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Estrutura e função de sistemas de secreção bacterianas

Processo: 17/17303-7
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de março de 2018 - 29 de fevereiro de 2024
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
Pesquisador responsável:Shaker Chuck Farah
Beneficiário:Shaker Chuck Farah
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores principais:
Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho ; Roberto Kopke Salinas
Pesq. associados:Robson Francisco de Souza ; Rodrigo Villares Portugal
Auxílios(s) vinculado(s):20/04680-0 - Desenho de diferentes fragmentos da proteína de superfície, spike, do SARS-CoV-2, para desenvolvimento de testes rápidos e de vacina, AP.R
18/26394-9 - EMU concedido no processo 2017/17303-7: single tilt cryotransfer Hölder, AP.EMU
18/26396-1 - EMU concedido no processo 2017/17303-7: robô de vitrificação, AP.EMU
+ mais auxílios vinculados 18/20391-8 - Implementação de técnicas modernas de RMN multidimensional heteronuclear no instrumento de 800 MHz da Central Analítica do IQUSP, AV.EXT
18/20526-0 - EMU concedido no processo 2017/17303-7: sistema AKTA, AP.EMU
18/08822-3 - Estudo do papel do sistema com no desenvolvimento de biofilme mediado pelo pilus Tipo IV de Xanthomonas citri subsp. citri, AV.EXT - menos auxílios vinculados
Bolsa(s) vinculada(s):21/10590-6 - Sistemas de secreção do tipo IV conjugativos na família Xanthomonadaceae: Investigando diversidade estrutural e funcional, BP.PD
21/08683-6 - Estudos sobre as toxinas do sistema de secreção tipo IV (X-Tfes) e antitoxinas (XTfis), BP.DD
21/03933-4 - Estudos de Cryo-EM sobre os sistemas de secreção tipo IV Xanthomonadaceae, BP.PD
+ mais bolsas vinculadas 19/12234-2 - Estudos Estruturais sobre o Pilus tipo IV e T4SS de Xanthomonas citri, BP.PD
19/09482-4 - Estudo bioquímico, genético e funcional de R-bodies em Xanthomonas citri, BP.IC
18/21076-9 - Estrutura da secretina do pilus tipo IV de Xanthomonas citri, BP.DR
18/21450-8 - Estudos de Cryo-EM sobre os sistemas de secreção Tipo IV Xanthomonadaceae, BP.PD
18/09277-9 - Investigação dos requerimentos estruturais para o reconhecimento pela proteína VirD4 de toxinas secretadas pelo sistema de secreção do tipo IV., BP.PD
16/00458-5 - Caracterização estrutural e funcional de sistemas de secreção do tipo IV de Xanthomonas citri., BP.PD
15/18237-2 - Exploração genética sobre os mecanismos de regulação do Sistema de Secreção do Tipo IV em Xanthomonas citri e como esse sistema medeia a morte contato-dependente, BP.PD
14/04294-1 - Estudos estruturais e funcionais do Sistema de Secreção do Tipo IV de Xanthomonas citri, BP.PD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Proteínas  Biologia estrutural  Xanthomonas citri  Bactérias gram-negativas  Sistemas de secreção tipo IV 

Resumo

Bactérias possuem complexos multiproteicos grandes (multi-mega Dalton) que transportam proteínas efetoras através de membranas bacterianas para o meio extracelular ou diretamente dentro de outras células. Esses sistemas também medeiam a transferência horizontal de material genético (conjugação) entre células bacterianas e formas homólogas especializadas desses sistemas evoluíram para pili e flagelos bacterianos. Portanto, os sistemas de secreção macromolecular são determinantes importantes para a adaptação bacteriana, competição e sobrevivência em diversos nichos ambientais. No decurso do projeto temático anterior, demonstramos a importância do pili tipo IV (T4P) na motilidade twitching e na formação de biofilmes em Xanthomonas citri e caracterizamos os principais reguladores da biogênese do T4P. Também mostramos que o sistema de secreção de Xanthomonas citri tipo IV (T4SS) fornece a essas células a capacidade de matar outras espécies bacterianas Gram-negativas de maneira dependente do contato. Esta foi a primeira demonstração do envolvimento de um T4SS em matança bacteriana e aponta para esta classe especial de T4SS como um determinante importante para a sobrevivência de Xanthomonas durante encontros competitivos com outras espécies bacterianas no meio ambiente. Neste projeto, propomos seguir várias linhas de pesquisa sobre a estrutura molecular, função molecular e relevância fisiológica dessas nano-máquinas complexas em Xanthomonas citri, bem como em outros membros da família Xanthomonadaceae. Especificamente, seguiremos duas linhas gerais de investigação. Projeto 1: estudos sobre os sistemas de secreção do tipo IV de Xanthomonadaceae. Nós planejamos i) determinar a estrutura dos componentes individuais do T4SS de X. citri, bem como os sub-complexos principais e o complexo inteiro; ii) realizar estudos estruturais e enzimológicos sobre as toxinas segregadas por este sistema, bem como seus inibidores cognatos; iii) estudar a base molecular do reconhecimento de toxinas pelo aparelho do T4SS; iv) estudar a localização celular e a regulação da expressão do T4SS, e v) ampliam nossos estudos do sistema X. citri aos T4SS homólogos encontrados em outras espécies bacterianas, incluindo Stenotrophomonas, Lysobacter e em algumas espécies das ordens de Betaproteobactérias Burkholderiales e Neisseriales. Projeto 2: estudos sobre o pilus tipo IV (T4P) em Xanthomonas citri. Planejamos investigar i) como a atividade ATPase de PilB é regulada pelos componentes PilZ, FimX e c-diGMP e outros componentes da membrana interna (plataforma); ii) as estruturas dos complexos PilB-PilZ e PilB-PilZ-FimX; iii) os papéis das pilinas menores conservadas nas espécies Xanthomonadaceae; iv) o papel da PilU, a terceira e mal compreendida ATPase; v) como os sinais ambientais específicos controlam as funções dependentes de T4P nas espécies Xanthomonas; vi) como o T4P contribui para a competitividade de Xanthomonas em interações antagônicas com outras espécies bacterianas, e vii) a estrutura do pilus extracelular (polímero das subunidades PilA). Nestes estudos empregaremos métodos de Biologia Estrutural (cristalografia, ressonância magnética nuclear, criomicroscopia eletrônica, SAXS, simulações moleculares) a produção e caracterização de nocautes gênicos, microscopia de fluorescência, enzimologia, estudos de expressão gênica e bioinformática. O projeto inclui o treinamento de estudantes de graduação, pós-graduação, pós-doutores e colaborações com pesquisadores de outras instituições brasileiros e estrangeiros. (AU)

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Publicações científicas (10)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
VENTURA FERNANDES, BIANCA H.; FEITOSA, NATALIA MARTINS; BARBOSA, ANA PAULA; BOMFIM, CAMILA GASQUE; GARNIQUE, ANALI M. B.; ROSA, IVANA F.; RODRIGUES, MAIRA S.; DORETTO, LUCAS B.; COSTA, DANIEL F.; CAMARGO-DOS-SANTOS, BRUNO; FRANCO, GABRIELLI A.; FAVERO NETO, JOAO; LUNARDI, JULIANA SARTORI; BELLOT, MARINA SANSON; CAPELINI ALVES, NINA PACHECO; COSTA, CAMILA C.; ARACATI, MAYUMI F.; RODRIGUES, LETICIA F.; CIRILO, RAFAELA HEMILY; COLAGRANDE, RAUL MARCELINO; GOMES, FRANCISCO I. F.; NAKAJIMA, RAFAEL T.; BELO, MARCO A. A.; GIAQUINTO, PERCILIA CARDOSO; DE OLIVEIRA, SUSANA LUPORINI; ETO, SILAS FERNANDES; FERNANDES, DAYANNE CARLA; MANRIQUE, WILSON G.; CONDE, GABRIEL; ROSALES, ROBERTA R. C.; TODESCHINI, IRIS; RIVERO, ILO; LLONTOP, EDGAR; SGRO, GERMAN G.; OKA, GABRIEL UMAJI; BUENO, NATALIA FERNANDA; FERRARIS, FAUSTO K.; DE MAGALHAES, MARIANA T. Q.; MEDEIROS, RENATA J.; MENDONCA-GOMES, JULIANA M.; JUNQUEIRA, MARA SOUZA; CONCEICAO, KATIA; DE PONTES, LETICIA GOMES; CONDINO-NETO, ANTONIO; PEREZ, ANDREA C.; BARCELLOS, LEONARDO J. G.; CORREA JUNIOR, JOSE DIAS; DORLASS, ERICK GUSTAVO; CAMARA, NIELS O. S.; DURIGON, EDISON LUIZ; CUNHA, FERNANDO Q.; NOBREGA, RAFAEL H.; MACHADO-SANTELLI, GLAUCIA M.; FARAH, CHUCK S.; VERAS, FLAVIO P.; GALINDO-VILLEGAS, JORGE; COSTA-LOTUFO, V, LETICIA; CUNHA, THIAGO M.; CHAMMAS, ROGER; CARVALHO, LUCIANI R.; GUZZO, CRISTIANE R.; MALAFAIA, GUILHERME; CHARLIE-SILVA, IVES. oxicity of spike fragments SARS-CoV-2 S protein for zebrafish: A tool to study its hazardous for human health. Science of The Total Environment, v. 813, MAR 20 2022. Citações Web of Science: 0.
OKA, GABRIEL U.; SOUZA, DIORGE P.; CENENS, WILLIAM; MATSUYAMA, BRUNO Y.; CARDOSO, MARCUS V. C.; OLIVEIRA, LUCIANA C.; LIMA, FILIPE DA SILVA; CUCCOVIA, IOLANDA M.; GUZZO, CRISTIANE R.; SALINAS, ROBERTO K.; FARAH, CHUCK S. tructural basis for effector recognition by an antibacterial type IV secretion syste. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 119, n. 1 JAN 4 2022. Citações Web of Science: 0.
LLONTOP, EDGAR E.; CENENS, WILLIAM; FAVARO, DENIZE C.; SGRO, GERMAN G.; SALINAS, ROBERTO K.; GUZZO, CRISTIANE R.; FARAH, CHUCK S. he PilB-PilZ-FimX regulatory complex of the Type IV pilus from Xanthomonas citr. PLOS PATHOGENS, v. 17, n. 8 AUG 2021. Citações Web of Science: 0.
SIBINELLI-SOUSA, STEPHANIE; HESPANHOL, JULIA T.; NICASTRO, GIANLUCCA G.; MATSUYAMA, BRUNO Y.; MESNAGE, STEPHANE; PATEL, ANKUR; DE SOUZA, ROBSON F.; GUZZO, CRISTIANE R.; BAYER-SANTOS, ETHEL. A Family of T6SS Antibacterial Effectors Related to L,D-Transpeptidases Targets the Peptidoglycan. CELL REPORTS, v. 31, n. 12 JUN 23 2020. Citações Web of Science: 0.
CENENS, WILLIAM; ANDRADE, MAXUEL O.; LLONTOP, EDGAR; ALVAREZ-MARTINEZ, CRISTINA E.; SGRO, GERMAN G.; FARAH, CHUCK S. Bactericidal type IV secretion system homeostasis in Xanthomonas citri. PLOS PATHOGENS, v. 16, n. 5 MAY 2020. Citações Web of Science: 0.
BAYER-SANTOS, ETHEL; CENENS, WILLIAM; MATSUYAMA, BRUNO YASUI; OKA, GABRIEL UMAJI; DI SESSA, GIANCARLO; MININEL, IZABEL DEL VALLE; ALVES, TIAGO LUBIANA; FARAH, CHUCK SHAKER. The opportunistic pathogen Stenotrophomonas maltophilia utilizes a type IV secretion system for interbacterial killing. PLOS PATHOGENS, v. 15, n. 9 SEP 2019. Citações Web of Science: 1.
ANTUNES, VICTOR U.; LLONTOP, EDGAR E.; VASCONCELOS, FERNANDA N. DA COSTA; DE LOS SANTOS, YOSSEF LOPEZ; OLIVEIRA, RONALDO J.; LINCOPAN, NILTON; FARAH, CHUCK S.; DOUCET, NICOLAS; MITTERMAIER, ANTHONY; FAVARO, DENIZE C. Importance of the beta 5-beta 6 Loop for the Structure, Catalytic Efficiency, and Stability of Carbapenem-Hydrolyzing Class D beta-Lactamase Subfamily OXA-143. BIOCHEMISTRY, v. 58, n. 34, p. 3604-3616, AUG 27 2019. Citações Web of Science: 0.
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SGRO, GERMAN G.; OKA, GABRIEL U.; SOUZA, DIORGE P.; CENENS, WILLIAM; BAYER-SANTOS, ETHEL; MATSUYAMA, BRUNO Y.; BUENO, NATALIA F.; DOS SANTOS, THIAGO RODRIGO; ALVAREZ-MARTINEZ, CRISTINA E.; SALINAS, ROBERTO K.; FARAH, CHUCK S. Bacteria-Killing Type IV Secretion Systems. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 10, MAY 21 2019. Citações Web of Science: 2.
SGRO, GERMAN G.; COSTA, TIAGO R. D.; CENENS, WILLIAM; SOUZA, DIORGE P.; CASSAGO, ALEXANDRE; DE OLIVEIRA, LUCIANA COUTINHO; SALINAS, ROBERTO K.; PORTUGAL, V, RODRIGO; FARAH, CHUCK S.; WAKSMAN, GABRIEL. Cryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri. NATURE MICROBIOLOGY, v. 3, n. 12, p. 1429-1440, DEC 2018. Citações Web of Science: 11.

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