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Estudo de redes gênicas regulatórias por meio de métodos estocásticos e de mecânica estatística

Processo: 13/14438-8
Modalidade de apoio:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de novembro de 2013
Vigência (Término): 31 de outubro de 2014
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Nestor Felipe Caticha Alfonso
Beneficiário:Marcelo Boareto Do Amaral
Supervisor: José Nelson Onuchic
Instituição Sede: Instituto de Física (IF). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa: Rice University, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:08/10831-9 - Tópicos em sinalização celular e bioinformática: princípios de funcionamento do circuito de sinalização Notch e aprendizagem supervisionada variacional de relevância, BP.DD
Assunto(s):Biologia sintética   Mecânica estatística   Redes reguladoras de genes   Processos estocásticos
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Biologia Sintetica | fisica estatistica | métodos estocásticos | Redes gênicas regulatórias | Tomadas de decisão em bactérias | Física Biológica

Resumo

Com o advento das modernas técnicas de biologia molecular, mais especificamente as chamadas tecnologias de alto desempenho (RNA-seq e microarranjos), tem sido gerado um grande volume de informação sobre sistemas biológicos complexos. Um dos principais desafios da biologia atual é utilizar este montante de informação para explicar e predizer comportamentos no nível celular/molecular. A modelagem matemática destes sistemas fornece uma abordagem objetiva para testar hipóteses sobre o comportamento do sistema. Mais especificamente, métodos inspirados em ideias de mecânica estatística surgem como uma ferramenta adequada ao estudos destes sistemas uma vez que permite relacionar o efeitos macroscópicos com interações microscópicas. Assim, o objetivo deste projeto é aplicar técnicas de modelagem matemática, principalmente métodos baseados em conceitos física estatística, a sistemas biológicos de interesse. (AU)

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Publicações científicas (9)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
JOLLY, MOHIT KUMAR; BOARETO, MARCELO; LU, MINGYANG; ONUCHIC, JOSE'N; CLEMENTI, CECILIA; BEN-JACOB, ESHEL. Operating principles of Notch-Delta-Jagged module of cell-cell communication. NEW JOURNAL OF PHYSICS, v. 17, . (13/14438-8)
JOLLY, MOHIT KUMAR; BOARETO, MARCELO; HUANG, BIN; JIA, DONGYA; LU, MINGYANG; BEN-JACOB, ESHEL; ONUCHIC, JOSE N.; LEVINE, HERBERT. Implications of the hybrid epithelial/mesenchymal phenotype in metastasis. FRONTIERS IN ONCOLOGY, v. 5, . (13/14438-8)
BOCCI, FEDERICO; GEARHART-SERNA, LARISA; BOARETO, MARCELO; RIBEIRO, MARIANA; BEN-JACOB, ESHEL; DEVI, GAYATHRI R.; LEVINE, HERBERT; ONUCHIC, JOSE NELSON; JOLLY, MOHIT KUMAR. Toward understanding cancer stem cell heterogeneity in the tumor microenvironment. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 116, n. 1, p. 148-157, . (13/14438-8)
JIA, DONGYA; JOLLY, MOHIT KUMAR; BOARETO, MARCELO; PARSANA, PRINCY; MOONEY, STEVEN M.; PIENTA, KENNETH J.; LEVINE, HERBERT; BEN-JACOB, ESHEL. OVOL guides the epithelial-hybrid-mesenchymal transition. ONCOTARGET, v. 6, n. 17, p. 15436-15448, . (13/14438-8)
BOARETO, MARCELO; JOLLY, MOHIT KUMAR; BEN-JACOB, ESHEL; ONUCHIC, JOSE N.. Jagged mediates differences in normal and tumor angiogenesis by affecting tip-stalk fate decision. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 112, n. 29, p. E3836-E3844, . (13/14438-8)
BOARETO, MARCELO; JOLLY, MOHIT KUMAR; LU, MINGYANG; ONUCHIC, JOSE N.; CLEMENTI, CECILIA; BEN-JACOB, ESHEL. Jagged-Delta asymmetry in Notch signaling can give rise to a Sender/Receiver hybrid phenotype. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 112, n. 5, p. E402-E409, . (13/14438-8)
BOARETO, MARCELO; JOLLY, MOHIT KUMAR; GOLDMAN, AARON; PIETILA, MIKA; MANI, SENDURAI A.; SENGUPTA, SHILADITYA; BEN-JACOB, ESHEL; LEVINE, HERBERT; ONUCHIC, JOSE N.. Notch-Jagged signalling can give rise to clusters of cells exhibiting a hybrid epithelial/mesenchymal phenotype. Journal of the Royal Society Interface, v. 13, n. 118, . (13/14438-8, 08/10831-9)
BOARETO, MARCELO; JOLLY, MOHIT KUMAR; LU, MINGYANG; ONUCHIC, JOSE N.; CLEMENTI, CECILIA; BEN-JACOB, ESHEL. Jagged-Delta asymmetry in Notch signaling can give rise to a Sender/Receiver hybrid phenotype. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 112, n. 5, p. 8-pg., . (13/14438-8)
BOARETO, MARCELO; JOLLY, MOHIT KUMAR; BEN-JACOB, ESHEL; ONUCHIC, JOSE N.. Jagged mediates differences in normal and tumor angiogenesis by affecting tip-stalk fate decision. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 112, n. 29, p. 9-pg., . (13/14438-8)

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