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Genômica aplicada à produção de ruminantes

Processo: 14/07566-2
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de março de 2015 - 30 de novembro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:José Bento Sterman Ferraz
Beneficiário:José Bento Sterman Ferraz
Instituição Sede: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA). Universidade de São Paulo (USP). Pirassununga , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Felipe Perecin ; Fernando Sebastián Baldi Rey ; Flávio Vieira Meirelles ; Heidge Fukumasu ; Joanir Pereira Eler ; Luiz Lehmann Coutinho ; Marcelo Beltrão Molento ; Rachel Santos Bueno Carvalho ; Ricardo Vieira Ventura
Bolsa(s) vinculada(s):17/21573-0 - Avaliação genômica em bovinos compostos da raça Montana utilizando dados reais e simulados, aplicando o método do passo único genômico BLUP, BP.DR
18/13902-6 - Estudo de Associação Genômica Ampla (GWAS) aplicada à produção de embriões in vitro em bovinos da raça Nelore, BP.IC
18/06725-0 - Validação de CNV (variação do número de cópias de regiões genômicas) por qPCR, BP.IC
+ mais bolsas vinculadas 18/06728-0 - Gerenciamento de bancos de dados genômicos, BP.IC
18/04923-0 - Genômica aplicada à produção de ruminantes, BP.TT
17/10493-5 - Estudo de associação genômica em resistência à parasitas gastrointestinais em ovinos Santa Inês utilizando SNPs e CNVs, BP.PD
17/10103-2 - Efeitos da endogamia sobre a uniformidade de progênie de touros Nelore, BP.MS
16/11585-8 - Análise de polimorfismos funcionais associados a eficiência alimentar em bovinos Nelore, BP.IC
15/22276-3 - Abordagem de Biologia de Sistemas Para a Determinação de Mecanismos Moleculares Associados à Eficiência Alimentar de Bovinos Nelore, BP.DR
15/01059-4 - Análise metabolômica sérica associada à eficiência alimentar em bovinos Nelore, BP.MS - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Reprodução animal  Bovinos  Gado Nelore  Bos taurus indicus  Eficiência alimentar  Biologia de sistemas  Qualidade da carne  Genômica  Análise de sequência de DNA  RNA mensageiro  Análise de sequência de RNA 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:biologia de sistemas | Bos indicus | eficiência alimentar | Gwas | qualidade de carne | Reprodução | Melhoramento Genético Animal e Biotecnologia

Resumo

A pecuária de corte é um dos principais destaques do agronegócio nacional, e tem grande importância no mercado mundial, pois o Brasil possui um dos maiores rebanhos de bovinos do mundo, com mais de 200 milhões de cabeças. Esse rebanho é composto, predominantemente por animais de origem Bos indicus, sendo que a raça Nelore e seus cruzamentos compõe aproximadamente 90% do total. Os dados efetivos de produção de carne bovina em 2012 indicam que 16,5% foram exportadas e a maior parte da produção (83,5%) abasteceu o mercado interno. (Foram retirados os dados informativos do rebanho de Ovinos). Devido à importância, interesse econômico e aumento da produção de alimentos, melhorias são necessárias para maior eficiência de produção, como, por exemplo, a seleção de animais geneticamente superiores e resistentes ao ambiente adverso dos trópicos. O uso de painéis contendo centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP - Single Nucleotide Polymorphisms) tem possibilitado aos programas de melhoramento genético animal traçar estratégias para identificação de genes ou regiões genômicas responsáveis pelas características de interesse, tornando mais eficiente o processo de seleção. A metodologia de Genome-wide Association Study (GWAS) compara os resultados dos painéis de alta densidade disponíveis em indivíduos não relacionados, que possuam uma condição fenotípica de interesse, para identificar marcadores associados a tal fenótipo, e pode apontar regiões de interesse no genoma que possam influenciar em características quantitativas. O objetivo deste projeto é realizar um estudo de genética de sistemas, abordando análises de associação genômica, desequilíbrio