ocupando a primeira posição na exportação de carne. Cerca de 80% do rebanho brasileiro é composto de raças zebuínas (Bos taurus indicus). No território brasileiro a raça Nelore representa 90% das raças zebuínas, mostrando grande representatividade e capacidade de adaptação. Esta grande capacidade de adaptação ao clima tropical brasileiro, no entanto, não está associada a uma elevada maciez da carne. Para investigar os parâmetros genéticos de influência o projeto "Bases moleculares da qualidade da carne em bovinos da raça Nelore" foi lançado pela Empresa Brasileira de pesquisa agropecuária (EMBRAPA - Pecuária Sudeste), em colaboração com a Universidade de São Paulo - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (USP - ESALQ). Uma importante fonte genética de variação fenotípica investigada no projeto é denominada copy number variation (CNV), a qual representa o desvio do número normal de cópias em certos intervalos genômicos. Anteriormente, a genotipagem de uma população Nelore de aproximadamente 800 animais identificou mais de 2000 regiões de variação do número de cópia (CNVRs). Destas, dez CNVRs sobrepostas a SNPs (single nucleotide polymorphism) associados à maciez da carne foram também analisadas por qPCR. Paralelamente, 40 animais da população (800 genotipados) foram submetidos à análise do transcriptoma usando sequenciamento de última geração (RNA -seq). No presente trabalho, pretende-se combinar as CNVRs e os dados de expressão gênica para identificar genes diferencialmente expressos entre diferentes genótipos nas CNVRs. Além disso, objetiva-se analisar se os genes diferencialmente expressos que compartilham funções similares ou pertencem a vias metabólicas semelhantes usando o state-of- the-art das abordagens de enriquecimento. Este processo irá melhorar substancialmente a interpretação biológica das CNVRs permitindo a identificação de importante regiões candidatas à maciez da carne. (AU)