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Estendendo as fronteiras em interações biomoleculares: docking e avaliação da energia livre

Processo: 14/06565-2
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de novembro de 2014 - 31 de outubro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Alessandro Silva Nascimento
Beneficiário:Alessandro Silva Nascimento
Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Assunto(s):Simulação de acoplamento molecular  Receptores citoplasmáticos e nucleares  Elementos estruturais de proteínas 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:docking molecular | Energia Livre | estrutura e função de proteínas | interação molecular | Receptores nucleares | Receptor-Ligante | Biologia Estrutural

Resumo

Estima-se em 3051 o número de genes presentes no genoma humano cuja função é passível de regulação por agentes externos (druggable genome). No entanto, apenas 266 proteínas são atualmente empregadas para regulação farmacológica. Com os rápidos avanços da biologia estrutural torna-se cada vez mais atraente o uso da informação estrutural disponível para a proposição de novas 'sondas químicas' com vistas à modulação de funções biológicas. Dois desafios neste contexto são a seleção de compostos capazes de interagir com uma macromolécula biológica e a avaliação da afinidade deste complexo receptor-ligante. Neste projeto propomos o desenvolvimento de uma ferramenta computacional que combina estratégias baseadas na estrutura do receptor com aquelas baseadas na estrutura de um ligante bioativo conhecido para a proposição de novas moléculas candidatas a ligante. A mesma ferramenta é empregada para a geração de ensembles visando a avaliação da energia livre de interação. Aplicaremos este modelo em um sistema modelo (lisozima do fago T4), bem como em receptores nucleares envolvidos na regulação do metabolismo humano. (AU)

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Publicações científicas (9)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SONODA, MILTON T.; GODOY, ANDRE S.; PELLEGRINI, VANESSA O. A.; KADOWAKI, MARCO A. S.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Structure and dynamics of Trichoderma harzianum Cel7B suggest molecular architecture adaptations required for a wide spectrum of activities on plant cell wall polysaccharides. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, v. 1863, n. 6, p. 1015-1026, . (15/13684-0, 17/18173-0, 14/06565-2)
GODOY, ANDRE SCHUTZER; CAMILO, CESAR MOISES; KADOWAKI, MARCO ANTONIO; MUNIZ, HELOISA DOS S.; SANTO, MELISSA ESPIRITO; MURAKAMI, MARIO TYAGO; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of beta 1 -> 6-galactosidase from Bifidobacterium bifidum S17: trimeric architecture, molecular determinants of the enzymatic activity and its inhibition by alpha-galactose. FEBS Journal, v. 283, n. 22, p. 4097-4112, . (09/05328-9, 11/20505-4, 08/56255-9, 09/52840-7, 11/05712-3, 14/06565-2)
FLORINDO, RENATA N.; SOUZA, VALQUIRIA P.; MUTTI, HEMILY S.; CAMILO, CESAR; MANZINE, LIVIA REGINA; MARANA, SANDRO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structural insights into beta-glucosidase transglycosylation based on biochemical, structural and computational analysis of two GH1 enzymes from Trichoderma harzianum. NEW BIOTECHNOLOGY, v. 40, n. B, p. 218-227, . (14/19439-5, 14/06565-2, 08/56255-9)
MUNIZ, HELOISA S.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking. PLoS One, v. 12, n. 3, . (14/06565-2, 10/15376-8)
DE PAULA, KARINA; SANTOS, JADEMILSON C.; MAFUD, ANA CAROLINA; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Tetrazoles as PPAR gamma ligands: A structural and computational investigation. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, v. 106, . (10/15376-8, 20/03983-9, 14/06565-2, 15/26722-8)
MALTAROLLO, VINICIUS G.; TOGASHI, MARIE; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; HONORIO, KATHIA M.. Structure-Based Virtual Screening and Discovery of New PPAR delta/gamma Dual Agonist and PPAR delta and gamma Agonists. PLoS One, v. 10, n. 3, . (14/06565-2, 11/18981-2)
FLORINDO, RENATA N.; SOUZA, VALQUIRIA P.; MANZINE, LIVIA R.; CAMILO, CESAR M.; MARANA, SANDRO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Structural and biochemical characterization of a GH3 beta-glucosidase from the probiotic bacteria Bifidobacterium adolescentis. Biochimie, v. 148, p. 107-115, . (14/19439-5, 14/06565-2, 08/56255-9)
MUNIZ, HELOISA DOS SANTOS; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Ligand- and receptor-based docking with LiBELa. Journal of Computer-Aided Molecular Design, v. 29, n. 8, p. 713-723, . (14/06565-2)
FARRO, ERICK GIANCARLO S.; LEITE, ANA ELISA T.; SILVA, ISABELA A.; FILGUEIRAS, JEFFERSON G.; DE AZEVEDO, EDUARDO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. GH43 endo-arabinanase from Bacillus licheniformis: Structure, activity and unexpected synergistic effect on cellulose enzymatic hydrolysis. International Journal of Biological Macromolecules, v. 117, p. 7-16, . (15/13684-0, 14/06565-2, 14/03768-0)

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