de ligação, variações do número de cópias de regiões genômicas (CNVs) e enriquecimento funcional em medidas de crescimento, reprodução, qualidade de carne e eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore (Foram retirados os objetivos dos estudos de Ovinos). Adicionalmente, realizar um estudo de expressão gênica global (sequenciamento do RNA mensageiro total - RNA-Seq) e dos mecanismos epigenéticos de controle da expressão da eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore. Com o expertise gerado, as metodologias poderão, ainda dentro da abrangência deste projeto temático, ser aplicadas a outras espécies animais. (AU)

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Publicações científicas (33)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MACEDO MOTA, LUCIO FLAVIO; BONAFE, CRISTINA MOREIRA; ALEXANDRE, PAMELA ALMEIDA; SANTANA, MIGUEL HENRIQUE; NOVAIS, FRANCISCO JOSE; TORIYAMA, ERIKA; PIRES, ALDRIN VIEIRA; SILVA, SAULO DA LUZ; LEME, PAULO ROBERTO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; et al. Circulating leptin and its muscle gene expression in Nellore cattle with divergent feed efficiency. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, . (14/02493-7, 10/05650-5, 14/07566-2)
GRIGOLETTO, LAIS; FERRAZ, JOSE B. S.; OLIVEIRA, HINAYAH R.; ELER, JOANIR P.; BUSSIMAN, FERNANDO O.; ABREU SILVA, BARBARA C.; BALDI, FERNANDO; BRITO, LUIZ F.. Genetic Architecture of Carcass and Meat Quality Traits in Montana Tropical (R) Composite Beef Cattle. FRONTIERS IN GENETICS, v. 11, . (14/07566-2, 18/20393-0, 17/11919-6)
ALEXANDRE, PAMELA A.; KOGELMAN, LISETTE J. A.; SANTANA, MIGUEL H. A.; PASSARELLI, DANIELLE; PULZ, LIDIA H.; FANTINATO-NETO, PAULO; SILVA, PAULO L.; LEME, PAULO R.; STREFEZZI, RICARDO F.; COUTINHO, LUIZ L.; et al. Liver transcriptomic networks reveal main biological processes associated with feed efficiency in beef cattle. BMC Genomics, v. 16, . (14/02493-7, 14/07566-2, 12/14792-3, 14/00307-1)
CARVALHO, M. E.; BALDI, F. S.; ALEXANDRE, P. A.; SANTANA, M. H. A.; VENTURA, R. V.; BUENO, R. S.; BONIN, M. N.; REZENDE, F. M.; COUTINHO, L. L.; ELER, J. P.; et al. Genomic regions and genes associated with carcass quality in Nelore cattle. Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 1, . (14/07566-2, 13/13021-6)
GRIGOLETTO, LAIS; BRITO, LUIZ FERNANDO; MATTOS, ELISANGELA C.; ELER, JOANIR PEREIRA; BUSSIMAN, FERNANDO OLIVEIRA; ABREU SILVA, BARBARA DA CONCEICAO; DA SILVA, ROSIANE PEREIRA; CARVALHO, FELIPE EGUTI; BERTON, MARIANA PIATTO; BALDI, FERNANDO; et al. Genome-wide associations and detection of candidate genes for direct and maternal genetic effects influencing growth traits in the Montana Tropical (R) Composite population. LIVESTOCK SCIENCE, v. 229, p. 64-76, . (17/11919-6, 18/20393-0, 14/07566-2)
BERTON, MARIANA P.; SILVA, ROSIANE P.; CARVALHO, FELIPE E.; CHIAIA, HERMENEGILDO LUCAS JUSTINO; OLIVEIRA, PRISCILA S.; ELER, JOANIR P.; BANCHERO, GEORGGET; FERRAZ, JOSE B. S.; BALDI, FERNANDO. Genetic parameter estimates for gastrointestinal nematode parasite resistance and maternal efficiency indicator traits in Santa Ines breed. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. 136, n. 6, p. 495-504, . (11/00396-6, 17/10493-5, 14/07566-2, 10/05516-7)
BRUNA FOLEGATTI SANTANA; RICARDO DA FONSECA; MATOS MANUEL; GERARDO CORNELIO MAMANI MAMANI; JOANIR PEREIRA ELER; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ. Viabilidade do uso de características “dias para um peso específico” em programas de melhoramento genético de bovinos da raça Nelore. Rev. bras. saúde prod. anim., v. 18, n. 2, p. 260-268, . (14/07566-2)
DIAS DE CASTRO, LUCIANA L.; OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; PEREZ, BRUNO COSTA; CARVALHO, MINOS E.; DE SOUZA RAMOS, EDNEIA A.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; MOLENTO, MARCELO BELTRAO. Genome-wide association study in thoroughbred horses naturally infected with cyathostomins. ANIMAL BIOTECHNOLOGY, v. N/A, p. 13-pg., . (14/07566-2)
MACEDO MOTA, LUCIO FLAVIO; BONAFE, CRISTINA MOREIRA; ALEXANDRE, PAMELA ALMEIDA; SANTANA, MIGUEL HENRIQUE; NOVAIS, FRANCISCO JOSE; TORIYAMA, ERIKA; PIRES, ALDRIN VIEIRA; SILVA, SAULO DA LUZ; LEME, PAULO ROBERTO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; et al. Circulating leptin and its muscle gene expression in Nellore cattle with divergent feed efficiency. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, p. 5-pg., . (14/07566-2, 10/05650-5, 14/02493-7)
OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; PINHEIRO, VINICIUS G.; FONSECA, PABLO A. S.; COSTA, CAMILA B.; PIOLTINE, ELISA M.; BOTIGELLI, RAMON C.; RAZZA, EDUARDO M.; ERENO, RONALDO L.; FERRAZ, JOSE B. S.; SENEDA, MARCELO M.; et al. Genomic and phenotypic analyses of antral follicle count in Aberdeen Angus cows. LIVESTOCK SCIENCE, v. 249, p. 7-pg., . (16/16841-2, 12/50533-2, 19/10732-5, 14/26354-6, 12/23409-9, 14/07566-2, 13/12097-9)
OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; SANTOS, DANIEL J. A.; CESAR, ALINE S. M.; BOISON, SOLOMON A.; VENTURA, RICARDO V.; PEREZ, BRUNO C.; GARCIA, JOSE F.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; GARRICK, DORIAN J.. Fine mapping of genomic regions associated with female fertility in Nellore beef cattle based on sequence variants from segregating sires. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 10, n. 1, p. 13-pg., . (12/50533-2, 14/07566-2, 15/12396-1, 13/12097-9)
BERTON, MARIANA PIATTO; DE OLIVEIRA SILVA, RAFAEL MEDEIROS; PERIPOLLI, ELISA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; MARTIN, JESUS FERNANDEZ; ALVAREZ, MARIA SAURA; GAVINA, BEATRIZ VILLANUEVA; TORO, MIGUEL ANGEL; BANCHERO, GEORGGET; OLIVEIRA, PRISCILA SILVA; et al. Genomic regions and pathways associated with gastrointestinal parasites resistance in Santa Ines breed adapted to tropical climate. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, . (11/00396-6, 10/05516-7, 14/07566-2)
OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; SANTOS, DANIEL J. A.; CESAR, ALINE S. M.; BOISON, SOLOMON A.; VENTURA, RICARDO V.; PEREZ, BRUNO C.; GARCIA, JOSE F.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; GARRICK, DORIAN J.. Fine mapping of genomic regions associated with female fertility in Nellore beef cattle based on sequence variants from segregating sires. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 10, n. 1, . (13/12097-9, 12/50533-2, 15/12396-1, 14/07566-2)
OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; PINHEIRO, VINICIUS G.; FONSECA, PABLO A. S.; COSTA, CAMILA B.; PIOLTINE, ELISA M.; BOTIGELLI, RAMON C.; RAZZA, EDUARDO M.; ERENO, RONALDO L.; FERRAZ, JOSE B. S.; SENEDA, MARCELO M.; et al. enomic and phenotypic analyses of antral follicle count in Aberdeen Angus cow. LIVESTOCK SCIENCE, v. 249, . (14/26354-6, 14/07566-2, 19/10732-5, 12/50533-2, 12/23409-9, 16/16841-2, 13/12097-9)
BUSSIMAN, F. O.; DOS SANTOS, B. A.; ABREU SILVA, B. C.; PEREZ, B. C.; PEREIRA, G. L.; CHARDULO, L. A. L.; ELER, J. P.; FERRAZ, J. B. S.; MATTOS, E. C.; CURI, R. A.; et al. Allelic and genotypic frequencies of the DMRT3 gene in the Brazilian horse breed Mangalarga Marchador and their association with types of gait. Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 1, . (16/17834-0, 16/19081-9, 14/07566-2)
ALEXANDRE, PAMELA A.; REVERTER, ANTONIO; BEREZIN, ROBERTA B.; PORTO-NETO, LAERCIO R.; RIBEIRO, GABRIELA; SANTANA, MIGUEL H. A.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; FUKUMASU, HEIDGE. Exploring the Regulatory Potential of Long Non-Coding RNA in Feed Efficiency of Indicine Cattle. GENES, v. 11, n. 9, . (17/14707-0, 15/22276-3, 14/07566-2)
AMORIM, SABRINA THAISE; KLUSKA, SABRINA; BERTON, MARIANA PIATTO; ANTUNES DE LEMOS, MARCOS VINICIUS; PERIPOLLI, ELISA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; MARTIN, JESUS FERNANDEZ; SAURA ALVAREZ, MARIA; VILLANUEVA GAVINA, BEATRIZ; ANGEL TORO, MIGUEL; et al. Genomic study for maternal related traits in Santa Ines sheep breed. LIVESTOCK SCIENCE, v. 217, p. 76-84, . (11/00396-6, 10/05516-7, 14/07566-2)
