Auxílio à pesquisa 13/19810-2 - Endocrinologia, Síndromes neoplásicas hereditárias - BV FAPESP
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Avaliação da eficácia do método de sequenciamento de nova geração na análise dos genes MEN1, CDKN2B/p15, CDKN2C/p18 CDKN1A/p21, CDKN1B/p27Kip1 e AIP em pacientes com neoplasia endócrina múltipla tipo 1 (MEN1)

Resumo

A neoplasia endócrina múltipla tipo 1 (MEN1) é uma doença genética, de herança autossômica dominante, caracterizada pelo desenvolvimento de tumores endócrinos acometendo, principalmente, hipófise, paratireoide, pâncreas/duodeno endócrinos. É causada, principalmente, por mutação germinativa no gene supressor tumoral MEN1 (11q13). Outros genes foram, recentemente, relacionados a MEN1 (CDKN2B/p15, CDKN2C/p18 CDKN1A/p21, CDKN1B/p27Kip1 e AIP). O diagnóstico genético de famílias com MEN1 reconhece os portadores assintomáticos de mutação em MEN1, permite o diagnóstico e tratamento precoce de tumores, promove a redução da morbi-mortalidade relacionada à MEN1 e exclui familiares não portadores de mutação do rastreamento clínico periódico. O diagnóstico genético de MEN1 tem sido realizado por meio da técnica de sequenciamento Sanger, contemplando, a princípio, somente o gene MEN1. Entretanto, limitações desta técnica a tornam menos custo efetiva, devido a sua reduzida capacidade de geração de dados, que leva a necessidade de obtenção de produtos de PCR de até 600 pb para adequada leitura do sequenciamento. Além disto, condições específicas do gene MEN1, como a ausência de "hot spots" mutacionais, levam a necessidade de sequenciamento de toda sua extensão (9Kb) e contribuem para tornar esta técnica laboriosa e dispendiosa. A subdivisão do gene para sequenciamento Sanger pode ocultar informações, principalmente de regiões intrônicas, que podem ser importantes para o desenvolvimento da doença. Soma-se a isso a necessidade de estender o estudo gênico para os genes acima citados quando a análise do gene MEN1 é negativa. Uma vez que as limitações da técnica de Sanger também dificultam a análise destes genes, há a inviabilização da incorporação do diagnóstico gênico completo de MEN1 na prática clínica. O NGS (New Generation Sequencing) é uma nova ferramenta de sequenciamento genético que detêm maior capacidade e velocidade de geração de dados e maior cobertura de leitura gênica, incluindo regiões promotoras, intrônicas e regulatórias. Uma forte tendência tem sido mostrada de migração do sequenciamento Sanger para o NGS, incluindo a aplicação da mesma em diagnóstico genético de doenças complexas e de câncer hereditário. Entretanto, não há estudos prévios envolvendo NGS em MEN1. Os objetivos são: validação da técnica de NGS (Illumina MiSeq) utilizando como parâmetro o sequenciamento Sanger; avaliação de aspectos qualitativos e relação custo-benefício do NGS abrangendo o gene MEN1 e os demais genes recentemente relacionados a síndrome; excluir, por MLPA, grandes deleções germinativas MEN1 não encontradas por Sanger e NGS. Para tal, serão analisados 50 casos-índices com MEN1. Em avaliação preliminar, utilizando Ion PGM, foram analisados 4 casos-índices com mutação germinativa previamente conhecida no gene MEN1. Foi obtida uma cobertura média de leitura > 100x, com 100% da região alvo (gene MEN1) com no mínimo 10 reads, permitindo a avaliação com acurácia de todas as mutações germinativas. Também, foi encontrada uma média de 37 SNPs por paciente. Entretanto, inúmeros in/dels foram gerados dificultando a análise dos resultados. Este grande número de in/dels é causado por uma limitação específica da plataforma Ion PGM. Diante disto, optou-se pelo uso da plataforma Illumina MiSeq pela análise dos dados gerados serem fornecidos na própria plataforma, não resultar na geração de falsos in/dels e devido a menor probabilidade de erros frente às sequencias ricas em C-G, comuns no gene MEN1. O enriquecimento da amostra será realizado por meio de "long range PCR" que amplificará toda a região genômica dos genes MEN1, CDKN2B/p15, CDKN2C/p18 CDKN1A/p21, CDKN1B/p27Kip1 e AIP. Este projeto pretende, assim, introduzir o NGS como ferramenta de diagnóstico gênico de MEN1 em nosso meio. (AU)

