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Avaliação da diversidade genética de cianobactérias de manguezais do estado de São Paulo usando DGGE e biblioteca do gene DNAr 16S

Processo: 07/08354-5
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2008
Vigência (Término): 31 de agosto de 2010
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Ciência do Solo
Pesquisador responsável:Marli de Fátima Fiore
Beneficiário:Janaina Rigonato
Instituição Sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:04/13910-6 - Biodiversidade e atividades funcionais de microrganismos de manguezais do estado de São Paulo, AP.BTA.TEM
Assunto(s):Biodiversidade   Ecossistemas de mangue   Cianobactérias   DNA   Reação em cadeia por polimerase (PCR)
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Biodiversidade | Dna | Ecologia | Ecossistemas de Manguezal | Pcr | sequenciamento | Ecologia Molecular de Cianobacterias

Resumo

Este projeto de pesquisa tem como objetivo avaliar a diversidade de cianobactérias em ecossistemas de manguezal, bem como, verificar possíveis alterações na população deste microrganismo em ambiente impactado por derramamento de petróleo contrastando com outro não impactado. Para tanto, serão utilizadas ferramentas moleculares, como DGGE e biblioteca do gene de DNAr 16S. Serão coletados solos de manguezais situados no Estado de São Paulo (Cananéia-Ilha do Cardoso e Bertioga), o DNA total será extraído, o gene de DNAr 16S será amplificado com iniciadores específicos para cianobactérias, e o produto será analisado usando a metodologia do DGGE. Os amplicons resultantes serão excisados do gel e sequenciados. A identificação das cianobactérias será feita por meio da comparação das sequências obtidas na análise BLAST (NCBI). As relações entre essas sequências serão estudadas por meio da construção de árvores filogenéticas. A biblioteca do gene de DNAr 16S será construída a partir da amplificação por PCR do DNA total do solo e o produto será clonado em Escherichia coli. Os insertos contidos nos plasmídeos serão amplificados por PCR e sequenciados. As análises serão efetuadas da mesma maneira que para o DGGE. Informações a respeito da diversidade de cianobactérias presentes em ecossistemas de manguezal brasileiros são praticamente inexistentes e este projeto irá gerar conhecimentos sobre a distribuição deste grupo de bactérias tão importante para esse ambiente. (AU)

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Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
RIGONATO, JANAINA; KENT, ANGELA D.; GUMIERE, THIAGO; ZANINI BRANCO, LUIZ HENRIQUE; ANDREOTE, FERNANDO DINI; FIORE, MARLI FATIMA. Temporal assessment of microbial communities in soils of two contrasting mangroves. Brazilian Journal of Microbiology, v. 49, n. 1, p. 87-96, . (07/08354-5, 13/18529-8, 04/13910-6)
RIGONATO, JANAINA; GONCALVES, NATALIA; DINI ANDREOTE, ANA PAULA; LAMBAIS, MARCIO RODRIGUES; FIORE, MARLI FATIMA. Estimating genetic structure and diversity of cyanobacterial communities in Atlantic forest phyllosphere. Canadian Journal of Microbiology, v. 62, n. 11, p. 953-960, . (09/15402-1, 08/50824-1, 07/08354-5)
DIAS, ARMANDO C. F.; ANDREOTE, FERNANDO D.; RIGONATO, JANAINA; FIORE, MARLI FATIMA; MELO, ITAMAR S.; ARAUJO, WELINGTON LUIZ. The bacterial diversity in a Brazilian non-disturbed mangrove sediment. ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGY, v. 98, n. 4, p. 541-551, . (07/08354-5, 07/56360-4, 04/13910-6)
RIGONATO, JANAINA; KENT, ANGELA D.; ALVARENGA, DANILLO O.; ANDREOTE, FERNANDO D.; BEIRIGO, RAPHAEL M.; VIDAL-TORRADO, PABLO; FIORE, MARLI F.. Drivers of cyanobacterial diversity and community composition in mangrove soils in south-east Brazil. ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, v. 15, n. 4, p. 1103-1114, . (07/08354-5, 04/13910-6, 08/52556-4)
RIGONATO, JANAINA; ALVARENGA, DANILLO OLIVEIRA; ANDREOTE, FERNANDO DINI; FRANCO DIAS, ARMANDO CAVALCANTE; MELO, ITAMAR SOARES; KENT, ANGELA; FIORE, MARLI FATIMA. Cyanobacterial diversity in the phyllosphere of a mangrove forest. FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, v. 80, n. 2, p. 312-322, . (07/56360-4, 08/54013-8, 04/13910-6, 08/52556-4, 07/08354-5)
RIGONATO, JANAINA; KENT, ANGELA D.; GUMIERE, THIAGO; ZANINI BRANCO, LUIZ HENRIQUE; ANDREOTE, FERNANDO DINI; FIORE, MARLI FATIMA. Temporal assessment of microbial communities in soils of two contrasting mangroves. Brazilian Journal of Microbiology, v. 49, n. 1, p. 10-pg., . (04/13910-6, 07/08354-5, 13/18529-8)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
RIGONATO, Janaina. Diversidade de cianobactérias em manguezais do Estado de São Paulo. 2010. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.

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