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Análise fenotípica e sequenciamento do transcriptoma e genoma em linhagens de Salmonella Enteritidis isoladas no período pré e pós-pandemia no Brasil

Processo: 13/25191-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2014
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Juliana Pfrimer Falcão
Beneficiário:Fábio Campioni
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):16/05817-3 - Sequenciamento do genoma total e análise de bioinformática de linhagens de Salmonella enteritidis isoladas no período pré e pós-pandemia no Brasil, BE.EP.PD
Assunto(s):Salmonella enteritidis   Análise de sequência de RNA   Virulência

Resumo

A doença decorrente da infecção por Salmonella é um dos maiores problemas de saúde no mundo em termos de morbidade e mortalidade. Entre as sorovariedades de Salmonella enterica, a Enteritidis (S. Enteritidis) compreende linhagens que possuem habilidade especializada de colonizar o trato reprodutivo de aves e contaminar componentes internos de ovos, o que possibilitou que S. Enteritidis se tornasse a mais comum das sorovariedades de Salmonella spp. causadoras de doenças em humanos. Apesar de não se saber ao certo os motivos que levaram a isso, acredita-se que um clone epidêmico e mais virulento tenha sido inserido no país pelo intercâmbio comercial de aves com outros países. Esse projeto tem como objetivo analisar comparativamente por testes fenotípicos, sequenciamento do transcriptoma e sequenciamento do genoma total, linhagens de Salmonella Enteritidis isoladas no período pré e pós-pandemia no Brasil. Para isso, serão estudadas 48 linhagens de S. Enteritidis, sendo 24 linhagens isoladas no período pré-pandemia (1968-1992) e 24 linhagens isoladas no período pós-pandemia (1993-2013) em vários locais do Brasil. As linhagens isoladas no período pré e pós-pandemia serão comparadas quanto à invasão a células epiteliais humanas e de frangos, capacidade de sobreviver à fagocitose por macrófagos de humanos e de frangos, sobrevivência ao stress ácido e oxidativo e crescimento na albumina do ovo. A comparação de genes expressos em cada um dos testes fenotípicos descritos acima será realizada para uma linhagem de Salmonella Enteritidis isoladas no período pré-pandemia e uma linhagem isolada no período pós-pandemia que apresentarem diferença significativa frente à maioria dos testes fenotípicos, utilizando-se o sequenciamento do transcriptoma. Os dados da expressão diferencial de genes serão validados por RT-PCR. Ademais, as duas linhagens selecionadas terão seu genoma sequenciado e sua dose letal mínima (DL50) determinada. Em conjunto, os resultados a serem obtidos deverão contribuir para uma melhor caracterização de S. Enteritidis, bem como fornecerão informações sobre as diferenças entre linhagens isoladas em período pré e pós-pandemia no país, o que poderá colaborar na elucidação dos motivos do início da pandemia no Brasil, bem como, poderá fornecer dados para outros estudos sobre a emergência da sorovariedade Enteritidis como a mais prevalente em vários locais do mundo.

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Publicações científicas (10)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CAMPIONI, FABIO; GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; BERGAMINI, ALZIRA MARIA MORATO; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Phenotypic analyses of Salmonella enterica serovar Enteritidis strains isolated in the pre- and post-epidemic period in Brazil. Brazilian Journal of Microbiology, v. 52, n. 1, SI OCT 2020. Citações Web of Science: 0.
VILELA, FELIPE PINHEIRO; GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; PAZIANI, MARIO HENRIQUE; BRAZ, VANIA SANTOS; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; VON ZESKA KRESS, MARCIA REGINA; FALCAO, JULIANA PFRIMER; CAMPIONI, FABIO. Virulence traits and expression of bstA, fliC and sopE2 in Salmonella Dublin strains isolated from humans and animals in Brazil. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 80, JUN 2020. Citações Web of Science: 0.
CAMPIONI, FABIO; GOMES, CAROLINA N.; BERGAMINI, ALZIRA M. M.; RODRIGUES, DALIA P.; FALCAO, JULIANA P. Partial Correlation Between Phenotypic and Genotypic Antimicrobial Resistance of Salmonella enterica Serovar Enteritidis Strains from Brazil. MICROBIAL DRUG RESISTANCE, v. 26, n. 12 APR 2020. Citações Web of Science: 0.
VILELA, FELIPE PINHEIRO; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; TIBA CASAS, MONIQUE RIBEIRO; FALCAO, JULIANA PFRIMER; CAMPIONI, FABIO. High similarity and high frequency of virulence genes among Salmonella Dublin strains isolated over a 33-year period in Brazil. Brazilian Journal of Microbiology, v. 51, n. 2 NOV 2019. Citações Web of Science: 1.
VILELA, FELIPE PINHEIRO; GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; PASSAGLIA, JAQUELINE; RODRIGUES, DALIA PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; TIBA CASAS, MONIQUE RIBEIRO; FERNANDES, SUELI APARECIDA; FALCAO, JULIANA PFRIMER; CAMPIONI, FABIO. Genotypic Resistance to Quinolone and Tetracycline in Salmonella Dublin Strains Isolated from Humans and Animals in Brazil. MICROBIAL DRUG RESISTANCE, v. 25, n. 2 SEP 15 2018. Citações Web of Science: 2.
CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; JANIES, DANIEL A.; MORATO BERGAMINI, ALZIRA MARIA; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; STONES, ROBERT; BROWN, ERIC; ALLARD, MARC W.; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Changing of the Genomic Pattern of Salmonella Enteritidis Strains Isolated in Brazil Over a 48 year-period revealed by Whole Genome SNP Analyses. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, JUL 11 2018. Citações Web of Science: 2.
CAMPIONI, FABIO; VILELA, FELIPE PINHEIRO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; MILLER, DANIELA; LEON, MARIA SANCHEZ; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; FERNANDES, SUELI APARECIDA; RODRIGUES, DANA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of 112 Salmonella enterica Serovar Dublin Strains Isolated from Humans and Animals in Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 24 JUN 2018. Citações Web of Science: 1.
VILELA, F. P.; FRAZAO, M. R.; RODRIGUES, D. P.; COSTA, R. G.; CASAS, M. R. T.; FERNANDES, S. A.; FALCAO, J. P.; CAMPIONI, F. Genetic diversity, anti-microbial resistance, plasmid profile and frequency of the Vi antigen in Salmonella Dublin strains isolated in Brazil. ZOONOSES AND PUBLIC HEALTH, v. 65, n. 1, p. E34-E43, FEB 2018. Citações Web of Science: 2.
MARTINS IMORI, PRISCILLA FERNANDA; CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; LEON, MARIA SANCHEZ; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, and Yersinia kristensenii Strains from Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 32 AUG 2017. Citações Web of Science: 1.
CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; LEON, MARIA SANCHEZ; MORATO BERGAMINI, ALZIRA MARIA; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of 256 Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Enteritidis Strains Isolated from Humans, Food, Chickens, and Farm Environments in Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 28 JUL 2017. Citações Web of Science: 1.

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