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Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CARVALHO, RAFAEL A.; URTREMARI, BETSAIDA; JORGE, ALEXANDER A. L.; SANTANA, LUCAS S.; QUEDAS, ELISANGELA P. S.; SEKIYA, TOMOKO; LONGUINI, VIVIANE C.; MONTENEGRO, FABIO L. M.; LERARIO, ANTONIO M.; TOLEDO, SERGIO P. A.; et al. Germline mutation landscape of multiple endocrine neoplasia type 1 using full gene next-generation sequencing. EUROPEAN JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY, v. 179, n. 6, p. 391-407, . (15/25444-4, 13/19810-2, 16/07504-2, 16/07965-0, 15/07625-1, 14/50137-5, 13/15388-4)
DANTAS, NAIARA C. B.; SOARES, CARLOS E. L.; MARTINS, MANOEL R. A.; LOURENCO, JR., DELMAR M.; QUIDUTE, ANA R. P.. Giant Prolactinoma Causing Hydrocephalus and Intracranial Hypertension as First Manifestations of Multiple Endocrine Neoplasia Type 1. FRONTIERS IN ENDOCRINOLOGY, v. 10, . (13/19810-2, 16/07504-2)
RODRIGUES, KARINE C.; TOLEDO, RODRIGO A.; COUTINHO, FLAVIA L.; NUNES, ADRIANA B.; MACIEL, RUI M. B.; HOFF, ANA O.; TAVARES, MARCOS C.; TOLEDO, SERGIO P. A.; LOURENCO, JR., DELMAR M.. Assessment of Depression, Anxiety, Quality of Life, and Coping in Long-Standing Multiple Endocrine Neoplasia Type 2 Patients. THYROID, v. 27, n. 5, p. 693-706, . (13/19810-2, 13/01476-9, 12/04698-0)
TOLEDO, SERGIO P. A.; LOURENCO, JR., DELMAR M.; SEKIYA, TOMOKO; LUCON, ANTONIO M.; BAENA, MARCOS E. S.; CASTRO, CLAUDIO C.; BORTOLOTTO, LUIZ A.; ZERBINI, MARIA C. N.; SIQUEIRA, SHEILA A. C.; TOLEDO, RODRIGO A.; et al. Penetrance and Clinical Features of Pheochromocytoma in a Six-Generation Family Carrying a Germline TMEM127 Mutation. JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY & METABOLISM, v. 100, n. 2, p. E308-E318, . (13/19810-2, 13/01476-9)
BRESCIA, MARILIA D'ELBOUX GUIMARAES; RODRIGUES, KARINE CANDIDO; D'ALESSANDRO, ANDRE FERNANDES; ALVES FILHO, WELLINGTON; VAN DER PLAS, WILLEMIJN Y.; KRUIJFF, SCHELTO; ARAP, SERGIO SAMIR; TOLEDO, SERGIO PEREIRA DE ALMEIDA; MONTENEGRO, FABIO LUIZ DE MENEZES; LOURENCO, DELMAR MUNIZ. Impact of parathyroidectomy on quality of life in multiple endocrine neoplasia type 1. ENDOCRINE CONNECTIONS, v. 11, n. 6, p. 13-pg., . (16/25594-9, 15/25444-4, 13/19810-2, 16/07504-2)
LOURENCO, DELMAR M., JR.; DE HERDER, WOUTER W.. Editorial: Early Genetic and Clinical Diagnosis in MEN1. FRONTIERS IN ENDOCRINOLOGY, v. 11, p. 4-pg., . (15/25444-4, 16/07504-2, 13/19810-2)

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