"Sequenciamento direcionado por síntenia genica", uma nova estratégia para espécies poliplóides: sequenciamento e estrutura física de uma região complexa da cana-de-açúcar

Resumo

A cana-de-açúcar exibe um genoma complexo principalmente devido à sua natureza aneuploide e alto nível de ploidia, e o sequenciamento de seu genoma representa um grande desafio. As espécies estreitamente relacionadas com genomas bem montados e anotados podem ser usadas para ajudar a montar genomas complexos. Aqui, um loco estável de característica quantitativa (QTL) relacionado à acumulação de açúcar no sorgo foi transferido com sucesso para o genoma da cana-de-açúcar. As seqüências de genes relacionadas a este QTL foram identificadas em silico a partir de dados de transcriptomas de cana-de-açúcar, e os marcadores moleculares baseados nessas seqüências foram desenvolvidos para selecionar clones de cromossomos artificiais bacterianos (BAC) da variedade de cana-de-açúcar SP80-3280. Sessenta e oito clones de BAC contendo pelo menos duas sequências de genes associadas ao QTL de sorgo foram sequenciados utilizando a tecnologia Pacific Biosciences (PacBio). Vinte sequências BAC foram encontradas relacionadas à região sintênica, das quais nove foram suficientes para representar a região sintênica. A estratégia que propomos é chamada de "seqüenciamento direcionado por sintenia gênica", a qual é uma abordagem mais simples para entender a estrutura de regiões genômicas complexas associadas a características de interesse. (AU)