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Reconhecimento de Inibidores e Flexibilidade da Fosfatase Cdc25B

Processo: 12/00543-1
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2012
Vigência (Término): 30 de abril de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Guilherme Menegon Arantes
Beneficiário:Raphael Santa Rosa Sayegh
Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Simulação de dinâmica molecular   Simulação por computador   Ressonância magnética nuclear
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Desenho de inibidores | Dinâmica Molecular | Ensembles conformacionais | Ressonância Magnética Nuclear | Simulação Computacional | Biofísica computacional

Resumo

As fosfatases Cdc25s participam de pontos de checagem do ciclo celular. Em diversos tipos de tumores ocorre a superexpressão dessas enzimas, podendo levar a uma desregulação do ciclo. Portanto, o estudo de inibidores das Cdc25s pode contribuir para o desenvolvimento de novas terapias anticâncer. Já foram descritos diversos inibidores pouco específicos da Cdc25B, isoforma cujo domínio catalítico teve sua estrutura cristalina determinada por difração de raios-X. Dados computacionais apontam para uma grande flexibilidade na região C-terminal que pode influenciar na ligação de inibidores competitivos. Neste projeto, planeja-se validar e estender estas simulações usando dados estruturais e dinâmicos de ressonância magnética nuclear da proteína. Estes dados serão usadosna construção de novos ensembles conformacionais. Os ensembles serão usados em experimentos computacionais de ancoragem com inibidores e os resultados comparados a dados experimentais dos mesmos complexos Cdc25B+inibidor. Assim, pretende-se verificar a influência da flexibilidade da proteína em solução no reconhecimento molecular. Este projeto pode trazer avanços importantes nas técnicas utilizadas no desenvolvimento de novos ligantes para proteínas flexíveis ou parcialmente desenoveladas.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SAYEGH, RAPHAEL S. R.; TAMAKI, FABIO K.; MARANA, SANDRO R.; SALINAS, ROBERTO K.; ARANTES, GUILHERME M.. Conformational flexibility of the complete catalytic domain of Cdc25B phosphatases. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. 84, n. 11, p. 1567-1575, . (14/19439-5, 08/55914-9, 13/17883-2, 14/21900-2, 12/00543-1)
REIS, ANDRE A. O.; SAYEGH, RAPHAEL S. R.; MARANA, SANDRO R.; ARANTES, GUILHERME M.. Combining Free Energy Simulations and NMR Chemical-Shift Perturbation To Identify Transient Cation-pi Contacts in Proteins. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 2, p. 890-897, . (18/25952-8, 16/22365-9, 16/24096-5, 12/00543-1, 18/08311-9)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
SAYEGH, Raphael Santa Rosa. Flexibilidade conformacional do domínio catalítico da fosfatase Cdc25B. 2016. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Conjunto das Químicas (IQ e FCF) (CQ/DBDCQ) São Paulo.

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