Sequenciamento e análise comparativa do genoma de uma cepa do fitopatógeno Xylella fastidiosa.

Resumo

Xylella fastidiosa é uma bactéria que coloniza o xilema de uma diversidade de plantas cultivadas e silvestres em várias partes do mundo, sendo o agente causador de uma série de doenças em plantas economicamente importantes como citros, videiras e café. Diferentes cepas de X. fastidiosa foram identificados, sendo que destes, seis já tiveram seus genomas completa ou parcialmente elucidados: cepa 9a5c, isolada de citros e agente etiológico da Clorose Variegada dos Citros; cepa Temecula-1, isolada de videiras e agente etiológico da doença de Pierce; cepas Dixon, M12 e M23, associadas à escaldadura da amendoeira e cepa Ann-1, agente causal escaldadura da espirradeira. Desde o sequenciamento completo destes genomas, muito se avançou na compreensão de processos envolvidos na colonização dos hospedeiros de X. fastidiosa, seja ele planta ou inseto vetor, e alguns dos potenciais mecanismos de virulência foram elucidados. Entretanto, presume-se a existência de mecanismos e fatores adicionais importantes para colonização de plantas e insetos por este fitopatógeno. É importante ressaltar que hoje se verifica a ausência da estirpe 9a5c nos pomares citrícolas com CVC em São Paulo em detrimento de outras estirpes virulentas, mesmo que em condições experimentais a cepa 9a5c ainda se mantenha virulenta. Estudos de genotipagem sugerem que a cepa 9a5c é geneticamente mais relacionada a estirpes isoladas de cafeeiros e a um isolado de citros da Argentina do que a outros isolados hoje encontrados nos pomares de citros de São Paulo (da Silva, V.S et al. 2007 BMC Genomics 8:474; Almeida, R.P.P. et al 2008 Appl Environ Microbiol 74:3690). Está em andamento em nosso grupo, um projeto que visa a identificação de novos genes potencialmente associados a aspectos evolutivos e de adaptação e virulência de X. fastidiosa através do sequenciamento e análise comparativa de genomas de estirpes isoladas de citros e que apresentam baixa e alta virulência e também de outras estirpes prevalentes na América do Sul. Neste projeto de Mestrado, temos como objetivo específico o sequenciamento de uma cepa de X. fastidiosa associada à escaldadura das folhas da ameixeira, a qual aparentemente está mais relacionada às estirpes prevalentes na América do Sul. O sequenciamento completo do genoma será realizado utilizando o equipamento 454 Roche, instalado no Centro Avançado de Tecnologias em Genômica (CATG) do Departamento de Bioquímica do IQUSP. A montagem, anotação e a análise comparativa com outros genomas de Xylella fastidiosa serão realizadas em colaboração com o Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica.