Pirossequenciamento de alta cobertura e análise de polimorfismo de base única da proteína não-estrutural 5A e região hipervariável 1 do vírus da hepatite C associado à resposta ao tratamento

Resumo

A Hepatite C é um grande problema de saúde pública mundial, e a terapia utilizada atualmente, baseada em Interferon e Ribavirina, tem sucesso em aproximadamente 50% dos pacientes. Embora os mecanismos envolvidos na resistência viral ainda não sejam totalmente esclarecidos, sugere-se que fatores virais e do hospedeiro participam destes. Dentre os fatores virais, a alta variabilidade do seu genoma de RNA, incluindo a presença de variantes intra-hospedeiro denominadas de quasispecies, pode estar relacionada à resposta ao tratamento. A proteína não-estrutural 5A (NS5A) e a região hipervariável l da proteína do envelope (HVR1) apresentam esta variação intra-hospedeiro e são componentes essenciais para a infecção viral. Além disso, estas proteínas podem estar relacionadas à resistência ao tratamento. Entretanto, as quasispecies resistentes podem não representar a maioria na população viral no hospedeiro antes da aplicação do tratamento, e técnicas tradicionais de sequenciamento são incapazes de detectá-las. O pirossequenciamento de alta capacidade é uma técnica inovadora que apresenta diversas vantagens sobre as técnicas tradicionais de sequenciamento, além de demonstrar alta sensibilidade na detecção de mutações pontuais (SNP) e quasispecies em minoria de uma amostra para o estudo de resistência a antivirais. Em adição é necessária a validação dos SNPs por técnicas de sequenciamento de nova geração como o Sequenom. Com base nestes dados, o objetivo do presente estudo é relacionar dados sobre a composição de quasispecies do HCV e resposta ao tratamento de Interferon, em amostras de pacientes infectados com o vírus de genótipos 1 e 3. Em colaboração com o Dr. Yuri Khudyakov do CDC (Estados Unidos), a análise será realizada com técnicas recentes como o sequenciamento 454, análise de espectroscopia de massa (MassCLEAVE Sequenon) e estatística Bayesiana.