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PERIPOLLI, ELISA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; AMORIM, SABRINA THAISE; ANTUNES DE LEMOS, MARCOS VINICIUS; GRIGOLETTO, LAIS; KLUSKA, SABRINA; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; ELER, JOANIR PEREIRA; MATTOS, ELISANGELA CHICARONI; BALDI, FERNANDO. Genome-wide scan for runs of homozygosity in the composite Montana Tropical (R) beef cattle. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. 137, n. 2, . (14/07566-2)
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FONSECA, LEYDIANA D.; ELER, JOANIR P.; PEREIRA, MIKAELE A.; ROSA, ALESSANDRA F.; ALEXANDRE, PAMELA A.; MONCAU, CRISTINA T.; SALVATO, FERNANDA; ROSA-FERNANDES, LIVIA; PALMISANO, GIUSEPPE; FERRAZ, JOSE B. S.; et al. Liver proteomics unravel the metabolic pathways related to Feed Efficiency in beef cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, . (14/04937-0, 14/12492-8, 14/07566-2, 14/02493-7)
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NOVAIS, FRANCISCO JOSE; LISBOA PIRES, PEDRO RATTO; ALEXANDRE, PAMELA ALMEIDA; DROMMS, ROBERT A.; IGLESIAS, AMADEU HOSHI; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; STYCZYNSKI, MARK PHILIP-WALTER; FUKUMASU, HEIDGE. Identification of a metabolomic signature associated with feed efficiency in beef cattle. BMC Genomics, v. 20, . (15/01059-4, 14/07566-2, 14/02493-7)
MAZZONI, GIANLUCA; PEDERSEN, HANNE S.; DE OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; ALEXANDRE, PAMELA; RAZZA, EDUARDO M.; CALLESEN, HENRIK; HYTTEL, POUL; NOGUEIRA, MARCELO F. G.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; KADARMIDEEN, HAJA N.. Application of integrative genomics and systems biology to conventional and in vitro reproductive traits in cattle. ANIMAL REPRODUCTION, v. 14, n. 3, p. 507-513, . (12/50533-2, 14/07566-2)
FREUA, MATEUS CASTELANI; DE ALMEIDA SANTANA, MIGUEL HENRIQUE; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO. A new approach for applied nutritional models: Computing parameters of dynamic mechanistic growth models using genorne-wide prediction. LIVESTOCK SCIENCE, v. 190, p. 131-135, . (13/26902-0, 13/20571-2, 14/07566-2, 12/02039-9)
GRIGOLETTO, L.; PEREZ, B. C.; SANTANA, M. H. A.; BALDI, F.; FERRAZ, J. B. S.. Genetic contribution of cytoplasmic lineage effect on feed efficiency in Nellore cattle. LIVESTOCK SCIENCE, v. 198, p. 52-57, . (13/20571-2, 14/07566-2, 12/02039-9)
DE ALMEIDA SANTANA, MIGUEL HENRIQUE; GEBIM POLIZEL, GUILHERME HENRIQUE; GRIGOLETTO, LAIS; FERNANDES, ARICIA CHRISTOFARO; BONIN, MARINA DE NADAI; GOMES, RODRIGO DA COSTA; CARVALHO, MINOS ESPERANDIO; DA LUZ E SILVA, SAULO; LEME, PAULO ROBERTO; ROSSI JUNIOR, PAULO; et al. The genetic and genomic effects of Nellore lineages on feed efficiency, intake and performance. LIVESTOCK SCIENCE, v. 228, p. 104-108, . (13/20571-2, 13/26902-0, 14/07566-2, 12/02039-9)
BERTON, MARIANA PIATTO; DE OLIVEIRA SILVA, RAFAEL MEDEIROS; PERIPOLLI, ELISA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; MARTIN, JESUS FERNANDEZ; ALVAREZ, MARIA SAURA; GAVINA, BEATRIZ VILLANUEVA; TORO, MIGUEL ANGEL; BANCHERO, GEORGGET; OLIVEIRA, PRISCILA SILVA; et al. Genomic regions and pathways associated with gastrointestinal parasites resistance in Santa Ines breed adapted to tropical climate. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, p. 16-pg., . (11/00396-6, 14/07566-2, 10/05516-7)
GRIGOLETTO, LAIS; ALMEIDA SANTANA, MIGUEL HENRIQUE; BRESSAN, FABIANA FERNANDES; ELER, JOANIR PEREIRA; GOUVEIA NOGUEIRA, MARCELO FABIO; KADARMIDEEN, HAJA N.; BARUSELLI, PIETRO SAMPAIO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; BRITO, LUIZ F.. Genetic Parameters and Genome-Wide Association Studies for Anti-Mullerian Hormone Levels and Antral Follicle Populations Measured After Estrus Synchronization in Nellore Cattle. ANIMALS, v. 10, n. 7, . (12/50533-2, 14/07566-2, 17/11919-6)

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