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Análise da expressão de genes HLA e caracterização da base genética do controle de expressão gênica

Processo: 13/22007-7
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Pesquisa
Vigência (Início): 21 de outubro de 2013
Vigência (Término): 20 de fevereiro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Diogo Meyer
Beneficiário:Diogo Meyer
Anfitrião: Emmanouil Dermitzakis
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa: Université de Genève, Suíça  
Assunto(s):Genética populacional   Genômica funcional   Genes classe I do complexo de histocompatibilidade (MHC)   Expressão gênica   Análise de sequência de RNA

Resumo

Genes clássicos de classe I e II do complexo principal de histcompatibilidade de humanos, os genes HLA, são altamente polimórficos e há um corpo substancial de resultados que documentam o fato deles terem sido alvos de seleção balanceadora. Estudos evolutivos sobre genes HLA tem focado no modo como a variação codificadora não sinônima, que altera a sua sequência de DNA e consequentemente a proteína, e alvo da seleção natural. Entretanto, há comparativamente menos compreensão sobre como os perfis de expressão desses genes variam entre indivíduos, populações ou tecidos. Além disso, os estudos evolutivos não incorporaram o efeito da expressão dos alelos em suas análises. No presente estudo proponho estabelecer uma metodologia de quantificação da expressão de genes HLA usando o método de RNAseq. Esse método constitui a forma mais confiável de estimar a abundância de transcritos obtidos de um tecido. A principal dificuldade metodológica na aplicação do RNAseq aos genes HLA consiste no mapeamento de transcritos ao genoma referência, uma vez que o alto nível de polimorfismo desses genes resulta em uma grande divergência entre os alelos que um indivíduo possui e a sequência do genoma referência. Proponho abordagens especificas para enfrentar essa dificuldade, viabilizando a estimativa da expressão desses genes. De posse de estimativas de expressão dos genes HLA, será viável mapear loci correlacionados com a sua expressão (expression quantitative trait loci, eQTLs), compreender melhor a arquitetura genética subjacente a regulação da expressão desses genes. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AGUIAR, VITOR R. C.; CESAR, JONATAS; DELANEAU, OLIVIER; DERMITZAKIS, EMMANOUIL T.; MEYER, DIOGO. Expression estimation and eQTL mapping for HLA genes with a personalized pipeline. PLOS GENETICS, v. 15, n. 4, . (12/18010-0, 15/19990-6, 13/22007-7, 16/24734-1, 14/12123-2)

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